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El recurso más grande del mundo de los datos de la variación del genoma sobre los parásitos de malaria liberados

Los datos de la variación del genoma sobre más de 7.000 parásitos de malaria a partir de 28 países endémicos se liberan hoy (24 de febrero) en la investigación abierta de Wellcome. Han sido producidos por MalariaGEN, una red de dato-distribución de grupos en todo el mundo quién están trabajando juntos para construir los recursos de alta calidad de los datos para la investigación y el control de enfermedades de la malaria.

Esta baja abierta de los datos representa el recurso más grande del mundo de datos genomic sobre la evolución y la resistencia a los medicamentos del parásito de malaria. Ofrece datos de la prueba patrón en la variación del genoma del parásito que se necesita en la búsqueda para las nuevas drogas y vacunas, y en el revelado de la vigilancia trabaja con herramienta para el mando y la eliminación de la malaria.

La malaria es el causar global importante del problema de salud las 409.000 muertes estimadas en 2019, con el 67 por ciento de muertes que ocurren en niños bajo cinco años de edad. Este recurso de los datos se centra en el falciparum del Plasmodium, la especie de parásito de malaria que sea responsable de la forma más común y más mortal de la enfermedad.

La red Genomic de la epidemiología de la malaria (MalariaGEN) provee de investigadores y de programas de mando en países malaria-endémicos el acceso a la DNA que ordena tecnologías y las herramientas para el análisis genomic.

Fundado en 2005, MalariaGEN ahora tiene socios en 39 países, cada llevar sus propios estudios en diversos aspectos de la biología y de la epidemiología de la malaria, con el objetivo común de encontrar maneras de perfeccionar mando de la malaria.

Esta última publicación representa el trabajo de 49 estudios del socio en 73 situaciones en África, Asia, Suramérica y Oceanía, que juntas contribuyeron 7.113 muestras de falciparum del P. para la secuencia del genoma. En el instituto de Wellcome Sanger, cada muestra era analizada para más de 3 millones de variantes genéticas y los datos curated cuidadosamente antes de volver a los socios para el uso en su propia investigación. Este papel reúne los datos de todos los estudios del socio para ofrecer un recurso abierto de los datos para la comunidad científica más ancha.

Hemos creado un recurso de los datos que es “análisis listo” para que cualquier persona utilice, incluyendo ésos sin el entrenamiento de la genética del especialista. Cada muestra anotada del grupo de datos incluye las características dominantes que son relevantes al mando de la malaria, tal como resistencia a seis drogas antimalariales importantes, y si lleva los cambios estructurales determinados que hacen pruebas diagnósticas de la malaria fallar. Como el proyecto del genoma humano era un recurso para los análisis de los datos de la serie del genoma humano, nosotros espera que éste será uno de los recursos principales para la investigación de la malaria.”

El Dr. Richard Pearson, co-autor del estudio, instituto de Wellcome Sanger

Uno de los principios de la base de MalariaGEN es ofrecer la atribución y el reconocimiento sin obstrucción de todos los grupos que han contribuido a un recurso de los datos. En este grupo de datos, cada muestra es mencionada contra el estudio del socio que pertenece a, con una descripción de los objetivos científicos del estudio y los investigadores locales eso llevaron el trabajo.

Profesor Dominic Kwiatkowski, co-autor del instituto de Wellcome Sanger y del instituto grande de los datos en la universidad de Oxford, dijo: “Ha sido un privilegio enorme colaborar con nuestros socios de MalariaGEN en todo el mundo para construir este recurso de los datos. Somos orgullosos ver estos datos genomic que son utilizados en publicaciones por nuestros colegas en estudios malaria-endémicos y otros en la comunidad de investigación de la malaria. Esperamos que las nuevas características en esta baja de los datos hagan accesible a una audiencia incluso más ancha, y nuestras personas son duras ahora en el trabajo producir la versión siguiente.”

Profesor Abdulaye Djimde, co-autor de la universidad de la ciencia, de las técnicas y de las tecnologías de Bamako, Malí, dijo: “Una evaluación cuantitativa de cómo los parásitos de malaria responden a las intervenciones de la salud pública es dominante para una campaña acertada y sostenible de la eliminación. En un cierto plazo, este recurso abiertamente disponible facilitará la investigación en los procesos evolutivos del parásito de malaria, que informarán final a las estrategias efectivas y sostenibles del mando y de la eliminación de la malaria que serán dominantes en la terminación de esta enfermedad devastadora.”

Source:
Journal reference:

Ahouidi, A., et al. (2021) An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples [version 1; peer review: awaiting peer review]. Wellcome Open Research. doi.org/10.12688/wellcomeopenres.16168.1.