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Recherchez la prévalence des tiges SARS-CoV-2, les surfaces d'hôpital et les microbiomes patients

Les chercheurs ont trouvé une diversité bactérienne plus élevée dans les salles SARS-CoV-2 patientes et les surfaces dans la chambre, proposant la diversité bactérienne peuvent jouer un rôle dans la boîte de vitesses de virus.

Le coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), l'agent causal COVID-19 de la pandémie, écarts principalement par la transmission aérienne, en gouttelettes respiratoires ou aérosols. La boîte de vitesses fécale est une route plus possible par laquelle les propagations des virus.

Une autre méthode de propagation est quand les gens touchent les gouttelettes contenant des virus qui tombent sur les surfaces variées comme des tables, des poignées de porte, et des ripostes. SARS-CoV-2 a été trouvé sur un grand choix de surfaces, y compris le plastique, le carton, l'acier, et les métaux.

La composition bactérienne est prévisionnelle de l
La composition bactérienne est prévisionnelle de l'état SARS-CoV-2 dans des échantillons de plancher de narines, de front, de selles et d'intérieur. Le rendement de prévision des classificateurs faits au hasard de forêt sur l'état SARS-CoV-2 pour chaque type témoin a été évalué utilisant AUROC (a) et AUPRC (b) pour les narines (n=76), le front (n=79), les selles (n=44), et l'étage d'intérieur (n=107), dans une approche de 100 fois de contre-vérification (voir les méthodes). (c) Plot d'impératrice des 100 caractéristiques les plus prévisionnelles de l'état SARS-CoV-2 dans des échantillons de plancher de narines, de front, de selles et d'intérieur, où un ASV unique avec le cadrage 100% au dentocariosa de Rothia a été recensé en travers de tous les types témoin. L'importance faite au hasard de forêt du principal 100 classe et la taxonomie de GreenGenes des narines, du front, des selles, et des échantillons de plancher d'intérieur sont procurable dans S2. (d) Proportion d'échantillons contenant le dentocariosa hautement prévisionnel ASV de Rothia dans les échantillons positifs et négatifs de SARS-CoV-2 provenant de l'étude actuelle, et de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

Le risque de contracter le virus SARS-CoV-2 est plus grand à l'intérieur qu'à l'extérieur, particulièrement dans des endroits mauvais aérés. Un microbiome d'intérieur peut être seul selon l'environnement, en grande partie dominé par des microbes de humain-cloche.

Les microbes sont généralement des bactéries, mais les endroits d'intérieur peuvent également avoir des virus quand les gens malades sont présents. L'interaction du virus et des bactéries a été connue et étudiée, par exemple, chez les animaux, l'interaction entre les bactéries d'intestin et les virus intestinaux. Les bactéries d'intestin peuvent affecter le pouvoir infectant gastro-intestinal de virus en améliorant la thermostabilité et la stabilité environnementale des virus. on a également observé des interactions de Virus-bactéries dans les voies respiratoires supérieures. Par conséquent, il est possible que de telles interactions soient présentes même dans les espaces d'intérieur.

Démographie (n=16) patiente (a), admission d
Démographie (n=16) patiente (a), admission d'antibiotiques (b), comorbidités (c).

Microbiome dans des salles du patient SARS-CoV-2

Chercheurs de l'Université de Californie, de San Diego, d'IBM, du centre de recherche de T.J. Watson et du l'IBM-Almaden explorés si les microbes présents dans un environnement d'intérieur peuvent affecter l'infection SARS-CoV-2. Ils rapportés leurs résultats dans un papier publié sur le medRxiv* préimpriment le serveur.

Les auteurs obtenus nettoient des échantillons provenant des patients et des membres du personnel soignant au centre médical d'UCSD. Ils ont nettoyé la peau, voies respiratoires, selles, et les surfaces variées les patients et les membres du personnel soignant ont contacté pour rassembler 972 échantillons des gens et 734 échantillons de surfaces d'hôpital.

