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Ricerchi la prevalenza di collegamenti SARS-CoV-2, le superfici dell'ospedale e i microbiomes pazienti

I ricercatori hanno trovato un'più alta diversità batterica nelle stanze pazienti SARS-CoV-2 e le superfici nella stanza, suggerente la diversità batterica possono svolgere un ruolo nella trasmissione del virus.

I coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agente causativo di sindrome respiratorio acuto severo COVID-19 della pandemia, diffusioni pricipalmente dalla trasmissione ærea, in goccioline o aerosol respiratori. La trasmissione fecale è un itinerario più possibile da cui il virus si sparge.

Un altro metodo di diffusione è quando la gente tocca le goccioline contenenti virus che cadono sulle varie superfici come le tabelle, le maniglie della porta ed i contatori. SARS-CoV-2 è stato individuato su varie superfici, compreso plastica, cartone, l'acciaio ed i metalli.

La composizione batterica è premonitrice di stato SARS-CoV-2 nei campioni di pavimento dei nares, della fronte, delle feci e dell
La composizione batterica è premonitrice di stato SARS-CoV-2 nei campioni di pavimento dei nares, della fronte, delle feci e dell'interno. La prestazione di previsione dei classificatori casuali della foresta su stato SARS-CoV-2 per ogni tipo del campione è stata valutata facendo uso di AUROC (A) e di AUPRC (B) per i nares (n=76), la fronte (n=79), le feci (n=44) ed il pavimento dell'interno (n=107), in un approccio di 100 volte di inter-convalida (vedi i metodi). (C) tracciato dell'imperatrice delle 100 funzionalità più premonirici di stato SARS-CoV-2 nei campioni di pavimento dei nares, della fronte, delle feci e dell'interno, in cui un singolo ASV con l'allineamento 100% al dentocariosa di Rothia è stato identificato attraverso tutti i tipi del campione. Principale 100 ordini casuali dell'importanza della foresta e la tassonomia di GreenGenes dai nares, dalla fronte, dalle feci e dai campioni di pavimento dell'interno è disponibile in S2. (D) proporzione di campioni che contengono il dentocariosa altamente premonitore ASV di Rothia nei campioni positivi e negativi di SARS-CoV-2 dallo studio corrente e da (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

Il rischio di contratto del virus SARS-CoV-2 è maggior all'interno che all'aperto, particolarmente nelle aree male arieggiate. Un microbiome dell'interno può essere unico secondo l'ambiente, principalmente dominato dai microbi della umano-tettoia.

I microbi sono generalmente batteri, ma le aree dell'interno possono anche avere virus quando la gente malata è presente. L'interazione del virus e dei batteri è stata conosciuta e studiato stata, per esempio, in animali, nell'interazione fra i batteri dell'intestino ed i virus intestinali. I batteri dell'intestino possono pregiudicare l'infettività gastrointestinale del virus migliorando la termostabilità e la stabilità ambientale dei virus. le interazioni dei Virus-batteri egualmente sono state osservate nelle vie respiratorie superiori. Quindi, è possibile che tali interazioni siano presenti anche negli spazi dell'interno.

(N=16) dati demografici pazienti (A), assunzione degli antibiotici (B), comorbidities (C).
(N=16) dati demografici pazienti (A), assunzione degli antibiotici (B), comorbidities (C).

Microbiome nelle stanze del paziente SARS-CoV-2

Ricercatori dall'università di California, da San Diego, da IBM, centro di ricerca di T.J. Watson e da IBM-Almaden esplorato se i microbi presenti in un ambiente interno possono pregiudicare l'infezione SARS-CoV-2. Hanno riferito i loro risultati in un documento pubblicato sul " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv*.

Gli autori hanno ottenuto i campioni del tampone dai pazienti e dai lavoratori di sanità al centro medico del UCSD. Hanno tamponato l'interfaccia, vie respiratorie, feci e le varie superfici i pazienti ed i lavoratori di sanità hanno contattato per raccogliere 972 campioni dalla gente e 734 campioni delle superfici dell'ospedale.

