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L'épitope « megapools » a pu aider à déterminer les jeux à cellule T d'immunité de rôle dans COVID-19

Les chercheurs les Etats-Unis et Australie ont réalisé une analyse globale des configurations de reconnaissance d'épitope liées à l'infection du coronavirus 2 de syndrôme respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) chez l'homme.

Le virus SARS-CoV-2 est responsable de la pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) qui a actuel des scientifiques emballer pour développer les vaccins efficaces et les traitements antiviraux.

L'équipe - de l'institut de La Jolla pour l'immunologie (LJI) à la Californie, à l'Université de Californie San Diego (UCSD), et à l'Université de Murdoch, Perth - des centaines recensées d'antigène humain de leucocyte (HLA) classent I et épitopes II-restreints de la classe SARS-CoV-2-derived de HLA. L'étude a indiqué les configurations distinctes de l'immunodominance SARS-CoV-2 qui ont différé entre les cellules de T de CD4+, les cellules de T de CD8+, et les anticorps.

Alessandro Sette et collègues disent qu'à leur connaissance, aucune étude n'a décrit jusqu'à présent le répertoire des épitopes SARS-CoV-2 à cellule T de CD4+ et de CD8+ avec un niveau comparable de granularité ou de largeur.

L'équipe a combiné ces épitopes pour produire l'épitope neuf « megapools » qui peut être employé pour mesurer le virus-détail CD4+ et les réactions à cellule T de CD8+ et pourrait faciliter la recherche dans le rôle que l'immunité à cellule T joue dans l'infection SARS-CoV-2 et le COVID-19.

Une version de prétirage du papier est procurable sur le serveur de bioRxiv*, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Les réactions à cellule T semblent moduler la gravité COVID-19

Le cours de la maladie suivant l'infection SARS-CoV-2 est hautement variable, s'échelonnant de doux ou même asymptomatique, à la pneumonie virale sévère, la détresse respiratoire et le multi-organe endommagent.

Un fuselage croissant de la preuve indique des réactions à cellule T de SARS-CoV-2-specific en tant que modulateurs principaux de cette gravité de la maladie. COVID-19 doux a été associé à l'anticorps coordonné, à la cellule T de CD4+ et aux réactions à cellule T de CD8+, alors que des cas sévères ont été associés à un manque de coordination dans cellulaire et des réactions des anticorps.

Jusqu'à présent, la plupart des études visant à tracer le rôle que le jeu à cellule T de réactions ont employé met en commun des peptides prévus ou superposants qui enjambent la séquence des différents antigènes SARS-CoV-2. Cependant, les épitopes à cellule T exacts et les régions immunodominant d'antigène impliqués n'ont pas été entièrement déterminés.

La « définition d'un ensemble complet de spécificités d'épitope est importante pour plusieurs raisons, » écrivent les chercheurs.

Par exemple, la capacité de déterminer si certaines régions dans les différents antigènes SARS-CoV-2 sont immunodominant seraient principales à assurer les éléments vacciniques comprennent non seulement des régions visées par la neutralisation des anticorps, mais également ceux capables de fournir des réactions à cellule T suffisantes.

En outre, une étude complète des épitopes de SARS-CoV-2-derived limités par un ensemble de différents HLA qui sont divers en travers de la population globale aiderait à s'assurer que des découvertes d'étude sont généralisable à différents groupes ethniques.

Que les chercheurs ont-ils fait ?

Pour recenser la configuration de l'immunodominance en travers des antigènes SARS-CoV-2 variés et mesurer des réactions à cellule T de CD4+ et de CD8+ au virus, l'équipe a étudié des réactions à cellule T d'épitope-détail utilisant les échantillons périphériques de cellule mononucléaire (PBMC) de sang prélevés de 99 donneurs COVID-19 convalescents adultes.

Le protéome SARS-CoV-2 a été sondé utilisant 1.925 peptides superposants différents qui ont enjambé le génome viral entier, pour assurer la couverture impartiale des différents allèles de la classe II de HLA exprimés en travers de la cohorte d'étude.

Pour la classe de HLA I, l'équipe a sélecté les 5.600 cahiers prévus complémentaires pour 28 allèles importants de la classe I de HLA, représentant 98,8% de couverture de la classe I de HLA mondiale.

« Nous ne nous rendons pas compte d'aucune étude qui décrit le répertoire des épitopes à cellule T de CD4+ et de CD8+ identifiés dans l'infection SARS-CoV-2 avec un niveau comparable de granularité ou de largeur, » écrit l'équipe.

Qu'ont-ils trouvé ?

Les chercheurs ont recensé plusieurs centaines d'épitopes HLA-restreints de SARS-CoV-2-derived. Ils ont observé les configurations claires de l'immunodominance qui ont différé entre les cellules de T de CD4+, les cellules de T de CD8+, et les anticorps.

Un numéro limité des antigènes représenté autour de 80% de la toutes les réaction et combinaison, les mêmes antigènes étaient dominant pour des réactions de CD4+ et de CD8+.

Cependant, la capacité de liaison de HLA était une cause déterminante importante de l'immunogénicité pour des cellules de T de CD4+.

« Gripper aux variantes alléliques multiples de HLA est un mécanisme important pour amplifier l'immunogénicité potentielle des épitopes de peptide et des régions spécifiques dans un antigène, » dit Sette et collègues.

Ensuite, l'équipe a projeté les régions dominantes à cellule T de CD4+ sur les structures des protéines connues SARS-CoV-2 ou prévues. Ceci a indiqué que les régions dominantes d'épitope sont différentes pour des cellules de B et de T.

« C'est d'importance pour la mise au point de vaccin, comme l'inclusion des sous-régions d'antigène sélectées sur la base de la dominance pour la réactivité d'anticorps pourrait avoir comme conséquence un immunogène exempt d'activité à cellule T suffisante de CD4+, » écrit l'équipe.

À la différence des régions dominantes clairement distinctes observées pour la cellule T de CD4+ et des réactions des anticorps, des épitopes à cellule T de CD8+ ont été distribués uniformément dans tous les antigènes variés, proposant peu effet de position dans la distribution à cellule T d'épitope de CD8+.

« Dans le cas des réactions à cellule T de CD8+, notre caractéristique met en valeur des différences spécifiques de HLA-allèle dans la fréquence et l'importance de réactions, » écrit l'équipe. « Notre étude fournit un calendrier de lancement pour l'inclusion des régions spécifiques ou des épitopes discrets, pour tenir compte de la représentation à cellule T d'épitope de CD8+ en travers d'un grand choix de différents HLA. »

Combinaison des épitopes dans des megapools

De façon générale, ces expériences ont recensé un total de 280 CD4+ et 454 épitopes à cellule T de CD8+, que les chercheurs ont combiné dans les megapools neufs d'épitope pour faciliter l'identification et la quantification des cellules SARS-CoV-2-specific CD4+ et de T de CD8+.

Nous planification pour rendre ces gisements d'épitope procurables en communauté scientifique dans son ensemble, et comptons qu'elles faciliteront l'enquête postérieure du rôle de l'immunité à cellule T dans l'infection SARS-CoV-2 et le COVID-19, » dit Sette et collègues.

Les chercheurs anticipent que les découvertes d'étude seront de valeur significative pour qu'aider comprenne des réactions immunitaires à l'infection SARS-CoV-2 et pour la diagnose basée sur t se développante.

« De plus, les résultats jettent la lumière sur les mécanismes de l'immunodominance de SARS-CoV-2, qui ont des implications pour des interactions de compréhension d'hôte-virus, ainsi que pour le modèle vaccinique, » ils concluent.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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