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O melhor do RNA SARS-CoV-2 preservado nas águas residuais sob a congelação condiciona

A fiscalização das águas residuais foi relatada para ser uma praticável e uma maneira eficaz monitorar a predominância do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) na pandemia COVID-19 actual. Um estudo recente desenha a atenção à necessidade de congelar amostras das águas residuais se a análise é realizada mais tarde um pouco do que imediatamente.

A análise das águas residuais é não somente uma ferramenta de monitoração útil para que a predominância actual mas as ajudas prever as manifestações futuras cedo por um aumento de advertência em contagens das águas residuais do vírus. Tal análise igualmente conduziu ao traçado do vírus a sua primeira aparição em muitas das cidades do mundo. De facto, muitos relatórios já seguiram SARS-CoV-2 em muitos lugar no mundo inteiro antes dos primeiros relatórios de Wuhan, China.

Isto está conduzindo às tentativas intensivas de identificar o lugar onde o vírus fez sua primeira aparição. Presentemente, as amostras armazenadas podem ser analisadas como recursos do teste das águas residuais estão tornando-se mais prontamente - disponíveis. Contudo, onda em curso da pandemia a segunda pode necessitar umas limitações mais adicionais, que poderiam outra vez atrasar a análise da amostra.

O impacto de condições de armazenamento nos resultados do teste é um parâmetro importante que as ajudas determinem a confiança de testes. A partir de agora, a informação directa na persistência do vírus em amostras armazenadas das águas residuais está disponível somente para temperaturas entre 4°C e os estudos 37°C. em outros coronaviruses adicionaram informação relacionada.

O estudo actual, publicado no medRxiv* do server da pré-impressão em novembro de 2020, apresenta uma solução ao atraso freqüente no processamento de partes alíquota das águas residuais durante COVID-19. As razões para tal atraso são distribuidor, variando da escassez do pessoal, do fechamento dos laboratórios, da falta dos reagentes e do labware, e de uma compreensão deficiente das melhores técnicas. Por este motivo, foi frequentemente necessário armazenar as amostras para uma análise mais atrasada.

Este estudo é o primeiro estudo finlandês projetado detectar SARS-CoV-2 em águas residuais municipais. Seu objetivo era descobrir a estabilidade do RNA SARS-CoV-2 em umas temperaturas mais frias. Isto ajudaria a avaliar a precisão dos resultados em muitos estudos das águas residuais já publicados.

Os pesquisadores usaram um ensaio do qPCR de E-Sarbeco RT para medir ao longo do tempo o titer do gene do envelope do SARS, e o ensaio do N2 para o gene do nucleocapsid SARS-CoV-2. As amostras das águas residuais examinadas tinham sido armazenadas em 4ᴼC, em -20ᴼC, e em -75ᴼC.

A planta de tratamento de águas residuais provada era a planta de Viikinmaki que serve 860.000 povos nas oito municipalidades. As amostras afluentes foram tomadas antes de todo o tratamento, em um recipiente de 20 litros, sendo tomado do afluente composto recolhido sobre 24 horas. A amostra de 20 litros foi armazenada em 6°C, e nas outras amostras de 5 e 2 litros em dois pontos diferentes do tempo, para alcançar o laboratório dentro de 26 horas. As amostras pequenas então foram divididas em partes alíquota de 30 mL e mantidas em 4°C, em -20°C, e em -75°C até que estiveram testadas.

Nos primeiros 28 dias, o número de cópia do RNA foi unmeasured devido a uma falta da metodologia exigida para a análise. A quantidade foi tomada para ser similar à medida tomada sobre o primeiro mês do armazenamento no frio, em uma outra amostra recolhida após 5 semanas.

A curva de deterioração do ponto SARS-CoV-2 (log10 copia 100 ml-1) no afluente das águas residuais em 4°C, -20°C, e - 75°C, enumerado com E-Sarbeco e ensaios do RT-qPCR do N2.
A curva de deterioração do ponto SARS-CoV-2 (log10 copia 100 ml-1) no afluente das águas residuais em 4°C, -20°C, e - 75°C, enumerado com E-Sarbeco e ensaios do RT-qPCR do N2.

Entre 29 e 84 dias, os pesquisadores encontraram que sob todas estas circunstâncias, o RNA viral permaneceu quase estável. Isto era em contraste com a 1 redução do registro no RNA do norovirus GII durante este período. Isto mostra que os vírus não-envolvidos não persistem sempre para umas durações mais longas no frio, como foi pensado previamente.

Usando o ensaio de E-Sarbeco, os pesquisadores observaram quantidades similares do RNA independentemente da temperatura de armazenamento, com uma tendência para a detecção de umas quantidades mais altas de RNA viral em temperaturas de congelação. Em 4°C, havia uma deterioração linear no número de cópia do RNA para os alvos do gene detectados por ambos os ensaios sobre 21 dias.

O ensaio do N2 mostrou uma deterioração significativamente maior em 4°C. Isto sugere que os genes do nucleocapsid e do envelope tenham taxas diferenciais de deterioração. Contudo, um estudo mais adicional é exigido compreender a estabilidade dos genes diferentes do marcador exigidos para a fiscalização SARS-CoV-2 nas águas residuais.

Nas temperaturas de congelação, -20°C e -75°C, a contagem do RNA nas águas residuais afluentes permaneceu intacto sobre 58 dias. Os resultados foram validados adicionando uma amostra nasopharyngeal do cotonete de um paciente COVID-19, na diluição, ao afluente das águas residuais. A amostra de SARS-CoV-2-spiked conteve o índice estável do RNA sobre 28 e 58 dias, o primeiro no refrigerado e o segundo em circunstâncias de congelação.

Quando a causa determinante principal da inactivação viral estiver a uma temperatura de armazenamento, outros factores que podem mandar um impacto significativo incluir a presença e a quantidade de matéria orgânica e se outros micróbios estam presente.

Há igualmente uma necessidade de detectar baixos titers do RNA viral nas águas residuais, que exigem a amostra de alta qualidade e eficiente, preservando, e processando procedimentos. Isto é particularmente essencial tendo em conta que os vírus previamente testados nas águas residuais foram vírus não-envolvidos, quando SARS-CoV-2 for envolvido.

Além disso, a fracção da amostra a que o vírus é associado deve definitiva ser identificada por mais pesquisa, se nas pelotas no ultrafiltrate das águas residuais antes da centrifugação ou do relativo à partícula ínfima a água matéria-livre fraction. O estudo actual encontrou umas quantidades ligeira mais altas de RNA viral no anterior, talvez devido ao envelope viral. Alguma pesquisa recente, certamente, sugere o uso da lama das águas residuais para a detecção viral.

Este estudo é importante em fornecer os dados que podem desenvolver protocolos seguros para o teste das águas residuais na epidemiologia COVID-19.

Os pesquisadores concluem, “O RNA SARS-CoV-2 pareceram surpreendentemente estábulo nestas temperaturas de armazenamento frio sobre 29, 64, e 84 dias,” em 4°C, em -20°C, e em -75°C. Assim, se a análise imediata é impossível, estas temperaturas devem ser preferidas para o armazenamento.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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