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O recurso o maior do mundo de dados da variação do genoma nos parasita de malária liberados

Os dados da variação do genoma em mais de 7.000 parasita de malária de 28 países endémicos são liberados hoje (24 de fevereiro) na pesquisa aberta de Wellcome. Foram produzidos por MalariaGEN, uma rede departilha dos grupos em todo o mundo quem estão trabalhando junto para construir os recursos de alta qualidade dos dados para a pesquisa e o controlo de enfermidades da malária.

Esta liberação aberta dos dados representa o recurso o maior do mundo de dados genomic na evolução do parasita de malária e na resistência de droga. Fornece dados da marca de nível na variação do genoma do parasita que é necessário na busca para drogas e vacinas novas, e na revelação da fiscalização utiliza ferramentas para o controle e a eliminação da malária.

A malária é uma causa global principal do problema de saúde 409.000 mortes calculadas em 2019, com 67 por cento das mortes que ocorrem nas crianças sob cinco anos de idade. Este recurso dos dados focaliza no falciparum do Plasmodium, a espécie de parasita de malária que é responsável para o formulário o mais comum e o mais mortal da doença.

A rede Genomic da epidemiologia da malária (MalariaGEN) fornece pesquisadores e programas de controle em países malária-endémicos o acesso ao ADN que arranja em seqüência tecnologias e ferramentas para a análise genomic.

Fundado em 2005, MalariaGEN tem agora sócios em 39 países, cada condução de seus próprios estudos em aspectos diferentes da biologia e da epidemiologia da malária, com o objectivo comum de encontrar maneiras de melhorar o controle da malária.

Esta publicação a mais atrasada representa o trabalho de 49 estudos do sócio em 73 lugar em África, em Ásia, em Ámérica do Sul e em Oceania, que contribuíram junto 7.113 amostras de falciparum do P. para arranjar em seqüência do genoma. No instituto de Wellcome Sanger, cada amostra foi analisada para mais de 3 milhão variações genéticas e os dados curated com cuidado antes de retornar aos sócios para o uso em sua própria pesquisa. Este papel reune os dados de todos os estudos do sócio para fornecer um recurso aberto dos dados para a comunidade científica mais larga.

Nós criamos um recurso dos dados que fosse “análise pronta” para que qualquer um se use, incluindo aqueles sem treinamento da genética do especialista. Cada amostra anotada do conjunto de dados inclui as características chaves que são relevantes ao controle da malária, tal como a resistência a seis drogas antimaláricas principais, e se leva as mudanças estruturais particulares que fazem com que os testes diagnósticos da malária falhem. Como o projecto de genoma humano era um recurso para as análises de dados da seqüência do genoma humano, nós espera que este será um dos recursos principais para a pesquisa da malária.”

Dr. Richard Pearson, co-autor do estudo, instituto de Wellcome Sanger

Um de princípios do núcleo de MalariaGEN é fornecer a atribuição e o reconhecimento claros de todos os grupos que contribuíram a um recurso dos dados. Neste conjunto de dados, cada amostra está listada contra o estudo do sócio que pertence a, com uma descrição dos alvos científicos do estudo e os investigador locais isso conduziram o trabalho.

O professor Dominic Kwiatkowski, co-autor do instituto de Wellcome Sanger e do instituto grande dos dados na universidade de Oxford, disse: “Foi um privilégio enorme colaborar em todo o mundo com nossos sócios de MalariaGEN para construir este recurso dos dados. Nós somos orgulhosos ver estes dados genomic que estão sendo usados nas publicações por nossos colegas em estudos malária-endémicos e outro na comunidade de pesquisa da malária. Nós esperamos que as características novas nesta liberação dos dados farão acessível a uma audiência mesmo mais larga, e nossa equipe é agora dura no trabalho produzir a versão seguinte.”

O professor Abdoulaye Djimde, co-autor da universidade da ciência, das técnicas e das tecnologias de Bamako, Mali, disse: “Uma avaliação quantitativa de como os parasita de malária respondem às intervenções da saúde pública é chave para uma campanha bem sucedida e sustentável da eliminação. Ao longo do tempo, este recurso abertamente disponível facilitará a pesquisa nos processos evolucionários de parasita de malária, que informarão finalmente as estratégias eficazes e sustentáveis do controle e da eliminação da malária que serão chaves em terminar esta doença devastador.”

Source:
Journal reference:

Ahouidi, A., et al. (2021) An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples [version 1; peer review: awaiting peer review]. Wellcome Open Research. doi.org/10.12688/wellcomeopenres.16168.1.