Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Le contrôle génomique peut aider à recenser comment SARS-CoV-2 s'étend dans des maisons de soins

Les maisons de soins sont au haut risque de remarquer des manifestations de COVID-19, la maladie provoquée par SARS-CoV-2. Des personnes plus âgées et ceux affectées par la cardiopathie, la maladie respiratoire et le diabète de type 2 - qui augmentent avec l'âge - sont au risque le plus grand de maladie sévère et même de mort, rendant la population de maison de soins particulièrement vulnérable.

Des maisons de soins sont connues pour être les réglages à haut risque pour des maladies infectieuses, dû à une combinaison de la vulnérabilité fondamentale des résidants qui sont souvent fragiles et agés, à l'environnement partagé avec les espaces communaux multiples, et au nombre élevé de contacts entre les résidants, le personnel et les visiteurs dans un espace ci-joint.

Dans la recherche publiée dans l'eLife, une équipe aboutie par des scientifiques à l'université de Cambridge et d'institut de Wellcome Sanger a employé une combinaison de séquençage du génome et a détaillé les informations épidémiologiques pour examiner le choc de COVID-19 sur des maisons de soins et pour le regarder comment les propagations des virus dans ces réglages.

SARS-CoV-2 est un virus ARN et car un tel son code génétique est à erreurs enclines chaque fois il reproduit. On l'estime actuel que le virus subit une mutation à un taux de 2,5 nucléotides (A, le C, le G et l'U de son code génétique) par mois. L'affichage - ou « ordonnancement » - de code génétique du virus peut fournir des données de valeur sur sa biologie et boîte de vitesses. Elles permettent à des chercheurs de produire exposition « d'arbres généalogiques » - connus sous le nom d'arbres phylogénétiques - cette comment les échantillons associent entre eux.

Les scientifiques et les cliniciens à Cambridge ont frayé un chemin l'utilisation du séquençage du génome et des informations épidémiologiques de tracer des manifestations et des réseaux de boîte de vitesses dans les hôpitaux et les réglages à caractère communautaire de santé, en aidant avisez les mesures de contrôle d'infection et brisez les réseaux de la boîte de vitesses. Depuis mars 2020, ils s'étaient appliqués cette méthode à SARS-CoV-2 en tant qu'élément du consortium du R-U de la génomique COVID-19 (COG-UK).

Dans cette étude neuve, les chercheurs ont analysé des échantillons rassemblés de 6.600 patients entre le 26 février et du 10 mai 2020 et vérifiés au laboratoire de l'Angleterre de santé (PHE) publique à Cambridge. Hors de tous les cas, 1.167 (18%) étaient les résidants à la maison de soins de 337 maisons de soins, 193 dont étaient les maisons résidentielles et 144 maisons de repos, la majorité dans l'est de l'Angleterre. L'âge moyen des résidants de maison de soins était de 86 ans.

Tandis que le nombre moyen de cas selon la maison de soins était deux, les dix maisons de soins avec le plus grand nombre de cas ont représenté 164 caisses. Il y avait une légère tendance pour que les maisons de repos aient plus de cas selon la maison que les maisons résidentielles, avec une médiane de trois cas.

Avec des résidants de maison de non-soins admis à l'hôpital avec COVID-19, des résidants hospitalisés de maison de soins étaient moins pour être admis aux unités de soins intensifs (moins de 7% contre 21%) et plus susceptible de mourir (47% contre 20%).

Les chercheurs ont également exploré des tiges entre les maisons de soins et les hôpitaux. 68% de résidants de maison de soins ont été admis à l'hôpital au cours de la période de réflexion. 57% ont été admis avec COVID-19, 6% de cas avait soupçonné l'infection nosocomiale, et 33% ont été rebutés de l'hôpital moins de 7 jours d'un test positif. Ces découvertes mettent en valeur les opportunités suffisantes pour la boîte de vitesses SARS-CoV-2 entre l'hôpital et les réglages à la maison de soins.

Quand les chercheurs ont examiné les séquences virales, ils ont trouvé cela pour plusieurs des maisons de soins avec le nombre le plus élevé de cas, tous les cas groupés attentivement ensemble sur un arbre phylogénétique avec les génomes identiques ou juste une différence de paire de bases. C'était compatible avec une manifestation unique écartant dans la maison de soins.

En revanche, pour plusieurs autres maisons de soins, des cas ont été distribués en travers de l'arbre phylogénétique, avec des différences génétiques plus répandues, proposant que chacun de ces cas ait été indépendant et non relatif à une source partagée de boîte de vitesses.

« Des personnes plus âgées, en particulier ceux dans les maisons de soins qui peuvent être fragiles, sont au risque particulier de COVID-19, ainsi il est essentiel nous font tout que nous pouvons les protéger, » a dit M. Estée Török, un conseiller honorifique à l'hôpital d'Addenbrooke, aux hôpitaux d'Université de Cambridge (CUH), et à un camarade de visite supérieur honorifique à l'université de Cambridge.

La « prévention de l'introduction des infections neuves dans des maisons de soins devrait être une priorité principale pour limiter des manifestations, à côté des efforts de contrôle d'infection pour limiter la boîte de vitesses dans des maisons de soins, comprenant une fois qu'une manifestation a été recensée. »

L'équipe a trouvé deux boîtiers qui ont été liés aux membres du personnel soignant. Un de ces résidants impliqués de maison de soins, un soignant de cette maison et des des autres d'une maison inconnue, des infirmiers et des gens de soins vivant avec eux. Le deuxième impliqué plusieurs s'inquiètent les résidants à la maison et le personnel médical aigu à la confiance de fondation des hôpitaux NHS d'Université de Cambridge qui s'est inquiétée au moins d'un des résidants. Il n'était pas possible de dire d'où ces boîtiers ont provenu et comment la propagation des virus.

Utilisant cette technique « de contrôle génomique » peut aider des institutions telles que des maisons et des hôpitaux de soins mieux à comprendre les réseaux de boîte de vitesses qui permettent l'écart de COVID-19. Ceci peut alors aviser des mesures de contrôle d'infection, aidant assurez-vous que ces places sont aussi sûres comme possible aux résidants, aux patients, au personnel et aux visiteurs. »

M. William Hamilton, université de Cambridge et CUH

Le nombre absolu de caisses COVID-19 diagnostiquées des résidants de maison de soins s'est baissé plus lentement en avril que pour des résidants de maison de non-soins, augmentant la proportion de cas des maisons de soins et contribuant au régime lent du déclin dans des nombres totaux de cas pendant avril et début mai 2020.

« Nos caractéristiques proposent que la boîte de vitesses à la maison de soins ait été plus résistante aux mesures de lockdown que les réglages à la maison de non-soins. Ceci peut réfléchir la vulnérabilité fondamentale de la population de maison de soins, et les défis de contrôle d'infection de soigner les résidants multiples qui peuvent également partager les espaces vitaux communaux, » a dit la Tonkin-Côte de Gerry de l'institut de Wellcome Sanger.

L'équipe n'a trouvé des lignées virales pas neuves de l'extérieur du R-U, qui peut réfléchir la réussite des restrictions de course en limitant les introductions virales neuves dans la population globale au cours de la première période épidémique d'onde et de lockdown.

Source:
Journal reference:

Hamilton, W.L., et al. (2021) Genomic epidemiology of COVID-19 in care homes in the East of England. eLife. doi.org/10.7554/eLife.64618.