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La più grande risorsa del mondo dei dati di variazione del genoma sui parassiti di malaria rilasciati

I dati della variazione del genoma su più di 7.000 parassiti di malaria da 28 country endemici sono pubblicati oggi (24 febbraio) nella ricerca aperta di Wellcome. Sono stati prodotti da MalariaGEN, una rete di condivisione di dati dei gruppi intorno al mondo che stanno lavorando insieme per sviluppare le risorse di alta qualità di dati per la ricerca ed il controllo di malattie di malaria.

Questa versione aperta di dati rappresenta la più grande risorsa del mondo dei dati genomica su evoluzione e su farmacoresistenza del parassita di malaria. Fornisce i dati del benchmark sulla variazione del genoma del parassita che è necessaria nella ricerca di nuovi droghe e vaccini e nello sviluppo di sorveglianza foggia per controllo e l'eliminazione di malaria.

La malaria è causare globale importante di problema sanitario 409.000 morti stimate nel 2019, con 67 per cento delle morti che accadono nei bambini al di sotto di cinque anni. Questa risorsa di dati mette a fuoco sul falciparum del plasmodio, le specie di parassita di malaria che è responsabile del modulo più comune e più micidiale della malattia.

La rete genomica dell'epidemiologia di malaria (MalariaGEN) fornisce i ricercatori ed i programmi di controllo nei paesi di malaria-endemico accesso a DNA che ordina le tecnologie e gli strumenti per l'analisi genomica.

Fondato nel 2005, MalariaGEN ora ha partner in 39 paesi, ogni piombo dei loro propri studi sugli aspetti differenti di biologia e dell'epidemiologia di malaria, con l'obiettivo comune di individuazione dei modi migliorare il controllo di malaria.

Questa ultima pubblicazione rappresenta il lavoro di 49 studi del partner a 73 posizioni in Africa, in Asia, nel Sudamerica ed Oceania, che hanno contribuito insieme 7.113 campioni del falciparum del P. per sequenziamento del genoma. All'istituto di Wellcome Sanger, ogni campione è stato analizzato per oltre 3 milione varianti genetiche ed i dati curated con attenzione prima del ritorno ai partner per uso nella loro propria ricerca. Questo documento riunisce i dati da tutti gli studi del partner per fornire una risorsa aperta di dati per il più ampia comunità scientifica.

Abbiamo creato una risorsa di dati che è “l'analisi pronta„ affinchè chiunque usasse, compreso quelli senza addestramento della genetica dello specialista. Ogni campione annotato di gruppo di dati include le caratteristiche fondamentali che sono pertinenti a controllo di malaria, quale la resistenza a sei droghe antimalariche importanti e se porta i mutamenti strutturali particolari che inducono le prove diagnostiche di malaria a venire a mancare. Come il progetto Genoma Umano era una risorsa per le analisi dei dati di sequenza del genoma umano, noi spera che questa fosse una delle risorse principali per la ricerca di malaria.„

Dott. Richard Pearson, co-author di studio, istituto di Wellcome Sanger

Uno dei principi della memoria di MalariaGEN è di fornire la chiari attribuzione e riconoscimento di tutti i gruppi che hanno contribuito ad una risorsa di dati. In questo gruppo di dati, ogni campione è elencato contro lo studio del partner che appartiene a, con una descrizione degli obiettivi scientifici dello studio ed i ricercatori locali quello piombo il lavoro.

Il professor Dominic Kwiatkowski, co-author dall'istituto di Wellcome Sanger e dal grande istituto di dati all'università di Oxford, ha detto: “È stato un privilegio enorme di collaborare con i nostri partner di MalariaGEN intorno al mondo per sviluppare questa risorsa di dati. Siamo fieri vedere questi dati genomica che sono utilizzati nelle pubblicazioni dai nostri colleghi negli studi di malaria-endemico ed altri nella comunità di ricerca di malaria. Speriamo che le nuove funzionalità in questa versione di dati lo rendano accessibile ad un pubblico ancora più ampio ed il nostro gruppo ora è duro sul lavoro da produrre la versione seguente.„

Il professor Abdoulaye Djimde, co-author dall'università di scienza, di tecniche e di tecnologie di Bamako, Mali, ha detto: “Una valutazione quantitativa di come i parassiti di malaria rispondono agli interventi di salute pubblica è chiave per una riuscita e campagna sostenibile di eliminazione. Col passare del tempo, questi risorse disponibili faciliteranno apertamente la ricerca sui trattamenti evolutivi del parassita di malaria, che infine informeranno efficace e le strategie sostenibili di controllo e di eliminazione di malaria che saranno digitano la cessazione della questa malattia devastante.„

Source:
Journal reference:

Ahouidi, A., et al. (2021) An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples [version 1; peer review: awaiting peer review]. Wellcome Open Research. doi.org/10.12688/wellcomeopenres.16168.1.