Des échantillons extérieurs, environ 13% étaient positifs pour SARS-CoV-2. Les étages près du bâti d'un patient ont eu la plupart de virus. Un certain virus a été également trouvé dans les patients qui avaient vérifié le négatif pour le virus et dans les chambres nettoyées après avoir été occupé par un patient positif.

Utilisant le test de 16S ARNr, elles ont recensé les différents microbes dans les échantillons. Ils ont trouvé différents boîtiers des microbes sur l'étage, le tabouret, et les échantillons de narine/front. Les surfaces fréquemment touchées par des membres du personnel soignant ont eu des microbiomes assimilés à leurs microbiomes, et ceux touchés par des patients plus de microbiomes eus assimilés aux patients.

La diversité moyenne de substance était beaucoup plus élevée dans les échantillons extérieurs, particulièrement l'étage, que dans les échantillons provenant des gens, avec la diversité étant plus dans des échantillons du positif SARS-CoV-2. Analysant les microbes présents dans les échantillons positifs, les auteurs ont trouvé Clostridiales pour être un groupe actuel dans la forte proportion les échantillons de selles, assimilés à cela trouvé en eaux usées étudie. Des actinomyces, l'Anaerococcus, le Dialister, le Gemella, et le Schaalia ont été vus dans les échantillons de front et de narine.

Ils ont trouvé le dentocariosa de Rothia pour être courants sur le front, la narine, le tabouret, et les échantillons de plancher et étaient plus répandus dans des échantillons du positif SARS-CoV-2. Rothia n'est généralement pas présent dans des échantillons d'hôpital, n'a pas trouvé les auteurs, après avoir comparé une étude précédente de microbiome d'hôpital, et n'était pas spécifique à SARS-CoV-2.

Mappage spatial d
Mappage spatial d'Ili' de chambre normale d'hôpital (non-ICU) et de chambre (ICU) d'unité de soins intensifs. Heatmap dépeint les % d'échantillons rassemblés à chaque site qui étaient positifs pour le radar à ouverture synthétique CoV-2.

Association entre SARS-CoV-2 et bactéries d'intérieur

Bien que le virus SARS-CoV-2 ait été trouvé dans les salles d'hospitalisé d'environnement d'intérieur, il est inconnu si les virus trouvés étaient viables. À cause des valeurs de Ct de haut de la majeure partie des échantillons et du manque d'infection dans les membres du personnel soignant s'occupant des patients, les auteurs concluent que les surfaces positives étaient des sources de viral infection peu probables dans le réglage d'hôpital étudié quand la protection personnelle appropriée a été employée. Cependant, des pratiques en matière efficaces de nettoyage devraient être mises à jour pour nettoyer par habitude des surfaces pour abaisser la possibilité de la boîte de vitesses.

La présence de Rothia a été vue dans des études précédentes sur SARS-CoV-2, proposant une association intense avec le virus, bien que le mécanisme ne soit pas clair. Des substances de Rothia ont été vues dans le microbiome oral et gastro-intestinal humain et proposent la boîte de vitesses oral-fécale accrue, une caractéristique de COVID-19. Rothia a été également vu pour être plus élevé dans les patients COVID-19 présentant la maladie cardio-vasculaire, mais on l'a également observé dans les patients cardiovasculaires sans COVID-19. Plus d'études sont nécessaires pour comprendre cette association et si elle peut être employée dans les méthodes pour réduire la boîte de vitesses SARS-CoV-2.

Parmi tous les échantillons, le front, narines, selles, le dentocariosa de Rothia de bactérie était hautement prévisionnel de et lié à l'infection SARS-CoV-2. L'association pourrait être un résultat de l'interaction directe des bactéries avec le virus ou indirectement par des effets sur l'hôte, la proposition il y a peut-être un rôle de la synergie de bactérie-virus dans la transmission de la maladie COVID-19.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Lakshmi Supriya

Written by

Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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