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El estudio ofrece los nuevos protocolos para la secuencia genomic de alta calidad SARS-CoV-2

En tarde diciembre de 2019, la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus primero fue descubierta en la ciudad de Wuhan, China, causando una enfermedad respiratoria fácilmente transmisible. En marzo de 2020, la Organización Mundial de la Salud (WHO) declaró su brote un pandémico global.

Causado por el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, COVID-19 ha infectado sobre 107,48 millones de personas de global. Hasta la fecha, más de 2,35 millones han muerto ya.

Mientras que el pandémico se ha desarrollado, el virus se ha transformado en las variantes que son más fácilmente transmisibles y pueden potencialmente causar síntomas más severos.

Flujo de trabajo para el genoma viral SARS-CoV-2 que ordena con un instrumento del subordinado.
Flujo de trabajo para el genoma viral SARS-CoV-2 que ordena con un instrumento del subordinado.

Ahora, los investigadores en la universidad meridional de Illinois, los E.E.U.U., presentaron un equipo completo y bien-validado de los protocolos de trabajo para ordenar los genomas de alta calidad SARS-CoV-2 en la alta producción de muestras pacientes. Esto puede ayudar en el conducto del genoma viral que ordena, que puede ayudar a determinar las mutaciones del virus y ayudar los gobiernos proyectan en la ejecución de dimensiones de provenir el pandémico.

Secuencia viral del genoma

Es crucial realizar el genoma viral que ordena para ayudar a abordar cualquier problema potencial que pueda presentarse con las nuevas mutaciones del virus. Los virus pueden desarrollarse rápidamente, que pueden dar lugar a transmisibilidad o a virulencia aumentada y plantear una amenaza grave a la gente por todo el mundo.

El SARS-CoV-2 tiene dos nuevas variantes que sean más transmisibles y puedan potencialmente causar síntomas más severos. La variante BRITÁNICA se ha extendido ya a otros países, causando casos que se elevaban súbitamente en lugares como los E.E.U.U., mientras que la variante surafricana puede evadir el producida los anticuerpos debido a la vacunación.

Por lo tanto, la secuencia viral del genoma puede delinear las regiones conservadas y mutables que podrían ofrecer discernimientos valiosos en el revelado de vacunas efectivas y de tratamientos para SARS-CoV-2.

Actualmente, hay muchas diversas aproximaciones a ordenar los genomas SARS-CoV-2, tales como secuencia metagenomic, métodos basados Polimerización en cadena-amplificación, y secuencia apuntada del enriquecimiento. Dos de estos métodos, determinado el metagenomic y apuntan los genomas, son costosos generar los genomas completos en grande.

Mientras tanto, una amplificación Polimerización en cadena-basada puede ser una solución potencial para dirigir las limitaciones de los otros métodos. El método Polimerización en cadena-basado de la amplificación amplifica el objetivo del interés al mismo tiempo.

El estudio

En el estudio actual, publicado en el servidor de la prueba preliminar del bioRxiv*, los investigadores introdujeron un método para ordenar los genomas de alta calidad SARS-CoV-2 en un alto en todas partes de muestras pacientes. El laboratorio del equipo de investigación adoptó y modificó los protocolos, que fueron desarrollados por la red ÁRTICA a los genomas virales de las series SARS-CoV-2 que utilizaban el nanopore de MiniION que ordenaba la plataforma de las tecnologías de Oxford Nanopore (ONT).

De allí, las personas presentaron una serie validada entera, incluyendo a cómo-a la guía para cada paso de la extracción viral del ácido ribonucleico (ARN) a la visualización de los datos. Las personas validaron los nuevos protocolos con el tramitación acertado de más de 1.000 muestras y la secuencia de más de 600 genomas de alta calidad SARS-CoV-2 de Illinois.

Para llegar las conclusión del estudio, los investigadores realizaron el flujo de trabajo entero para producir los genomas SARS-CoV-2 en un formato de la placa de 96 pozos. Comienza con la extracción del ARN de ambientes virales del transporte (VTM) que contiene los lampazos nasofaríngeos (NP) paciente-derivados. Entonces, las personas convierten el ARN extraído a la DNA complementaria (cDNA), que es utilizada para la aproximación de la carga viral por la polimerización en cadena cuantitativa (qPCR).

Después de conducto el qPCR, los investigadores amplificaron el cDNA viral del genoma en formato de 96 pozos para reducir el contaminar de las series y para reforzar el número de copia de genomas virales. En este método, los investigadores utilizaron dos centros comunes de las pinturas de fondo diseñadas por la red ÁRTICA.

Después de, las personas realizaron una polimerización en cadena múltiplex con dos centros comunes de pinturas de fondo ÁRTICAS, y los dos centros comunes separados del producto de la polimerización en cadena para cada muestra se reúnen, mientras que los amplicons se aíslan vía un paso de la limpieza.

Pasado, los genomas con abrigo adecuado se pueden considerar y observar por análisis filogenéticos y la variante que llama hechos usando las herramientas en Internet como Nextstrain.

Visualización de Nextstrain y opinión filogenéticas del mapa de las series del genoma SARS-CoV-2. (a) Árbol filogenético generado por la tubería de Nextstrain. Las series se derivan de Illinois admitida las muestras, entre abril de 2020 y enero de 2021, y son ordenadas por nuestro laboratorio. Cada color representa un diverso clade de Nextstrain. (b) Mapa de Illinois que muestra situaciones de la muestra, por el condado. La talla del círculo indica el número relativo de series derivadas de ese condado. El gráfico de sectores indica la distribución proporcional de los clades de Nextstrain en esa situación. Los colores de la designación de Clade para el panel A y B son: 19A (azul marino), 19B (azul), 20A (azul claro), 20B (verde), 20C (de color verde amarillo), 20D (amarillo), 20E (amarillo-naranja), 20G (anaranjado).
Visualización de Nextstrain y opinión filogenéticas del mapa de las series del genoma SARS-CoV-2. (a) Árbol filogenético generado por la tubería de Nextstrain. Las series se derivan de Illinois admitida las muestras, entre abril de 2020 y enero de 2021, y son ordenadas por nuestro laboratorio. Cada color representa un diverso clade de Nextstrain. (b) Mapa de Illinois que muestra situaciones de la muestra, por el condado. La talla del círculo indica el número relativo de series derivadas de ese condado. El gráfico de sectores indica la distribución proporcional de los clades de Nextstrain en esa situación. Los colores de la designación de Clade para el panel A y B son: 19A (azul marino), 19B (azul), 20A (azul claro), 20B (verde), 20C (de color verde amarillo), 20D (amarillo), 20E (amarillo-naranja), 20G (anaranjado).

Por lo tanto, el protocolo puede ofrecer una manera más fácil de realizar la secuencia. Los protocolos ejecutan la polimerización en cadena ÁRTICA y el nanopore del subordinado a la serie 96 muestrea al mismo tiempo.

Las personas creen que el nuevo protocolo puede ofrecer un punto de partida seguro para los que quieran producir series del genoma SARS-CoV-2 usando el nanopore que ordena tecnología.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Source:
Journal reference:
Angela Betsaida B. Laguipo

Written by

Angela Betsaida B. Laguipo

Angela is a nurse by profession and a writer by heart. She graduated with honors (Cum Laude) for her Bachelor of Nursing degree at the University of Baguio, Philippines. She is currently completing her Master's Degree where she specialized in Maternal and Child Nursing and worked as a clinical instructor and educator in the School of Nursing at the University of Baguio.

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