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Protocoles optimaux de stockage des échantillons d'eaux usées pour le dépistage de l'ARN SARS-CoV-2

Pendant que la pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) continue à écarter parmi des millions de gens mondiaux, les scientifiques recherchent des voies fiables de la surveiller et de prévoir des manifestations neuves. Plusieurs états ont traité le dépistage quantitatif de l'agent pathogène causal, le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, en eaux usées.

Un prétirage neuf relâché sur le serveur de medRxiv* par des chercheurs à l'université d'Innsbruck, Autriche, prend cet autre afin de déterminer les limites des procédures de stockage tout en travaillant au contrôle viral dans cet endroit.

Le dépistage du virus en eaux usées offre l'occasion d'effectuer la surveillance virale dans une grande population, y compris ceux avec et sans des sympt40mes de l'infection. Cependant, ces échantillons doivent souvent être enregistrés jusqu'à ce que la collection des différentes centrales de traitement des eaux résiduaires (WWTP) soit complète.

Sans caractéristiques suffisantes pour indiquer l'effet du stockage sur les résultats du dépistage d'ARN dans le cas de SARS-CoV-2, la comparabilité des études variées et les échantillons enregistrés par différentes méthodes est inférieur.

Objectifs d'étude

L'étude actuelle a visé à explorer la température de stockage la plus courante pour les échantillons crus d'eaux usées, à savoir, le +4°C et le -20°C, en termes de leurs effets sur la capacité suivante de trouver le numéro de copie du matériel génétique SARS-CoV-2 dans chaque réglage.

Les chercheurs ont analysé les échantillons de 24 heures d'eaux usées affluantes crues de WWTPs au Tyrol et à Salzbourg en Autriche. Ils servent des équivalents de population de 30.000 et de 680.000, respectivement. L'échantillon du Tyrol a été rassemblé en avril 2020 et le deuxième en octobre de la même année.

En raison du manque de la connaissance au sujet de l'infectiousness possible de tels échantillons, le premier échantillon a été pasteurisé au °C 60 pendant 1,5 heures, mais pas au deuxième. Pour trouver le virus, les échantillons ont été alors traités pour retirer l'ARN autant non viral et les inhibiteurs de l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) comme possible.

Les chercheurs ont alors mesuré les concentrations en ARN viral des matrices pour diluer le teneur d'ARN au besoin. Les numéros de copie d'ARN ont été également déterminés avec un ensemble d'amorces et de sondes basées sur le gène viral du nucleocapsid N1.

Les chercheurs ont observé que, comme prévu, les coefficients de variation se sont échelonnés de 2% à 51%. Ceci pourrait être dû aux différences inhérentes des eaux usées affluantes, ainsi que parce que les relevés incorrects tendent à empiler au-dessus des opérations successives du protocole. On ne peut pas dire qu'une telle variation dépend de la méthode employée pour concentrer les éclats viraux.

Le dépistage calibre plus bas aux températures de congélation

L'étude a constaté que quand les eaux usées ont été enregistrées au °C 4 pendant jusqu'à neuf jours, le nombre de copie de gène de SARS-CoV-2 n'a pas changé de manière significative, comme prévu des études plus tôt sur les virus enveloppés. Cependant, un papier en avance a eu rapporté que quand des particules virales gamma-irradiées ont été employées pour clouer les échantillons d'eaux usées, qui ont été alors employés au lieu de vrais échantillons, le régime de la diminution du nombre de copie viral était environ 8% par jour à cette température.

numéros de copie de N-gène et concentration en ARN trouvée en eaux usées de WWTP à Salzbourg après 0, 2, 7, et 9 jours de stockage au °C 4 ainsi qu
numéros de copie de N-gène et concentration en ARN trouvée en eaux usées de WWTP à Salzbourg après 0, 2, 7, et 9 jours de stockage au °C 4 ainsi qu'après congélation. (n = 4, médiane, cadre : minute-maximum).

L'utilisation des techniques gel-dégel mène également à une diminution marquée du numéro de copie de l'ARN SARS-CoV-2. Ceci a mené à une réduction drastique du signe d'ACP pour le gène viral à partir de l'échantillon.

Ceci est facilement expliqué par les dégâts connus au cycle cellulaire provoqué par cette technologie. Ceci augmente la concentration en ARN dans des échantillons. En même temps, la cellule lysée ou endommagée entraîne le desserrage de la protéase et du RNases, qui peut également réduire le dépistage du virus ensuite.

Ainsi, les chercheurs disent que des échantillons d'eaux usées mieux sont enregistrés au °C 4 pour l'analyse SARS-CoV-2, de préférence à les geler.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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