Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

I ricercatori identificano un modo semplice eliminare gli errori di ordinamento prodotti dal sequenziatore portatile del DNA

I ricercatori hanno trovato un modo semplice eliminare quasi tutti gli errori di ordinamento prodotti da un sequenziatore ampiamente usato del DNA del portatile, potenzialmente permettente agli scienziati che lavorano fuori del laboratorio per studiare più efficientemente e tenere la carreggiata i microrganismi come il virus SARS-CoV-2.

Facendo uso dei tag molecolari speciali, il gruppo poteva ridurre la tariffa di errore delle percentuali five-to-15 dell'unità del servo delle tecnologie di Oxford Nanopore a meno di 0,005 per cento -- anche quando ordinando molti allungamenti lunghi di DNA per volta.

“Il servo ha rivoluzionato il campo di genomica liberando il DNA che ordina dai confini di grandi laboratori,„ dice Ryan Ziels, un assistente universitario di ingegneria civile all'università di British Columbia e l'autore del co-cavo dello studio, che è stato pubblicato questa settimana nei metodi della natura. “Ma finora, i ricercatori non hanno potuti contare sull'unità in molte impostazioni a causa della sua equo alta tariffa di errore della fuori de casella.„

Le sequenze del genoma possono rivelare molto circa un organismo, compresi la sua identità, la sua ascendenza e le sue resistenze e vulnerabilità. Gli scienziati usano questi informazioni per capire meglio i microbi che vivono in un ambiente particolare come pure per sviluppare gli strumenti diagnostici ed i trattamenti.

Ma senza sequenziatori accurati del DNA del portatile, i dettagli genetici cruciali potrebbero essere mancati quando la ricerca è condotta fuori nel campo o in più piccoli laboratori.

Così Ziels ed i suoi collaboratori all'università di Aalborg hanno creato un sistema barcoding unico che può preparare il DNA del a lungo read che ordina le piattaforme come il servo oltre 1000 volte più accurato.

Dopo l'etichettatura delle molecole dell'obiettivo con questi codici a barre, i ricercatori continuano come solitamente -- ampliando, o fare le copie multiple di, le molecole etichettate facendo uso della tecnica standard e dell'ordinamento di PCR del DNA risultante.

I ricercatori possono poi usare i codici a barre per identificare e raggruppare facilmente le sequenze di DNA pertinenti nei dati d'ordinamento, infine producenti le sequenze quasi perfette dai frammenti che sono lungamente fino a 10 volte le tecnologie convenzionali possono elaborare. Gli allungamenti più lunghi di DNA permettono la rilevazione anche di leggere variazioni genetiche e del montaggio dei genoma nell'alta risoluzione.

“Una cosa bella circa questo metodo è che è applicabile a tutto il gene di interesse che può essere ampliato,„ dice Ziels, di cui il gruppo ha fatto il codice ed il protocollo per elaborare le repository dirette disponibili d'ordinamento di open source di dati.

Ciò significa che può essere molto utile in tutto il campo in cui la combinazione di alta precisione e di informazioni genomiche a lungo raggio è utile, quali ricerca sul cancro, la ricerca dell'impianto, la genetica umana e scienza del microbiome.„

Ryan Ziels, autore del Co-Cavo di studio e assistente universitario di ingegneria civile, università di British Columbia

Ziels corrente sta collaborando con la metropolitana Vancouver per sviluppare una versione ampliata del metodo che permette la rilevazione di tempo reale vicino dei microrganismi in acqua ed acqua di scarico.

Con una maschera accurata dei microrganismi presenti in loro sistemi a acqua, dice Ziels, le comunità possono potere migliorare le loro strategie di salute pubblica e tecnologie del trattamento -- ed il migliore controllo la diffusione dei microrganismi nocivi gradisce SARS-CoV-2.

Source:
Journal reference:

Karst, S. M., et al. (2021) High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing. Nature Methods. doi.org/10.1038/s41592-020-01041-y.