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Investigue la incidencia de los eslabones SARS-CoV-2, las superficies del hospital y los microbiomes pacientes

Los investigadores encontraron una diversidad bacteriana más alta en los cuartos pacientes SARS-CoV-2 y las superficies en el cuarto, sugiriendo diversidad bacteriana pueden desempeñar un papel en la transmisión del virus.

El coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el agente causativo de la neumonía asiática COVID-19 del pandémico, extensiones principal por la transmisión llevada por aire, en gotitas o aerosoles respiratorios. La transmisión fecal es una ruta más posible por la cual el virus se extiende.

Otro método que se extiende es cuando la gente toca las gotitas virales que caen en diversas superficies como las tablas, los tiradores, y los contratirantes. SARS-CoV-2 se ha descubierto en una variedad de superficies, incluyendo el plástico, la cartulina, el acero, y los metales.

La composición bacteriana es profética del estado SARS-CoV-2 en muestras de suelo de los nares, de la frente, del taburete y del interior. El funcionamiento de la predicción de los clasificadores al azar del bosque en el estado SARS-CoV-2 para cada tipo de la muestra fue fijado usando AUROC (a) y AUPRC (b) para los nares (n=76), la frente (n=79), el taburete (n=44), y el suelo del interior (n=107), en una aproximación de cien veces de la validación cruzada (véase los métodos). (c) Gráfico de la emperatriz de las 100 características más proféticas del estado SARS-CoV-2 en las muestras de suelo de los nares, de la frente, del taburete y del interior, donde un único ASV con la alineación 100% al dentocariosa de Rothia fue determinado a través de todos los tipos de la muestra. La importancia al azar del bosque de la capota 100 alinea y la taxonomía de GreenGenes de los nares, de la frente, del taburete, y de muestras de suelo del interior está disponible en el DataFile S2. (d) Proporción de muestras que contienen el dentocariosa altamente profético ASV de Rothia en muestras positivas y negativas de SARS-CoV-2 del estudio actual, y de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)
La composición bacteriana es profética del estado SARS-CoV-2 en muestras de suelo de los nares, de la frente, del taburete y del interior. El funcionamiento de la predicción de los clasificadores al azar del bosque en el estado SARS-CoV-2 para cada tipo de la muestra fue fijado usando AUROC (a) y AUPRC (b) para los nares (n=76), la frente (n=79), el taburete (n=44), y el suelo del interior (n=107), en una aproximación de cien veces de la validación cruzada (véase los métodos). (c) Gráfico de la emperatriz de las 100 características más proféticas del estado SARS-CoV-2 en las muestras de suelo de los nares, de la frente, del taburete y del interior, donde un único ASV con la alineación 100% al dentocariosa de Rothia fue determinado a través de todos los tipos de la muestra. La importancia al azar del bosque de la capota 100 alinea y la taxonomía de GreenGenes de los nares, de la frente, del taburete, y de muestras de suelo del interior está disponible en S2. (d) Proporción de muestras que contienen el dentocariosa altamente profético ASV de Rothia en muestras positivas y negativas de SARS-CoV-2 del estudio actual, y de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

El riesgo de contratar el virus SARS-CoV-2 es mayor bajo techo que al aire libre, especialmente en áreas mal ventiladas. Un microbiome interior puede ser único dependiendo del ambiente, dominado sobre todo por los microbios del humano-cobertizo.

Los microbios son generalmente bacterias, pero las áreas interiores pueden también tener virus cuando la gente enferma está presente. La acción recíproca del virus y de bacterias se ha sabido y se ha estudiado, por ejemplo, en animales, la acción recíproca entre las bacterias de la tripa y los virus intestinales. Las bacterias de la tripa pueden afectar a contagiosidad gastrointestinal del virus perfeccionando la termoestabilidad y la estabilidad ambiental de virus. las acciones recíprocas de las Virus-bacterias también se han observado en las vías respiratorias superiores. Por lo tanto, es posible que tales acciones recíprocas están presentes incluso en espacios interiores.

Datos demográficos pacientes (n=16) (a), admisión de los antibióticos (b), comorbidities (c).
Datos demográficos pacientes (n=16) (a), admisión de los antibióticos (b), comorbidities (c).

