Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Le simulazioni del supercomputer piombo ad una scoperta virale importante dell'inibitore

La cometa recentemente utilizzata dei ricercatori dell'università  del New Hampshire (UNH) al centro del supercomputer di San Diego a Uc San Diego e a Stampede2 al Texas ha avanzato il centro di elaborazione per identificare la nuova associazione dell'inibitore/vie scioglienti ad un in un virus basato a RNA. I risultati potrebbero essere utili nella comprensione come questi inibitori reagiscono e potenzialmente contribuiscono a sviluppare una nuova generazione di droghe per mirare ai virus con gli alti tassi di mortalità, quali il HIV-1, Zika, Ebola e SARS-CoV2, il virus che causa COVID-19.

Quando in primo luogo abbiamo iniziato questa ricerca, non abbiamo anticipato mai che saremmo stati nel mezzo di una pandemia causata da un virus a RNA,„ abbiamo detto Harish Vashisth, professore associato dell'ingegneria chimica al UNH. “Poichè questi tipi di virus emergono, i nostri risultati eventualmente offriranno una comprensione migliorata di come RNAs virale interagisce con gli inibitori ed è usato per progettare i migliori trattamenti.„

Harish Vashisth, professore associato di ingegneria chimica, UNH

Simile a come gli esseri umani codificano il loro genoma facendo uso di DNA, molti virus hanno un trucco genetico delle molecole del RNA. Questi a genoma basati a RNA contengono i siti potenziali in cui gli inibitori possono fissare e disattivare il virus. La parte della sfida nello sviluppo della droga è che le variazioni o mutazioni nel genoma virale che può impedire gli inibitori fissare.

Nel loro studio, recentemente pubblicato nel giornale delle lettere di chimica fisica, Vashisth ed il suo gruppo hanno creato le simulazioni di dinamica molecolare facendo uso della cometa e dei supercomputer Stampede2 per osservare specificamente un frammento del RNA dal virus di HIV-1 e dalla sua interazione con il acetylpromazine, una piccola molecola che è conosciuta per interferire con il trattamento della replica del virus.

Gli scienziati hanno messo a fuoco sugli elementi strutturali dal genoma del RNA di HIV-1 perché sono considerati un buon modello per lo studio degli stessi trattamenti attraverso una vasta gamma di virus a RNA. Queste simulazioni hanno permesso loro di scoprire le vie dell'inibitore che scioglie dal RNA virale in parecchi eventi rari - che sono spesso difficili da osservare sperimentalmente - che indicato inatteso un movimento coordinato in molte parti della casella obbligatoria che sono le particelle elementari di RNA.

Grazie alle allocazioni estreme (NSF) dell'ambiente della scienza e dell'assistenza tecnica del National Science Foundation (XSEDE) sulla cometa e su Stampede2, i ricercatori potevano eseguire le centinaia di simulazioni allo stesso tempo per osservare che cosa sono chiamati eventi base-lancianti rari in questione nell'associazione dell'inibitore/trattamento sciogliente che hanno fornito i nuovi dati dettagliati del meccanismo di fondo di questo trattamento.

“La nostra speranza è che questa aggiunge le nuove possibilità ad un campo messo a fuoco tradizionalmente sulle strutture biomolecolari statiche e piombo ai nuovi farmaci,„ Vashisth ha detto.