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Pesquise a predominância das relações SARS-CoV-2, as superfícies do hospital e microbiomes pacientes

Os pesquisadores encontraram uma diversidade bacteriana mais alta nas salas SARS-CoV-2 pacientes e as superfícies na sala, sugerindo a diversidade bacteriana podem jogar um papel na transmissão do vírus.

O coronavirus 2 (SARS-CoV-2), o agente causal da Síndrome Respiratória Aguda Grave COVID-19 da pandemia, propagações principalmente pela transmissão transportada por via aérea, em gotas ou em aerossóis respiratórios. A transmissão fecal é uma rota mais possível por que o vírus espalha.

Um outro método de espalhamento é quando os povos tocam em vírus-conter as gotas que caem em várias superfícies como tabelas, puxadores, e contadores. SARS-CoV-2 foi detectado em uma variedade de superfícies, incluindo o plástico, o cartão, o aço, e os metais.

A composição bacteriana é com carácter de previsão do estado SARS-CoV-2 em amostras de assoalho dos nares, da testa, do tamborete e do interior. O desempenho da previsão de classificadores aleatórios da floresta no estado SARS-CoV-2 para cada tipo da amostra foi avaliado usando AUROC (a) e AUPRC (b) para os nares (n=76), a testa (n=79), o tamborete (n=44), e o assoalho do interior (n=107), em uma aproximação da cruz-validação de 100 dobras (veja métodos). (c) Lote da imperatriz das 100 características as mais com carácter de previsão do estado SARS-CoV-2 nas amostras de assoalho dos nares, da testa, do tamborete e do interior, onde um único ASV com alinhamento 100% ao dentocariosa de Rothia foi identificado através de todos os tipos da amostra. A importância aleatória da floresta da parte superior 100 classifica e a taxonomia de GreenGenes dos nares, da testa, do tamborete, e das amostras de assoalho do interior está disponível no DataFile S2. (d) Proporção de amostras que contêm o dentocariosa altamente com carácter de previsão ASV de Rothia em amostras positivas e negativas de SARS-CoV-2 do estudo actual, e de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)
A composição bacteriana é com carácter de previsão do estado SARS-CoV-2 em amostras de assoalho dos nares, da testa, do tamborete e do interior. O desempenho da previsão de classificadores aleatórios da floresta no estado SARS-CoV-2 para cada tipo da amostra foi avaliado usando AUROC (a) e AUPRC (b) para os nares (n=76), a testa (n=79), o tamborete (n=44), e o assoalho do interior (n=107), em uma aproximação da cruz-validação de 100 dobras (veja métodos). (c) Lote da imperatriz das 100 características as mais com carácter de previsão do estado SARS-CoV-2 nas amostras de assoalho dos nares, da testa, do tamborete e do interior, onde um único ASV com alinhamento 100% ao dentocariosa de Rothia foi identificado através de todos os tipos da amostra. A importância aleatória da floresta da parte superior 100 classifica e a taxonomia de GreenGenes dos nares, da testa, do tamborete, e das amostras de assoalho do interior está disponível em S2. (d) Proporção de amostras que contêm o dentocariosa altamente com carácter de previsão ASV de Rothia em amostras positivas e negativas de SARS-CoV-2 do estudo actual, e de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

O risco de contratar o vírus SARS-CoV-2 é maior dentro do que fora, especialmente em áreas deficientemente ventiladas. Um microbiome interno pode ser original segundo o ambiente, dominado na maior parte por micróbios da humano-vertente.

Os micróbios são geralmente bactérias, mas as áreas internas podem igualmente ter vírus quando os povos doentes estam presente. A interacção do vírus e das bactérias foi sabida e estudada, por exemplo, nos animais, na interacção entre as bactérias do intestino e vírus intestinais. As bactérias do intestino podem afectar a infectividade gastrintestinal do vírus melhorando o thermostability e a estabilidade ambiental dos vírus. as interacções das Vírus-bactérias foram observadas igualmente nas vias respiratórias superiores. Daqui, é possível que tais interacções estam presente mesmo em espaços internos.

Demografia (n=16) paciente (a), entrada dos antibióticos (b), comorbidities (c).
Demografia (n=16) paciente (a), entrada dos antibióticos (b), comorbidities (c).

