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L'étude offre des protocoles neufs pour l'ordonnancement SARS-CoV-2 génomique de haute qualité

Dans tard décembre 2019, la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus a été trouvée la première fois dans la ville de Wuhan, Chine, entraînant une maladie respiratoire facilement transmissible. Avant mars 2020, l'Organisation Mondiale de la Santé (WHO) a déclaré sa manifestation une pandémie globale.

Entraîné par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, COVID-19 a infecté plus de 107,48 millions de personnes mondial. Jusqu'à présent, plus de 2,35 millions sont déjà morts.

Pendant que la pandémie a évolué, le virus a subi une mutation dans les variantes qui sont plus facilement transmissibles et peuvent potentiellement entraîner plus de symptômes sévères.

Flux de travail pour le génome viral SARS-CoV-2 ordonnançant avec un instrument de subordonné.
Flux de travail pour le génome viral SARS-CoV-2 ordonnançant avec un instrument de subordonné.

Maintenant, les chercheurs à l'université du sud de l'Illinois, Etats-Unis, ont présenté un ensemble complet et bien-validé de protocoles fonctionnants pour ordonnancer les génomes SARS-CoV-2 de haute qualité dans le débit élevé des échantillons patients. Ceci peut aider en génome viral de conduite ordonnançant, qui peut aider à déterminer des mutations du virus et aider les gouvernements planification en mettant en application des mesures de refouler la pandémie.

Ordonnancement de génome viral

Il est essentiel d'exécuter le génome viral ordonnançant pour aider à traiter tous les problèmes potentiels qui peuvent surgir avec des mutations neuves du virus. Les virus peuvent évoluer rapidement, qui peuvent avoir comme conséquence le transmissibility ou la virulence intensifié et constituer un danger grave aux gens mondiaux.

Le SARS-CoV-2 a deux variantes neuves qui sont plus transmissibles et peuvent potentiellement entraîner plus de symptômes sévères. La variante BRITANNIQUE s'est déjà écartée à d'autres pays, entraînant des cas de montée en flèche dans les places comme les États-Unis, alors que la variante sud-africaine peut éluder l'en raison produit par anticorps de la vaccination.

Par conséquent, l'ordonnancement de génome viral peut tracer les régions économisées et mutables qui pourraient fournir des analyses précieuses dans le développement des vaccins efficaces et des demandes de règlement pour SARS-CoV-2.

Actuel, il y a beaucoup d'approches variées à ordonnancer les génomes SARS-CoV-2, tels que l'ordonnancement metagenomic, les méthodes basées paramplification, et l'ordonnancement visé d'enrichissement. Deux de ces méthodes, en particulier le metagenomic et visent des génomes, sont chers de produire des génomes complets de grande puissance.

En attendant, une amplification basée sur ACP peut être une solution potentielle pour adresser les limitations des autres méthodes. La méthode basée sur ACP d'amplification amplifie l'objectif d'intérêt en même temps.

L'étude

Dans l'étude actuelle, publiée sur le serveur de prétirage de bioRxiv*, les chercheurs ont introduit une méthode pour ordonnancer les génomes SARS-CoV-2 de haute qualité dans un haut partout des échantillons patients. Le laboratoire de l'équipe de recherche a adopté et a modifié les protocoles, qui ont été développés par le réseau ARTIC aux génomes viraux des séquences SARS-CoV-2 utilisant le nanopore de MiniION ordonnançant la plate-forme des technologies d'Oxford Nanopore (ONT).

De là, l'équipe a présenté une séquence validée entière, y compris a comment-au guide pour chaque opération d'extraction virale d'acide ribonucléique (ARN) à la visualisation de caractéristiques. L'équipe a validé les protocoles neufs le traitement couronné de succès de plus de 1.000 échantillons et en ordonnançant plus de 600 génomes SARS-CoV-2 de haute qualité de l'Illinois.

Pour obtenir aux découvertes d'étude, les chercheurs ont effectué le flux de travail entier pour produire les génomes SARS-CoV-2 dans un format de plaque de 96 puits. Il commence par extraire l'ARN à partir des medias viraux de transport (VTM) qui contient les écouvillons nasopharyngaux (NP) patient-dérivés. Puis, l'équipe convertit l'ARN extrait en ADN complémentaire (ADNc), qui est utilisé pour l'approximation de la charge virale par ACP quantitatif (qPCR).

Après la conduite du qPCR, les chercheurs ont amplifié le génome viral ADNc dans le format de 96 puits pour réduire contaminer les séquences et pour amplifier le nombre de copie de génomes viraux. Dans cette méthode, les chercheurs ont employé deux gisements des amorces conçues par le réseau ARTIC.

Après, l'équipe a effectué un ACP multiplex avec deux gisements des amorces ARTIC, et les deux gisements indépendants de produit d'ACP pour chaque échantillon sont mis en commun, alors que les amplicons sont isolés par l'intermédiaire d'une opération de liquidation.

Pour finir, on peut être vu et observé des génomes avec la couverture adéquate par des analyses phylogénétiques et la variante appelant faites à l'aide des outils web comme Nextstrain.

Visualisation de Nextstrain et vue phylogénétiques de plan des séquences du génome SARS-CoV-2. (a) Arbre phylogénétique produit par le pipeline de Nextstrain. Des séquences sont dérivées de l
Visualisation de Nextstrain et vue phylogénétiques de plan des séquences du génome SARS-CoV-2. (a) Arbre phylogénétique produit par le pipeline de Nextstrain. Des séquences sont dérivées de l'Illinois rentré par échantillons, entre avril 2020 et janvier 2021, et ordonnancées par notre laboratoire. Chaque couleur représente un clade différent de Nextstrain. (b) Plan de l'Illinois montrant l'emplacement d'échantillon, par le comté. La taille du cercle indique le nombre relatif de séquences dérivées de ce comté. Le camembert indique la distribution proportionnelle des clades de Nextstrain à cet emplacement. Les couleurs de nomination de Clade pour la Commission A et B sont : 19A (bleu-foncé), 19B (bleu), 20A (bleu-clair), 20B (vert), 20C (vert jaunâtre), 20D (jaune), 20E (jaune-orange), 20G (orange).

Par conséquent, le protocole peut fournir une voie plus facile d'exécuter l'ordonnancement. Les protocoles mettent en application l'ACP ARTIC et le nanopore de subordonné à la séquence 96 échantillonne à la fois.

L'équipe croit que le protocole neuf peut fournir un point de départ fiable pour ceux qui veulent produire des séquences du génome SARS-CoV-2 utilisant le nanopore ordonnançant la technologie.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Source:
Journal reference:
Angela Betsaida B. Laguipo

Written by

Angela Betsaida B. Laguipo

Angela is a nurse by profession and a writer by heart. She graduated with honors (Cum Laude) for her Bachelor of Nursing degree at the University of Baguio, Philippines. She is currently completing her Master's Degree where she specialized in Maternal and Child Nursing and worked as a clinical instructor and educator in the School of Nursing at the University of Baguio.

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