Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Expositions de grande puissance de séquençage du génome comment SARS-CoV-2 a subi une mutation

Depuis le début de la pandémie du coronavirus 2 de syndrôme respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), qui balaye le monde entier, les scientifiques avaient ordonnancé le génome d'ARN du virus.

Le génome du virus a subi de nombreux et fréquents changements, qui ont mené à premier, et puis une souche virale différente devenant dominante de quelques pays et maintenant du monde plus de. Une étude neuve publiée sur le bioRxiv* de serveur de prétirage décrit les résultats de l'ordonnancement génomique du virus, qui peut aider à tracer les voies de la transmission du virus de la personne à personne, et d'un pays à l'autre.

L'original ordonnançant des résultats a prouvé que le génome viral était très assimilé à deux autres coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique initialement dérivés de "bat", à savoir, de RaTG13 et de RmYN02, les deux de la province de Yunnan de la Chine. L'origine de découverte de SARS-CoV-2 a confirmé son identité proche avec ces virus et a également prouvé qu'il pour être différente des coronaviruses plus tôt, du coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère (Radars à ouverture synthétique-CoV), et du coronavirus respiratoire de syndrome de Moyen-Orient (MERS-CoV). Quelques scientifiques pensent que le virus actuel pourrait être descendu d'une des variantes de "bat" par un hôte intermédiaire.

L'étude actuelle orientée en circuit plus de 4.000 séquences intégrales du génome viral recherché de l'initiative globale pour partager toute la base de données d'EpiFlu des caractéristiques de grippe (GISAID), pour la plupart. Cependant, 11 sont venus d'une base de données chinoise. Les séquences ont été téléchargées plus de 14 semaines dès le début de la manifestation de Wuhan. Les chercheurs ont regardé les mutations pour caractériser les génotypes.

Ils ont également analysé encore ~2,61,000 génomes rassemblés mondial au cours des 12 mois puisque la pandémie a commencé. Ceci comporte tous les génomes dans la base de données.

Génotypes importants recensés dans l
Génotypes importants recensés dans l'étude. (a) Groupement non guidé de mutaion de tous les échantillons. Les mutations concurently appelées au moins de 5 échantillons étaient incluses. 11 profils importants distinctifs de mutation ont été recensés ont basé sur les succursales d'arbre de groupement et ont été nommés principalement basé sur les situations géographiques d'où un certain génotype était au commencement ou principalement rapporté. Codes du pays à deux lettres d'OIN ont été employés pour indiquer les pays liés aux profils de mutation (comme montré à la discrimination raciale inférieure). La discrimination raciale supérieure explique la homogénéité génotype dans chaque succursale d'arbre de groupement. (b) Carte de pure race des génotypes importants. En association du groupement de mutation et des Informations épidémiologiques procurables, 11 génotypes principaux distinctifs ont été caractérisés et la carte de pure race a expliqué la relation de chaque génotype. Les génotypes de la princesse de diamant et de la princesse grande dérivées du type et de la MER de M tapent respectivement, ont été indiqués avec les flèches à tiret.

Superspreaders a introduit des génotypes distincts

Les chercheurs pouvaient recenser des génotypes distincts basés sur à quel point certaines mutations courantes étaient. Ceci a aidé des superspreaders de trace puisqu'ils ont formé la pandémie largement. Ces personnes ont réussi sur des génotypes spécifiques avec certaines mutations hautement répandues. Une introduction unique de tels génotypes a mené à une manifestation d'infection, augmentant l'évolution avec l'écart.

Parmi ces séquences génomique de superspreader, la variante de type de M représentée plus de 80% des séquences dans l'étude. De leurs estimations du régime prévu des remplacements dans le génome, les chercheurs concluent que ceci peut être appelé un véritable effet de fondateur plutôt qu'étant dû à beaucoup de génomes superspreading identiques.

Six génotypes de descendant

Ils ont trouvé six génotypes de descendant qui ont été directement dérivés de la tension héréditaire par l'intermédiaire des mutations caractéristiques. Le génotype le plus répandu parmi ces derniers était le type WE1, défini par quatre mutations. Trois des quatre mutations de définition de la tension WE1 ont été trouvés dans trois premiers échantillons rassemblés en janvier 2020. Parmi les génomes WE1, 70% est venu Europe occidentale (R-U, d'Islande, de Belgique, de France, et des Pays-Bas, peut-être par circulation en travers des bordures. Il a également composé ~35% de caisses aux USA.

Le type de MER est le plus courant aux Etats-Unis, cependant, mais a été isolé dans trois autres pays, à savoir, Australie, Canada, et Islande, indiquant que des cas des Etats-Unis avaient été importés là. C'est également appelé le clade de manifestation de l'état de Washington. Les autres génotypes de quatre descendants ont été logés régionalement.

Regardant les mutations des tensions contagieuses dans quatre endroits, les chercheurs ont conclu que le type de M a écarté de Wuhan à d'autres régions en Chine avant le lockdown de Wuhan. L'examen de 34 séquences des cas tôt de Wuhan a montré deux boîtiers, 30 appartenant au type de M, mais avec la diversité considérable. Les autres quatre ont formé un autre boîtier de Co-diffusion. Ainsi, à ce stade précoce, il y avait 18 génotypes différents parmi les 34 séquences.

Aux Etats-Unis, les tensions répandues ont appartenu aux types de non-M, probablement de 12 cas importés de la province de Hubei. Ce, en fait, étaient les cas les plus tôt rapportés aux Etats-Unis, avec chaque apparence un génotype distinct.