Microbiome en cuartos del paciente SARS-CoV-2

Investigadores de la Universidad de California, de San Diego, de IBM, centro de investigación de T.J. Watson y de IBM-Almaden explorado si los microbios presentes en un ambiente interior pueden afectar a la infección SARS-CoV-2. Denunciaron sus resultados en un papel publicado en el servidor de la prueba preliminar del medRxiv*.

Los autores obtuvieron muestras del lampazo de pacientes y de trabajadores de la atención sanitaria en el centro médico del UCSD. Limpiaron la piel, vías respiratorias, taburete, y las diversas superficies los pacientes y los trabajadores de la atención sanitaria entraron en contacto con para cerco 972 muestras de gente y 734 muestras de las superficies del hospital.

De las muestras superficiales, los cerca de 13% eran positivos para SARS-CoV-2. Los suelos cerca de la base de un paciente tenían la mayoría del virus. Algún virus también fue encontrado en los pacientes que habían probado la negativa para el virus y en los cuartos limpiados después de ser ocupada por un paciente positivo.

Usando la prueba del rRNA 16S, determinaron los diversos microbios en las muestras. Encontraron diversos atados de microbios en el suelo, el taburete, y las muestras de la ventana de la nariz/de la frente. Las superficies tocadas con frecuencia por los trabajadores de la atención sanitaria tenían los microbiomes similares a sus microbiomes, y ésos tocados por los pacientes más microbiomes tenidos similares a los pacientes.

La diversidad media de la especie era mucho más alta en las muestras superficiales, especialmente el suelo, que en muestras de la gente, con la diversidad estando más en muestras del positivo SARS-CoV-2. Analizando los microbios presentes en muestras positivas, los autores encontraron Clostridiales para ser un grupo presente en la parte elevada las muestras de taburete, similares a ésa encontrada en aguas residuales estudian. Los actinomicetos, Anaerococcus, Dialister, Gemella, y Schaalia fueron vistos en las muestras de la frente y de la ventana de la nariz.

Encontraron el dentocariosa de Rothia para ser comunes en la frente, la ventana de la nariz, el taburete, y las muestras de suelo y eran más frecuentes en muestras del positivo SARS-CoV-2. Rothia no está generalmente presente en muestras del hospital, no encontró a los autores, después de comparar un estudio anterior del microbiome del hospital, y no era específico a SARS-CoV-2.

Correspondencia espacial de Ili
Correspondencia espacial de Ili' del sitio estándar del hospital (non-ICU) y del sitio (ICU) de la Unidad de Cuidados Intensivos. Heatmap representa el por ciento de las muestras cerco en cada sitio que eran positivas para SARS CoV-2.

Asociación entre SARS-CoV-2 y las bacterias interiores

Aunque el virus SARS-CoV-2 fuera descubierto en los cuartos el hospitalizado del ambiente interior, es desconocido si los virus descubiertos eran viables. Debido a los altos valores del Ct la mayor parte de las muestras y de la falta de infección en los trabajadores de la atención sanitaria que cuidan para los pacientes, los autores concluyen que las superficies positivas eran fuentes inverosímiles de la infección viral en la fijación del hospital estudiada cuando la protección personal apropiada fue utilizada. Sin embargo, las prácticas efectivas de la limpieza se deben mantener para limpiar rutinario superficies para bajar la ocasión de la transmisión.

La presencia de Rothia se ha considerado en estudios anteriores en SARS-CoV-2, sugiriendo una asociación fuerte con el virus, aunque el mecanismo no esté sin obstrucción. Las especies de Rothia se han considerado en el microbiome oral y gastrointestinal humano y sugieren la transmisión oral-fecal creciente, una característica de COVID-19. Rothia también se ha visto para ser más alto en los pacientes COVID-19 con enfermedad cardiovascular, pero también se ha observado en pacientes cardiovasculares sin COVID-19. Más estudios son necesarios entender esta asociación y si puede ser utilizada en métodos para reducir la transmisión SARS-CoV-2.

Entre todas las muestras, la frente, ventanas de la nariz, taburete, el dentocariosa de Rothia de la bacteria era altamente profética de y asociado a la infección SARS-CoV-2. La asociación podría ser un resultado de la acción recíproca directa de las bacterias con el virus o indirectamente con efectos sobre el ordenador principal, el sugerir allí es quizás un papel de la sinergia del bacteria-virus en la transmisión de la enfermedad COVID-19.

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Lakshmi Supriya

Written by

Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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