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Los investigadores determinan una manera simple de eliminar los desvíos de secuencia producidos por el secuenciador portátil de la DNA

Los investigadores han encontrado una manera simple de eliminar casi todos los desvíos de secuencia producidos por un secuenciador ampliamente utilizado de la DNA del portable, potencialmente habilitando a los científicos que trabajaban fuera del laboratorio para estudiar y para rastrear microorganismos como el virus SARS-CoV-2 más eficientemente.

Usando etiquetas moleculares especiales, las personas podían reducir la tasa de error del por ciento five-to-15 del dispositivo del subordinado de las tecnologías de Oxford Nanopore al menos de 0,005 por ciento -- incluso cuando ordena muchos alargamientos largos de la DNA al mismo tiempo.

“El subordinado ha revolucionado el campo de la genómica liberando la DNA que ordenaba de los límites de laboratorios grandes,” dice a Ryan Ziels, profesor adjunto del genio civil en la universidad de la Columbia Británica y del autor del co-guía del estudio, que fue publicado esta semana en métodos de la naturaleza. “Pero hasta ahora, los investigadores no han podido confiar en el dispositivo en muchas fijaciones debido a su tasa de error bastante alta de la fuera-de--caja.”

Las series del genoma pueden revelar mucho sobre un organismo, incluyendo su identidad, su ascendencia, y sus fuerzas y vulnerabilidades. Los científicos utilizan esta información para entender mejor los microbios que viven en un ambiente determinado, así como para desarrollar las herramientas diagnósticas y los tratamientos.

Pero sin los secuenciadores exactos de la DNA del portable, los detalles genéticos cruciales podrían ser faltados cuando la investigación conducto fuera en el campo o en laboratorios más pequeños.

Tan Ziels y sus colaboradores en la universidad de Aalborg crearon un sistema barcoding único que puede hacer la DNA de la largo-lectura que ordena las plataformas como el subordinado sobre 1000 veces más exacta.

Después de marcar las moléculas del objetivo con etiqueta con estos códigos de barras, los investigadores proceden como generalmente -- el amplificar, o fabricación de copias múltiples de, de las moléculas marcadas con etiqueta usando la técnica estándar y la secuencia de la polimerización en cadena de la DNA resultante.

Los investigadores pueden entonces utilizar los códigos de barras para determinar y para agrupar fácilmente fragmentos relevantes de la DNA en los datos de secuencia, produciendo final series casi perfectas de los fragmentos que son hasta 10 veces más de largo las tecnologías que convencionales pueden tramitar. Alargamientos más largos de la DNA permiten la detección incluso de las variaciones genéticas ligeras y del montaje de genomas en la alta resolución.

“Una cosa hermosa sobre este método es que es aplicable a cualquier gen del interés que pueda ser amplificado,” dice a Ziels, cuyas personas han hecho la clave y el protocolo para tramitar los depósitos de fuente abierta directos disponibles de secuencia de los datos.

Esto significa que puede ser muy útil en cualquier campo donde está valiosa, por ejemplo la investigación de cáncer, la investigación de la instalación, genética humana y ciencia la combinación de la alto-exactitud y de la información genomic de largo alcance del microbiome.”

Ryan Ziels, autor del Co-Guía del estudio y profesor adjunto del genio civil, universidad de la Columbia Británica

Ziels está colaborando actualmente con el metro Vancouver para desarrollar una versión desplegada del método que permiso la detección del tiempo real cercano de microorganismos en agua y aguas residuales.

Con un retrato exacto de los microorganismos presentes en sus circuitos de agua, dice Ziels, las comunidades pueden poder perfeccionar sus estrategias de la salud pública y tecnologías del tratamiento -- y un mejor mando la extensión de microorganismos dañinos tiene gusto de SARS-CoV-2.

Source:
Journal reference:

Karst, S. M., et al. (2021) High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing. Nature Methods. doi.org/10.1038/s41592-020-01041-y.