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Le plus grand moyen du monde des caractéristiques de variation de génome sur des parasites de malaria relâchés

La caractéristique de variation de génome sur plus de 7.000 parasites de malaria de 28 countrys endémiques est publiée aujourd'hui (24 février) dans la recherche ouverte de Wellcome. Elle a été produite par MalariaGEN, un réseau de partage des informations des groupes autour du monde qui travaillent ensemble pour établir les moyens de haute qualité de caractéristiques pour la recherche et la lutte contre la maladie de malaria.

Ce desserrage ouvert de caractéristiques représente le plus grand moyen du monde des caractéristiques génomiques sur l'évolution et la résistance au médicament de parasite de malaria. Il fournit des caractéristiques de benchmark sur la variation de génome de parasite qui est nécessaire dans la recherche des médicaments et des vaccins neufs, et dans le développement du contrôle usine pour le contrôle et l'élimination de malaria.

La malaria est entraîner global important de problème de santé les 409.000 morts environ en 2019, avec 67 pour cent des morts se produisant chez les enfants au-dessous de cinq ans. Ce moyen de caractéristiques se concentre sur le falciparum de Plasmodium, la substance du parasite de malaria qui est responsable de la forme la plus courante et la plus mortelle de la maladie.

Le réseau génomique d'épidémiologie de malaria (MalariaGEN) fournit à des chercheurs et à des programmes de gestion dans les pays malaria-endémiques l'accès à l'ADN ordonnançant des technologies et des outils pour l'analyse génomique.

Fondé en 2005, MalariaGEN a maintenant des associés dans 39 pays, chaque aboutir leurs propres études sur différents aspects de biologie et d'épidémiologie de malaria, avec l'objectif commun de trouver des moyens d'améliorer le contrôle de malaria.

Cette dernière publication représente le travail de 49 études d'associé à 73 emplacements en Afrique, en Asie, en Amérique du Sud et Océanie, qui ont ensemble contribué 7.113 échantillons de falciparum de P. pour le séquençage du génome. À l'institut de Wellcome Sanger, chaque échantillon a été analysé plus de 3 millions de variants génétiques et les caractéristiques curated soigneusement avant le retour aux associés pour l'usage dans leur propre recherche. Cet article rassemble les caractéristiques de toutes les études d'associé pour fournir un moyen ouvert de caractéristiques pour la communauté scientifique plus large.

Nous avons produit un moyen de caractéristiques qui est « analyse disponible » pour que n'importe qui emploie, y compris ceux sans formation de génétique de spécialiste. Chaque échantillon annoté d'ensemble de données comprend les fonctionnalités clé qui sont appropriées au contrôle de malaria, tel que la résistance à six médicaments antimalariques importants, et si elle transporte les modifications de structure particulières qui font défaillir les tests diagnostiques de malaria. Comme le projet génome humain était un moyen pour les analyses des caractéristiques de séquence de génome humain, nous espèrent que ce sera l'un des moyens principaux pour la recherche de malaria. »

M. Richard Pearson, co-auteur d'étude, institut de Wellcome Sanger

Un de principes du faisceau de MalariaGEN est de fournir l'attribution et la reconnaissance claires de tous les groupes qui ont contribué à un moyen de caractéristiques. Dans cet ensemble de données, chaque échantillon est coté contre l'étude d'associé qu'il appartient à, avec une description des objectifs scientifiques de l'étude et les chercheurs locaux cela ont abouti le travail.

Professeur Dominique Kwiatkowski, co-auteur de l'institut de Wellcome Sanger et du grand institut de caractéristiques à l'université d'Oxford, a dit : « C'a été un privilège énorme de collaborer avec nos associés de MalariaGEN autour du monde pour établir ce moyen de caractéristiques. Nous sommes fiers de voir ces caractéristiques génomiques étant employées en publications par nos collègues dans des études malaria-endémiques et d'autres dans la communauté de la recherche de malaria. Nous espérons que les caractéristiques neuves dans ce desserrage de caractéristiques le rendront accessible même à un large public, et notre équipe est maintenant dure au travail pour produire la prochaine version. »

Professeur Abdoulaye Djimde, co-auteur de l'université de la Science, des techniques et des technologies de Bamako, Mali, a dit : « Une évaluation quantitative de la façon dont les parasites de malaria répondent aux interventions de santé publique est principale pour une campagne couronnée de succès et viable d'élimination. Au fil du temps, ces ouvertement ressources disponibles faciliteront la recherche dans les processus évolutifs de parasite de malaria, qui aviseront éventuel les stratégies efficaces et viables de contrôle et d'élimination de malaria qui seront en finissant cette maladie dévastatrice. »

Source:
Journal reference:

Ahouidi, A., et al. (2021) An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples [version 1; peer review: awaiting peer review]. Wellcome Open Research. doi.org/10.12688/wellcomeopenres.16168.1.