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Protocolli ottimali di stoccaggio dei campioni dell'acqua di scarico per rilevazione del RNA SARS-CoV-2

Mentre la pandemia di malattia 2019 di coronavirus (COVID-19) continua a spargersi fra milioni di persone universalmente, gli scienziati cercano i modi affidabili rifletterla e predire i nuovi scoppi. Parecchi rapporti si sono occupati della rilevazione quantitativa dell'agente patogeno causativo, il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, in acqua di scarico.

Una nuova pubblicazione preliminare rilasciata sul " server " del medRxiv* dai ricercatori all'università di Innsbruck, Austria, cattura questo ulteriore per stabilire i limiti delle procedure di stoccaggio mentre lavora alla sorveglianza virale in questa area.

La rilevazione del virus in acqua di scarico offre la probabilità effettuare il video virale in una popolazione grande, compreso quelli con e senza i sintomi dell'infezione. Tuttavia, questi campioni devono spesso essere memorizzati finché la raccolta dagli impianti di trattamento delle acque reflue differenti (WWTP) non sia completa.

Senza dati sufficienti per indicare l'effetto di stoccaggio sui risultati di rilevazione del RNA nel caso di SARS-CoV-2, la comparabilità di vari studi ed i campioni memorizzati con i metodi differenti è bassi.

Obiettivi di studio

Lo studio corrente ha mirato ad esplorare la temperatura di stoccaggio più comune per i campioni crudi dell'acqua di scarico, vale a dire, +4°C e -20°C, in termini di loro effetti sulla capacità successiva di individuare il numero di copia di materiale genetico SARS-CoV-2 in ogni regolazione.

I ricercatori hanno analizzato i campioni di 24 ore di acqua di scarico affluente cruda da WWTPs a nel Tirolo e Salisburgo in Austria. Serviscono gli equivalenti di popolazione di 30.000 e di 680.000, rispettivamente. Il campione del Tirolo è stato raccolto nell'aprile 2020 ed il secondo ad ottobre dello stesso anno.

dovuto la mancanza di conoscenza circa il infectiousness possibile di tali campioni, il primo campione è stato pastorizzato a °C 60 per 1,5 ore, ma non al secondo. Per individuare il virus, i campioni poi sono stati elaborati per eliminare tan RNA non virale e gli inibitori della reazione a catena della polimerasi (PCR) come possibile.

I ricercatori poi hanno misurato le concentrazioni virali nel RNA dei modelli per diluire il contenuto del RNA come richiesto. I numeri di copia del RNA egualmente sono stati determinati con un insieme delle mani di fondo e delle sonde basate sul gene virale del nucleocapsid N1.

I ricercatori hanno osservato che, come previsto, i coefficienti di variazione hanno variato da 2% a 51%. Ciò potrebbe essere dovuto le differenze inerenti dell'acqua di scarico affluente come pure perché le letture sbagliate tendono a palancola su sopra i punti successivi del protocollo. Tale variazione non può essere detta per dipendere dal metodo impiegato per concentrare i frammenti virali.

La rilevazione valuta più in basso alle temperature di congelamento

Lo studio ha trovato che quando l'acqua di scarico è stata memorizzata a °C 4 per i fino a nove giorni, il numero di copia del gene di SARS-CoV-2 non è cambiato significativamente, come previsto dagli studi più iniziali sui virus avvolti. Tuttavia, un documento più in anticipo aveva riferito che quando le particelle virali irradiate con raggi gamma sono state usate per chiodare i campioni dell'acqua di scarico, che poi sono stati usati invece dei campioni in vivo, la tariffa di diminuzione del numero di copia virale era circa 8% al giorno a questa temperatura.

numeri di copia del N-gene e concentrazione nel RNA individuata in acqua di scarico da WWTP a Salisburgo dopo 0, 2, 7 e 9 giorni di stoccaggio a °C 4 come pure dopo il congelamento. (N = 4, mediana, casella: minuto-massimo).
numeri di copia del N-gene e concentrazione nel RNA individuata in acqua di scarico da WWTP a Salisburgo dopo 0, 2, 7 e 9 giorni di stoccaggio a °C 4 come pure dopo il congelamento. (N = 4, mediana, casella: minuto-massimo).

L'uso delle tecniche di gelata-disgelo egualmente piombo ad una profonda diminuzione nel numero di copia di RNA SARS-CoV-2. Ciò piombo ad una riduzione drastica del segnale di PCR per il gene virale dal campione.

Ciò è spiegata facilmente dal danneggiamento conosciuto del ciclo cellulare causato da questa tecnologia. Ciò aumenta la concentrazione nel RNA all'interno dei campioni. Allo stesso tempo, la cellula fatta l'elettrolisi o danneggiata causa la versione della proteasi e di RNases, che può anche diminuire da allora in poi la rilevazione del virus.

Quindi, i ricercatori dicono che i campioni dell'acqua di scarico sono memorizzati il più bene a °C 4 per l'analisi SARS-CoV-2, di preferenza a congelarli.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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