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La plate-forme neuve a pu aider la recherche en matière génomique anticipée de médicament, découverte de médicaments

Une équipe de recherche clinique Clinique de Cleveland a développé une plate-forme génomique personnalisée de médicament qui aidera anticipé à accélérer la recherche en matière génomique de médicament et la découverte de médicaments génome-au courant, selon des résultats neufs d'étude publiés récent dans la biologie de génome.

Connu en tant que mon Mutanome personnel (MPM), la plate-forme comporte une base de données interactive qui fournit l'analyse dans le rôle des mutations maladie-associées dans le cancer et donne la priorité aux mutations qui peuvent être sensibles aux pharmacothérapies.

Bien que les avances en ordonnançant la technologie aient accordé une quantité de caractéristiques génomiques de cancer, les capacités pour établir le lien de translation entre les études génomiques de grande puissance et la prise de décision clinique manquaient. MPM est un puissant outil qui facilitera l'identification des mutations fonctionnelles nouvelles/gènes, médicament vise et des biomarqueurs pour le cancer, de ce fait accélérant le progrès vers le médicament de précision de cancer. »

Feixiong Cheng, PhD, auteur important d'étude et personnel d'assistant, institut génomique de médicament, clinique de Cleveland

Utilisant des caractéristiques cliniques, les chercheurs ont intégré presque 500.000 mutations de plus de 10.800 exomes de tumeur (la pièce de protéine-codage du génome) en travers de 33 types de cancer pour élaborer la base de données complète de mutation de cancer.

Ils alors ont systématiquement tracé les mutations à plus de 94.500 interactions protéine-protéine (PPIs) et plus de 311.000 sites fonctionnels de protéine (où les protéines grippent matériel entre eux) et caractéristiques comportées de survie des malades et de réaction au traitement.

La plate-forme analyse les relations entre les mutations génétiques, les protéines, le PPIs, les sites de protéine et les médicaments fonctionnels pour aider des usagers facilement à rechercher des mutations cliniquement recevables. La base de données de MPM comporte trois outils de visualisation interactifs qui fournissent deux et des vues en trois dimensions de mutations maladie-associées et leur survie et réactions au traitement associées.

Les résultats des des autres étudient publié en génétique de nature, une collaboration entre la clinique de Cleveland et plusieurs autres institutions, a motivé l'équipe pour développer la plate-forme.

Les études précédentes ont lié la pathogénie et l'étape progressive de la maladie aux mutations/aux variations qui perturbent l'interactome humain, le réseau complexe des protéines et PPIs qui influencent la fonction cellulaire. Les mutations peuvent perturber le réseau en changeant le fonctionnement normal d'une protéine (effet nodetic) ou par la modification de PPIs (effet edgetic).

Notamment, dans l'étude de génétique de nature, aboutie par l'hôpital de Brigham et de femmes et la Faculté de Médecine de Harvard, les chercheurs ont constaté que des mutations maladie-associées ont été hautement enrichies où PPIs s'est produit. Ils ont également expliqué PPI-modifier des mutations à marquer sensiblement avec la sensibilité ou la résistance de médicament ainsi que le taux de survie faible dans les malades du cancer.

Collectivement, MPM active une meilleure compréhension des mutations au niveau de réseau humain d'interactome, qui peut mener aux analyses neuves dans la génomique et les demandes de règlement de cancer et éventuel aider à réaliser l'objectif des soins personnalisés pour le cancer. L'équipe mettra à jour MPM annuellement pour fournir des chercheurs et des médecins les caractéristiques les plus complètes procurables.

« Notre étude de génétique de nature explique également les effets des mutations/des variations d'autres maladies, » M. ajouté Cheng. « Comme prochaine opération, nous développons des algorithmes neufs d'artificial intelligence pour traduire ces découvertes génomiques de médicament en découverte de médicaments génome-au courant humaine d'identification d'objectif de médicament et de médicament de précision pour d'autres maladies complexes, y compris la cardiopathie et la maladie d'Alzheimer. »

Source:
Journal reference:

Zhou, Y., et al. (2021) My personal mutanome: a computational genomic medicine platform for searching network perturbing alleles linking genotype to phenotype. Genome Biology. doi.org/10.1186/s13059-021-02269-3.