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Le chercheur découvre sept empreintes digital d'ADN qui définissent le risque de cancer

Le mode de vie, ou mis des autres mauvaises habitudes de voie « , est l'une des explications de manuel pour pourquoi certains sont à un plus gros risque pour le cancer. Nous entendons souvent que le fumage augmente notre risque de développer le cancer de poumon ou qu'un régime à haute teneur en graisses augmente notre risque de développer le cancer de l'intestin, mais pas tous les fumeurs attrapent le cancer de poumon et pas tous les gens qui mangent des cheeseburgers attrapent le cancer de l'intestin. De « autres facteurs » doivent être au jeu.

Maintenant, la recherche neuve de l'université de M. Edwin Wang, PhD de scientifique de Calgary, jette la lumière sur ces « autres facteurs ». Wang a découvert sept empreintes digital ou configurations d'ADN qui définissent le risque de cancer. La recherche est publiée dans des avances de la Science.

Cette découverte récrit l'explication de manuel que le cancer se produit à cause du comportement humain combiné avec de la mauvaise chance d'inclure à un renivellement génétique. Nous croyons qu'un bébé est né avec une configuration génomique de lignée germinale et elle ne changera pas, et que la configuration est associée à un risque de cancer inférieur ou plus élevé. »

M. Edwin Wang, Ph.D., scientifique, université de Calgary

La recherche offre l'analyse neuve dans le risque de maladie multi-de generations pendant que la lignée germinale représente les cellules qui déterminent nos enfants et l'ADN qui est réussi du parent aux enfants. Elle est la première fois que les scientifiques ont décrit ces configurations biologiques hautement spécialisées applicables au risque de cancer.

Wang, un biologiste de systèmes de cancer et le grand scientifique de caractéristiques, prises l'Alberta innove présidence de translation dans la génomique de cancer. Il présume que chacun des ajustements dans ces derniers risquent des catégories leur effectuant prédisposé sans plus au cancer, tout comme une échelle mobile. Un membre de l'institut d'institut de recherches d'hôpital pour enfants (ACHRI) d'Alberta et de cancer d'Arnie Charbonneau à l'École de Médecine de Cumming, Wang a constaté que les empreintes digital d'ADN pourraient être classifiées dans des sous-groupes avec des taux de survie distincts. Un de la protection de sept offres de lignées germinales contre le cancer se développant, et les six autres lignées germinales présentent un risque plus grand pour le cancer.

« Il est intéressant qu'une de ces lignées germinales soit protectrice contre le cancer se développant et elle est apparue fréquemment dans notre analyse des génomes, » dit Wang, un professeur en Service de Biochimie et biologie moléculaire du CSM. « Nous savons qu'il y a des personnes qui peuvent fumer et ont un mode de vie malsain mais ne jamais attraper le cancer, et cette découverte peut expliquer que les phénomènes. »

Pour cette recherche, Wang a réalisé une analyse systématique massive de plus de 26.000 génomes de lignée germinale des personnes, d'environ 10.000 personnes qui ont eu le cancer, et du reste sans. Son équipe a analysé des fichiers informatiques des malades du cancer à l'Institut national du cancer - caractéristiques rassemblées par l'institut de la santé national pour l'atlas de génome de cancer, une partie des instituts de la santé nationaux aux États-Unis. Les échantillons comprennent 22 cancers distincts, y compris le poumon, pancréatique, la vessie, le sein, le cerveau, l'estomac, la thyroïde, et l'os et douzaine davantage. Le groupe témoin de gens sans cancer a inclus les groupes génomique-ordonnancés de Suède, d'Angleterre et du Canada.

Les quantités de caractéristiques massives ont pu seulement être traitées avec l'apprentissage automatique. Le laboratoire de Wang est équipé pour traiter des caractéristiques par les réseaux ultra ultra-rapides chez UCalgary. Cette recherche exige énormément de mémoire interne : 10 millions de Terabyte. Pour aider à comprendre ce volume, un Terabyte peut enregistrer 250 films.

« Même à la haute vitesse, avec deux flots faisant fonctionner 24/7, cela a pris à notre laboratoire trois mois droits juste pour télécharger l'information biologique contenant des milliards et des milliards de nucléotides en chaque génome individuel, » dit Wang.

Wang note cela entre cinq à 10 pour cent de cancers sont provoqués par des mutations géniques spécifiques. Pensez au cancer du sein et au gène hérité BRCA1 et BRCA2, une mutation génique faite connaître largement par l'acteur Angelina Jolie. Wang a toujours soupçonné que ces cancers hérités représentent seulement une poignée d'associations et aient entrepris une enquête plus profonde avec des capacités génomiques avancées pour fournir plus d'associations.

« Nous avons voulu vérifier si une configuration génomique ou une partie essentielle, profil séquentiel à plusieurs reprises de occurrence en génomes pourrait servir de mesure prometteuse à la prédisposition génétique au cancer, » dit Wang.

« Nous avons constaté qu'une ADN-empreinte digital était des dix enrichis aux centaines de périodes en génomes de lignée germinale des malades du cancer, proposant que ce soit un risque de cancer transmissible universel de codage de trait. » La recherche a également découvert qu'une autre ADN-empreinte digital a été hautement enrichie dans les malades du cancer qui étaient également des fumeurs de tabac, indiquant que les fumeurs portant une telle ADN-empreinte digital ont un risque de cancer plus élevé.

Le médicament génomique rend le diagnostic de la maladie plus efficace, rentable, et peut aider des gens à prendre des décisions de santé durant toute leur durée. La recherche de Wang étend le travail préparatoire pour les outils qui pourraient aider des cancérologues et des médecins de famille à guider des patients. « J'espère que d'autres études sont effectuées pour augmenter sur ce travail, de sorte qu'il puisse éventuellement être mis en pratique permettant à des cliniciens d'aviser des patients de leur risque de cancer et comment prendre des précautions pour assurer une vie saine. »

Source:
Journal reference:

Xu, X., et al. (2020) Germline genomic patterns are associated with cancer risk, oncogenic pathways, and clinical outcomes. Science Advances. doi.org/10.1126/sciadv.aba4905.