Microbiome em salas do paciente SARS-CoV-2

Pesquisadores do University of California, San Diego, do IBM, do centro de pesquisa de T.J. Watson e do IBM-Almaden explorados se os micróbios actuais em um ambiente interno podem afectar a infecção SARS-CoV-2. Relataram seus resultados em um papel publicado no server da pré-impressão do medRxiv*.

Os autores obtiveram amostras do cotonete dos pacientes e dos trabalhadores dos cuidados médicos no centro médico do UCSD. Limparam a pele, vias respiratórias, tamborete, e as várias superfícies os pacientes e os trabalhadores dos cuidados médicos vieram em contacto com recolher 972 amostras dos povos e 734 amostras de hospital surgem.

Das amostras de superfície, aproximadamente 13% eram positivos para SARS-CoV-2. Os assoalhos perto da base de um paciente tiveram a maioria de vírus. Algum vírus foi encontrado igualmente nos pacientes que tinham testado o negativo para o vírus e nas salas limpadas após a ocupação por um paciente positivo.

Usando o teste do rRNA 16S, identificaram os micróbios diferentes nas amostras. Encontraram conjuntos diferentes de micróbios no assoalho, no tamborete, e nas amostras da narina/testa. As superfícies tocadas freqüentemente por trabalhadores dos cuidados médicos tiveram os microbiomes similares a seus microbiomes, e os aqueles tocados por pacientes mais microbiomes tidos similares aos pacientes.

A diversidade média da espécie era muito mais alta nas amostras de superfície, especialmente o assoalho, do que nas amostras dos povos, com a diversidade que está mais em amostras do positivo SARS-CoV-2. Analisando os micróbios actuais em amostras positivas, os autores encontraram Clostridiales para ser um grupo actual na elevada percentagem as amostras de tamborete, similares àquela encontrada nas águas residuais estudam. Os actinomicetos, Anaerococcus, Dialister, Gemella, e Schaalia foram vistos nas amostras da testa e da narina.

Encontraram o dentocariosa de Rothia para ser comuns na testa, na narina, no tamborete, e nas amostras de assoalho e foram mais predominantes em amostras do positivo SARS-CoV-2. Rothia não está geralmente actual em amostras do hospital, não encontrou os autores, após ter comparado um estudo precedente do microbiome do hospital, e não foi específico a SARS-CoV-2.

Traço espacial de Ili
Traço espacial de Ili' da sala padrão do hospital (non-ICU) e da sala (ICU) da unidade de cuidados intensivos. Heatmap descreve os por cento das amostras recolhidas em cada local que eram positivas para SARS CoV-2.

Associação entre SARS-CoV-2 e as bactérias internas

Embora o vírus SARS-CoV-2 seja detectado no ambiente interno dentro - salas pacientes, é desconhecido se os vírus detectados eram viáveis. Devido aos valores altos do Ct da maioria das amostras e da falta da infecção nos trabalhadores dos cuidados médicos que importam-se com os pacientes, os autores concluem que as superfícies positivas eram fontes improváveis de infecção viral no ajuste do hospital estudado quando a protecção pessoal apropriada foi usada. Contudo, as práticas eficazes da limpeza devem ser mantidas para limpar rotineiramente superfícies para abaixar a possibilidade da transmissão.

A presença de Rothia foi considerada em estudos precedentes em SARS-CoV-2, sugerindo uma associação forte com o vírus, embora o mecanismo não fosse claro. As espécies de Rothia foram consideradas no microbiome oral e gastrintestinal humano e sugerem a transmissão oral-fecal aumentada, uma característica de COVID-19. Rothia foi visto igualmente para ser mais alto nos pacientes COVID-19 com doença cardiovascular, mas igualmente observou-se em pacientes cardiovasculares sem COVID-19. Mais estudos são necessários compreender esta associação e se pode ser usada nos métodos para reduzir a transmissão SARS-CoV-2.

Entre todas as amostras, a testa, narinas, tamborete, o dentocariosa de Rothia da bactéria era altamente com carácter de previsão de e associado com a infecção SARS-CoV-2. A associação poderia ser um resultado da interacção directa das bactérias com o vírus ou indirectamente com os efeitos no anfitrião, sugerir lá é talvez um papel da sinergia do bactéria-vírus na transmissão da doença COVID-19.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Lakshmi Supriya

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Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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