Dei campioni di superficie, circa 13% erano positivi per SARS-CoV-2. I pavimenti vicino al letto di un paziente hanno avuti la maggior parte del virus. Un certo virus egualmente è stato trovato in pazienti che avevano verificato la quantità negativa a virus e nelle sale pulite dopo l'occupazione da un paziente positivo.

Facendo uso della prova del rRNA 16S, hanno identificato i microbi differenti nei campioni. Hanno trovato i cluster differenti dei microbi sul pavimento, sui feci e sui campioni fronte/della narice. Le superfici commoventi frequentemente dai lavoratori di sanità hanno avute i microbiomes simili ai loro microbiomes e quelli commoventi dai pazienti più microbiomes avuti simili ai pazienti.

La diversità media di specie era molto più alta nei campioni di superficie, particolarmente il pavimento, che in campioni dalla gente, con la diversità che è più nei campioni del positivo SARS-CoV-2. Analizzando i microbi presenti in campioni positivi, gli autori hanno trovato Clostridiales per essere un gruppo presente nella proporzione elevata i campioni di feci, simili a quello trovato in acqua di scarico studia. Gli actinomici, Anaerococcus, Dialister, Gemella e Schaalia sono stati veduti nei campioni della narice e della fronte.

Hanno trovato il dentocariosa di Rothia per essere comuni sulla fronte, sulla narice, sui feci e sui campioni di pavimento ed erano più prevalenti nei campioni del positivo SARS-CoV-2. Rothia non è generalmente assente nei campioni dell'ospedale, non ha trovato gli autori, dopo il paragone dello studio precedente del microbiome dell'ospedale e non era specifico a SARS-CoV-2.

Mappatura spaziale di Ili
Mappatura spaziale di Ili' della stanza (non-ICU) standard dell'ospedale e della stanza (ICU) dell'unità di cure intensive. Heatmap descrive le percentuali dei campioni raccolti ad ogni sito che erano positivi per il SAR CoV-2.

Associazione fra SARS-CoV-2 ed i batteri dell'interno

Sebbene il virus SARS-CoV-2 sia individuato nelle stanze del ricoverato dell'ambiente interno, non si sa se i virus individuati fossero possibili. A causa di alti valori di Ct della maggior parte dei campioni e della mancanza di infezione nei lavoratori di sanità che si occupano dei pazienti, gli autori concludono che le superfici positive erano sorgenti improbabili dell'infezione virale nella regolazione dell'ospedale studiata quando la protezione personale appropriata è stata usata. Tuttavia, le efficaci pratiche di pulizia dovrebbero essere mantenute per pulire ordinariamente le superfici per abbassare la probabilità della trasmissione.

La presenza di Rothia è stata veduta negli studi precedenti su SARS-CoV-2, suggerente una forte associazione con il virus, sebbene il meccanismo non fosse chiaro. Le specie di Rothia sono state vedute nel microbiome orale e gastrointestinale umano e suggerisce la trasmissione orale-fecale aumentata, una caratteristica di COVID-19. Rothia inoltre è stato veduto per essere più alto in pazienti COVID-19 con la malattia cardiovascolare, ma egualmente è stato osservato in pazienti cardiovascolari senza COVID-19. Più studi sono necessari capire questa associazione e se può essere utilizzata nei metodi per diminuire la trasmissione SARS-CoV-2.

Fra tutti i campioni, la fronte, le narici, feci, il dentocariosa di Rothia del batterio era altamente premonitrice di e connesso con l'infezione SARS-CoV-2. L'associazione potrebbe essere un risultato di interazione diretta dei batteri con il virus o indirettamente con gli effetti sul host, suggerire là è forse un ruolo di sinergia del batterio-virus nella trasmissione di malattia COVID-19.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Lakshmi Supriya

Written by

Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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