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Protocolos óptimos del almacenamiento de las muestras de las aguas residuales para la detección del ARN SARS-CoV-2

A medida que el pandémico de la enfermedad 2019 del coronavirus (COVID-19) continúa extenderse entre millones de gente por todo el mundo, los científicos exploran para que las maneras seguras lo vigilen y predigan nuevos brotes. Varios partes se han ocupado de la detección cuantitativa del patógeno causativo, el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, en aguas residuales.

Una nueva prueba preliminar liberada en el servidor del medRxiv* por los investigadores en la universidad de Innsbruck, Austria, toma este más futuro para establecer los límites de procedimientos del almacenamiento mientras que trabaja en vigilancia viral en esta área.

La detección del virus en aguas residuales ofrece la ocasión de realizar la supervisión viral en una población grande, incluyendo ésos con y sin síntomas de la infección. Sin embargo, estas muestras necesitan a menudo ser salvadas hasta que la colección de diversas depuradoras de aguas residuales (WWTP) sea completa.

Sin los suficientes datos para indicar el efecto del almacenamiento sobre los resultados de la detección del ARN en el caso de SARS-CoV-2, la comparabilidad de diversos estudios y las muestras salvadas por métodos diferentes es inferiores.

Objetivos del estudio

El estudio actual apuntó explorar la temperatura del almacenamiento más común para las muestras sin procesar de las aguas residuales, a saber, +4°C y -20°C, en términos de sus efectos sobre la capacidad subsiguiente de descubrir el número de copia del material genético SARS-CoV-2 en cada fijación.

Los investigadores analizaban muestras de 24 horas de las aguas residuales afuentes sin procesar de WWTPs en el Tyrol y Salzburg en Austria. Sirven equivalentes de población de 30.000 y 680.000, respectivamente. La muestra del Tyrol cerco en abril de 2020 y el segundo en octubre del mismo año.

Debido a la falta de conocimiento sobre el infectiousness posible de tales muestras, la primera muestra fue pasterizada en el °C 60 por 1,5 horas, pero no el segundo. Para descubrir el virus, las muestras entonces fueron tramitadas para quitar tanto ARN no-viral y los inhibidores de la reacción en cadena de polimerasa (PCR) como sea posible.

Los investigadores entonces midieron las concentraciones virales del ARN de los patrones para diluir el contenido del ARN como sea necesario. Los números de copia del ARN también fueron determinados con un equipo de pinturas de fondo y de antenas basadas en el gen viral del nucleocapsid N1.

Los investigadores observaron que, como se esperaba, los coeficientes de variación colocaron a partir de la 2% hasta el 51%. Esto podría ser debido a las diferencias inherentes de las aguas residuales afuentes, así como porque las lecturas incorrectas tienden a amontonar hacia arriba sobre los pasos sucesivos del protocolo. Tal variación no se puede decir para ser relacionada en el método usado para concentrar los fragmentos virales.

La detección valora más bajo en las temperaturas de congelación

El estudio encontró que cuando las aguas residuales fueron salvadas en el °C 4 por hasta nueve días, el número de copia del gen de SARS-CoV-2 no cambió importante, como se esperaba de estudios anteriores en virus envueltos. Sin embargo, un papel anterior había denunciado que cuando las partículas virales gamas-irradiado fueron utilizadas para clavar las muestras de las aguas residuales, que entonces fueron utilizadas en lugar de muestras de la vida real, el índice de disminución del número de copia viral era el cerca de 8% por día en esta temperatura.

números de copia del N-gen y concentración del ARN descubierta en aguas residuales de WWTP en Salzburg después de 0, 2, 7, y 9 días de almacenamiento en el °C 4 así como después de congelar. (n = 4, punto medio, caja: minuto-máximo).
números de copia del N-gen y concentración del ARN descubierta en aguas residuales de WWTP en Salzburg después de 0, 2, 7, y 9 días de almacenamiento en el °C 4 así como después de congelar. (n = 4, punto medio, caja: minuto-máximo).

El uso de técnicas hielo-deshielo también lleva a una disminución marcada del número de copia del ARN SARS-CoV-2. Esto llevó a una reducción drástica en la señal de la polimerización en cadena para el gen viral de la muestra.

Esto es explicada fácilmente por el daño sabido al ciclo celular causado por esta tecnología. Esto aumenta la concentración del ARN dentro de muestras. Al mismo tiempo, la célula lysed o dañada causa la baja de la proteasa y de RNases, que puede también reducir la detección del virus después de eso.

Así, los investigadores dicen que las muestras de las aguas residuales están salvadas mejor en el °C 4 para el análisis SARS-CoV-2, preferentemente a congelarlos.

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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