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O estudo oferece protocolos novos para arranjar em seqüência SARS-CoV-2 genomic de alta qualidade

Em tarde em dezembro de 2019, a doença 2019 do coronavirus (COVID-19) foi detectada primeiramente na cidade de Wuhan, China, causando uma doença respiratória facilmente transmissível. Daqui até março de 2020, a Organização Mundial de Saúde (WHO) declarou sua manifestação uma pandemia global.

Causado pelo coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), COVID-19 contaminou sobre 107,48 milhões de pessoas global. Até agora, mais de 2,35 milhões têm morrido já.

Enquanto a pandemia evoluiu, o vírus transformou-se nas variações que são mais facilmente transmissíveis e podem potencial causar uns sintomas mais severos.

Trabalhos para o genoma SARS-CoV-2 viral que arranja em seqüência com um instrumento do sequaz.
Trabalhos para o genoma SARS-CoV-2 viral que arranja em seqüência com um instrumento do sequaz.

Agora, os pesquisadores na universidade do sul de Illinois, EUA, apresentaram um grupo detalhado e bem-validado de protocolos de trabalho para arranjar em seqüência os genomas SARS-CoV-2 de alta qualidade na produção alta das amostras pacientes. Isto pode ajudar em conduzir o genoma viral que arranja em seqüência, que pode ajudar a determinar mutações do vírus e para ajudar os governos planeiam em executar medidas provir a pandemia.

Arranjar em seqüência viral do genoma

É crucial executar o genoma viral que arranja em seqüência para ajudar a endereçar todos os potenciais problema que puderem elevarar com mutações novas do vírus. Os vírus podem evoluir rapidamente, que podem conduzir ao transmissibility ou à virulência aumentada e levantar uma ameaça grave aos povos no mundo inteiro.

O SARS-CoV-2 tem duas variações novas que são mais transmissíveis e podem potencial causar uns sintomas mais severos. A variação BRITÂNICA já espalhar a outros países, causando casos subindo rapidamente nos lugares como os E.U., quando o sul - a variação africana pode iludir o produzido anticorpos devido à vacinação.

Daqui, arranjar em seqüência viral do genoma pode traçar as regiões conservadas e mutáveis que poderiam fornecer introspecções valiosas na revelação de vacinas eficazes e de tratamentos para SARS-CoV-2.

Actualmente, há muitas várias aproximações a arranjar em seqüência os genomas SARS-CoV-2, tais como arranjar em seqüência metagenomic, métodos baseados PCR-amplificação, e arranjar em seqüência visado do enriquecimento. Dois destes métodos, particularmente o metagenomic e visam genomas, são caros gerar genomas completos em grande escala.

Entrementes, uma amplificação PCR-baseada pode ser uma solução potencial para endereçar as limitações dos outros métodos. O método PCR-baseado da amplificação amplifica o alvo do interesse ao mesmo tempo.

O estudo

No estudo actual, publicado no server da pré-impressão do bioRxiv*, os pesquisadores introduziram um método para arranjar em seqüência por toda parte os genomas SARS-CoV-2 de alta qualidade em uma elevação das amostras pacientes. O laboratório da equipa de investigação adotou e alterou os protocolos, que foram desenvolvidos pela rede ÁRCTICA aos genomas virais das seqüências SARS-CoV-2 que utilizam o nanopore de MiniION que arranja em seqüência a plataforma das tecnologias de Oxford Nanopore (ONT).

De lá, a equipe apresentou uma seqüência validada inteira, incluindo a como-ao guia para cada etapa da extracção viral do ácido ribonucléico (RNA) ao visualização dos dados. A equipe validou os protocolos novos com do processamento bem sucedido de mais de 1.000 amostras e arranjar em seqüência mais de 600 genomas SARS-CoV-2 de alta qualidade de Illinois.

Para chegar nos resultados do estudo, os pesquisadores executaram os trabalhos inteiros para produzir os genomas SARS-CoV-2 em um formato da placa de 96 poços. Começa com extracção do RNA dos media virais do transporte (VTM) que contem cotonetes nasopharyngeal (NP) paciente-derivados. Então, a equipe converte o RNA extraído ao ADN complementar (cDNA), que é utilizado para a aproximação da carga viral por PCR quantitativo (qPCR).

Após ter conduzido o qPCR, os pesquisadores amplificaram o cDNA viral do genoma em um formato de 96 poços para reduzir-se contaminar as seqüências e para impulsionar o número de cópia de genomas virais. Neste método, os pesquisadores usaram duas associações das primeiras demão projetadas pela rede ÁRCTICA.

Após, a equipe executou um PCR multiplex com as duas associações de primeiras demão ÁRCTICAS, e as duas associações separadas do produto do PCR para cada amostra estão associadas, quando os amplicons forem isolados através de uma etapa da limpeza.

Última, os genomas com cobertura adequada podem ser considerados e observado por análises filogenéticas e por variação que chama feitas usando ferramentas com suporte na internet como Nextstrain.

Visualização filogenética de Nextstrain e ideia do mapa de seqüências do genoma SARS-CoV-2. (a) Árvore filogenética gerada pelo encanamento de Nextstrain. As seqüências são derivadas de Illinois recolhido amostras, entre abril de 2020 e janeiro de 2021, e arranjadas em seqüência por nosso laboratório. Cada cor representa um clade diferente de Nextstrain. (b) Mapa de Illinois que mostra lugar da amostra, pelo condado. O tamanho do círculo indica o número relativo de seqüências derivadas desse condado. A carta de torta indica a distribuição proporcional de clades de Nextstrain nesse lugar. As cores da designação de Clade para o painel A e B são: 19A (obscuridade - azul), 19B (azul), 20A (luz - azul), 20B (verde), 20C (verde-amarelo), 20D (amarelo), 20E (amarelo-alaranjado), 20G (alaranjado).
Visualização filogenética de Nextstrain e ideia do mapa de seqüências do genoma SARS-CoV-2. (a) Árvore filogenética gerada pelo encanamento de Nextstrain. As seqüências são derivadas de Illinois recolhido amostras, entre abril de 2020 e janeiro de 2021, e arranjadas em seqüência por nosso laboratório. Cada cor representa um clade diferente de Nextstrain. (b) Mapa de Illinois que mostra lugar da amostra, pelo condado. O tamanho do círculo indica o número relativo de seqüências derivadas desse condado. A carta de torta indica a distribuição proporcional de clades de Nextstrain nesse lugar. As cores da designação de Clade para o painel A e B são: 19A (obscuridade - azul), 19B (azul), 20A (luz - azul), 20B (verde), 20C (verde-amarelo), 20D (amarelo), 20E (amarelo-alaranjado), 20G (alaranjado).

Daqui, o protocolo pode fornecer uma maneira mais fácil de executar arranjar em seqüência. Os protocolos executam o PCR e o nanopore ÁRCTICOS do sequaz às amostras da seqüência 96 em um momento.

A equipe acredita que o protocolo novo pode fornecer um ponto de partida seguro para aqueles que querem produzir seqüências do genoma SARS-CoV-2 usando o nanopore que arranja em seqüência a tecnologia.

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Source:
Journal reference:
Angela Betsaida B. Laguipo

Written by

Angela Betsaida B. Laguipo

Angela is a nurse by profession and a writer by heart. She graduated with honors (Cum Laude) for her Bachelor of Nursing degree at the University of Baguio, Philippines. She is currently completing her Master's Degree where she specialized in Maternal and Child Nursing and worked as a clinical instructor and educator in the School of Nursing at the University of Baguio.

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