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Protocolos óptimos do armazenamento de amostras das águas residuais para a detecção do RNA SARS-CoV-2

Enquanto a pandemia da doença 2019 do coronavirus (COVID-19) continua a espalhar no mundo inteiro entre milhões de povos, os cientistas procuraram por maneiras seguras de monitorá-la e prever manifestações novas. Diversos relatórios trataram a detecção quantitativa do micróbio patogénico causal, o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), nas águas residuais.

Uma pré-impressão nova liberada no server do medRxiv* por pesquisadores na universidade de Innsbruck, Áustria, toma este mais adicional a fim estabelecer os limites de procedimentos do armazenamento ao trabalhar na fiscalização viral nesta área.

A detecção do vírus nas águas residuais oferece a possibilidade realizar a monitoração viral em uma grande população, incluindo aquelas com e sem sintomas da infecção. Contudo, estas amostras precisam frequentemente de ser armazenadas até que a coleção das plantas de tratamento de águas residuais diferentes (WWTP) esteja completa.

Sem suficientes dados para indicar o efeito do armazenamento nos resultados da detecção do RNA no caso de SARS-CoV-2, a comparabilidade de vários estudos e as amostras armazenadas por métodos diferentes são baixas.

Alvos do estudo

O estudo actual apontou explorar a temperatura de armazenamento o mais comum para as amostras cruas das águas residuais, a saber, o +4°C e o -20°C, em termos de seus efeitos na capacidade subseqüente para detectar o número de cópia do material SARS-CoV-2 genético em cada ajuste.

Os pesquisadores analisaram amostras de 24 horas de águas residuais afluentes cruas de WWTPs em Tirol e em Salzburg em Áustria. Servem equivalentes de população de 30.000 e de 680.000, respectivamente. A amostra de Tirol foi recolhida em abril de 2020 e o segundo em outubro do mesmo ano.

Devido à falta do conhecimento sobre o infectiousness possível de tais amostras, a primeira amostra foi pasteurizada no °C 60 por 1,5 horas, mas não no segundo. Para detectar o vírus, as amostras foram processadas então para remover tanto RNA não-viral e inibidores da reacção em cadeia da polimerase (PCR) como possível.

Os pesquisadores mediram então as concentrações virais do RNA dos moldes para diluir como necessário o índice do RNA. Os números de cópia do RNA foram determinados igualmente com um grupo de primeiras demão e de pontas de prova baseadas no gene viral do nucleocapsid N1.

Os pesquisadores observaram que, como esperado, os coeficientes de variação variaram de 2% a 51%. Isto poderia ser devido às diferenças inerentes das águas residuais afluentes, assim como porque as leituras erradas tendem a empilhar acima sobre as etapas sucessivas do protocolo. Tal variação não pode ser dita ser dependente do método usado para concentrar os fragmentos virais.

A detecção avalia mais baixo em temperaturas de congelação

O estudo encontrou que quando as águas residuais foram armazenadas no °C 4 por até nove dias, o número de cópia do gene de SARS-CoV-2 não mudou significativamente, como esperado de uns estudos mais adiantados em vírus envolvidos. Contudo, um papel mais adiantado tinha relatado que quando as partículas virais gama-irradiadas foram usadas para cravar as amostras das águas residuais, que foram usadas então no lugar das amostras da real-vida, a taxa de diminuição do número de cópia viral era aproximadamente 8% pelo dia nesta temperatura.

números de cópia do N-gene e concentração do RNA detectada nas águas residuais de WWTP em Salzburg após 0, 2, 7, e 9 dias do armazenamento no °C 4 assim como após a congelação. (n = 4, número médio, caixa: acta-máximo).
números de cópia do N-gene e concentração do RNA detectada nas águas residuais de WWTP em Salzburg após 0, 2, 7, e 9 dias do armazenamento no °C 4 assim como após a congelação. (n = 4, número médio, caixa: acta-máximo).

O uso de técnicas da gelo-aproximação amigável igualmente conduz a uma diminuição marcada no número de cópia do RNA SARS-CoV-2. Isto conduziu a uma redução drástica no sinal do PCR para o gene viral da amostra.

Isto é explicado facilmente pelo dano conhecido ao ciclo de pilha causado por esta tecnologia. Isto aumenta a concentração do RNA dentro das amostras. Ao mesmo tempo, a pilha lysed ou danificada causa a liberação do protease e do RNases, que pode igualmente reduzir a detecção do vírus depois disso.

Assim, os pesquisadores dizem que as amostras das águas residuais estão armazenadas melhor no °C 4 para a análise SARS-CoV-2, de preferência a congelá-los.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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