La moitié des cas des USA étaient type de MER, alors que ~35% étaient WE1. Elle indique que les Etats-Unis « ont supporté la première onde de l'importation de cas de Chine et la deuxième onde de l'Europe, qui est compatible avec l'étude COVID-19 récente de l'état de Washington. » Parmi les 32 patients sur les deux bateaux de croisière, princesse grande et princesse de diamant, il y avait 25 génotypes différents. Ceci indique que le virus subit une mutation rapidement et considérable pendant la boîte de vitesses personnelle.

Tension d'algorithme d'origine plus précise

Les chercheurs ont développé une tension d'algorithme (SOO) d'origine pour apparier chaque génotype à son génome par profil mutationnel. En comparaison avec la mutation groupant, cette approche a montré une convention de 90%. « SOO représente une approche plus précise pour définir des génotypes pendant qu'il prend en compte seulement les mutations spécifiques des génotypes particuliers avec peu d'influence des mutations faites au hasard de reste. »

Utilisant la même approche, ils ont constaté que trois des quatre clades principaux de GISAID étaient des descendants de WE1. Ils ont estimé qu'un de trois nucléotides dans l'ARN viral avait subi la mutation au cours des 12 mois de la pandémie.

L'histoire de la pandémie

Ils ont analysé les 100 mutations principales et ont produit d'une carte de pure race basée sur lignée. Cette histoire commence par une première forme putative, censée pour être un patient présentant un génotype SARS-CoV-2 héréditaire, et postulé pour être présente le 17 novembre 2019. Ceci a mené à plus d'infections. Avant le 1er janvier 2020, le marché de Huanan a été verrouillé vers le bas, et des échantillons de génome de type de 19 M ont été documentés.

Cependant, le type de M avait déjà incubé sur le marché pendant des semaines, qui représente l'immense majorité de génomes appartenant au type de M à ce moment. Avec l'extension de la manifestation dans la ville de Wuhan dans son ensemble, la ville a été verrouillée vers le bas le 23 janvier 2020, avec 80% des génomes viraux étant du type de M. Cependant, le festival de printemps avait déjà incité la course considérable à et de Wuhan, menant au Chinois et puis à la manifestation globale de COVID-19.

Avant le 7 avril 2020, plus de 80% de cas mondiaux étaient type de M, mais en septembre, 70% appartenu à WE1, trois clades, à savoir, en Grèce, G, et GH. L'augmentation dans le type de M prolongé, composant ~98% de caisses avant le 25 décembre, avec presque 90% provoqué par WE1 tend.

L'importance de l'étude

Les chercheurs concluent que commençant par un incident unique de superspreader, le type de M éclaté au-dessus du monde, après quelques semaines initiales où il a réussi non reconnu et excessif. Le type de M a acquis deux mutations en simultané d'abord, avec encore quatre mutations de définition cela a mené à l'émergence des tensions WE1, et en conclusion, encore trois que cela a menés à la tension WE1.1. Le régime de l'évolution virale, à ~27 remplacements par an, n'est pas exceptionnel, mais le mécanisme est encore peu clair.

Des deux tensions neuves de mutant attirer beaucoup d'attention, à savoir, la mutation ponctuelle de D614G et la mutation de N501Y dans le domaine récepteur-grippant, les deux dans la protéine de pointe, sont vraisemblablement comparé hautement transmissible à la tension héréditaire. L'ancien a été documenté la première fois en Europe occidentale en février 2020 et compose maintenant ~90% de tensions, alors que ce dernier était trouvé la première fois à New York City le 21 avril 2020, et compose seulement 0,02% de caisses.

Les chercheurs avertissent que cette étude ne permet pas à des mutations neutres d'être discernées des mutations adaptatives. Cependant, ils disent, les génotypes de ce servir de virus d'identifiants uniques, aidant à tracer la configuration de boîte de vitesses du virus en arrière et à indiquer sa configuration de l'extension vers l'avant. Ils précisent que leur algorithme peut aider à marquer le génome viral avec le génotype, si connu, très exactement, alignant avec son profil de mutation. Des génotypes neufs peuvent également être comportés à lui pendant qu'ils surgissent pour améliorer davantage son rendement.

« Cette étude fournit non seulement un hublot sans précédent dans la trajectoire globale de boîte de vitesses de SARS-CoV-2 pendant la phase précoce, mais indique également les configurations suivantes d'extension de la pandémie. »

L'ordonnancement génomique de grande puissance a pu pour cette raison être très utile en traçant de telles configurations dans une manifestation provoquée par un agent pathogène neuf, aidant à développer des contre-mesures rapides pour le contenir dans les endroits les plus affectés.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Thomas, Liji. (2021, January 10). Expositions de grande puissance de séquençage du génome comment SARS-CoV-2 a subi une mutation. News-Medical. Retrieved on January 18, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20210110/Large-scale-genome-sequencing-shows-how-SARS-CoV-2-mutated.aspx.

  • MLA

    Thomas, Liji. "Expositions de grande puissance de séquençage du génome comment SARS-CoV-2 a subi une mutation". News-Medical. 18 January 2021. <https://www.news-medical.net/news/20210110/Large-scale-genome-sequencing-shows-how-SARS-CoV-2-mutated.aspx>.

  • Chicago

    Thomas, Liji. "Expositions de grande puissance de séquençage du génome comment SARS-CoV-2 a subi une mutation". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20210110/Large-scale-genome-sequencing-shows-how-SARS-CoV-2-mutated.aspx. (accessed January 18, 2021).

  • Harvard

    Thomas, Liji. 2021. Expositions de grande puissance de séquençage du génome comment SARS-CoV-2 a subi une mutation. News-Medical, viewed 18 January 2021, https://www.news-medical.net/news/20210110/Large-scale-genome-sequencing-shows-how-SARS-CoV-2-mutated.aspx.