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La vigilancia Genomic puede ayudar a determinar cómo SARS-CoV-2 se extiende en hogares del cuidado

Los hogares del cuidado están en de alto riesgo de experimentar los brotes de COVID-19, la enfermedad causada por SARS-CoV-2. Una más vieja gente y ésas afectadas por la enfermedad cardíaca, la enfermedad respiratoria y el tipo - diabetes 2 - que aumentan con edad - están en el riesgo más grande de enfermedad e incluso de muerte severas, haciendo la población del hogar del cuidado especialmente vulnerable.

Los hogares del cuidado se conocen para ser fijaciones de alto riesgo para las enfermedades infecciosas, debido a una combinación de la vulnerabilidad subyacente de los residentes que son a menudo frágiles y mayores, al ambiente vivo compartido con los espacios comunales múltiples, y al número elevado de contactos entre los residentes, el estado mayor y los visitantes en un espacio cubierto.

En la investigación publicada en eLife, las personas llevadas por los científicos en la universidad de Cambridge y del instituto de Wellcome Sanger utilizaron una combinación del genoma que ordenaba y detallaron la información epidemiológica para examinar el impacto de COVID-19 en hogares del cuidado y para observarlo cómo el virus se extiende en estas fijaciones.

SARS-CoV-2 es un virus del ARN y como tal su clave genética es desvíos propensos cada vez repliega. Se estima actualmente que el virus se transforma hasta una tasa de 2,5 nucleótidos (la A, la C, el G y el U de su clave genética) por mes. La lectura - o “secuencia” - de la clave genética del virus puede ofrecer la información valiosa en su biología y transmisión. Permite que los investigadores creen “demostración de los árboles de familia” - conocidos como árboles filogenéticos - esa cómo las muestras se relacionan el uno al otro.

Los científicos y los clínicos en Cambridge han promovido el uso de la secuencia del genoma y de la información epidemiológica para trazar brotes y redes de la transmisión en hospitales y fijaciones basadas en la Comunidad de la atención sanitaria, ayudando informe a las medidas de control de la infección y rompa las cadenas de la transmisión. Desde marzo de 2020, han estado aplicando este método a SARS-CoV-2 como parte del consorcio de Reino Unido de la genómica COVID-19 (COG-UK).

En este nuevo estudio, los investigadores analizaban las muestras cerco a partir de 6.600 pacientes entre el 26 de febrero y el 10 de mayo de 2020 y probadas en el laboratorio de Inglaterra de la salud (PHE) pública en Cambridge. Fuera de todos los casos, 1.167 (el 18%) eran residentes caseros del cuidado a partir de 337 hogares del cuidado, 193 cuyo eran los hogares residenciales y 144 clínicas de reposo, la mayoría en el este de Inglaterra. La edad mediana de los residentes del hogar del cuidado era 86 años.

Mientras que el número mediano de casos por hogar del cuidado era dos, los diez hogares del cuidado con el número más grande de casos explicaron 164 cajas. Había una tendencia ligera para que las clínicas de reposo tengan más casos por hogar que hogares residenciales, con un punto medio de tres casos.

Comparado con los residentes del hogar del no-cuidado admitidos al hospital con COVID-19, los residentes hospitalizados del hogar del cuidado eran menos probables ser admitidos a las Unidades de Cuidados Intensivos (menos el de 7% comparado con el 21%) y más probable morir (el 47% comparado con el 20%).

Los investigadores también exploraron eslabones entre los hogares del cuidado y los hospitales. los 68% de residentes del hogar del cuidado fueron admitidos al hospital durante el período del estudio. los 57% fueron admitidos con COVID-19, el 6% de casos habían sospechado la infección hospital-detectada, y los 33% fueron descargados de hospital en el plazo de 7 días de una prueba positiva. Estas conclusión destacan las oportunidades suficientes para la transmisión SARS-CoV-2 entre el hospital y las fijaciones caseras del cuidado.

Cuando los investigadores examinaron las series virales, encontraron que para varios de los hogares del cuidado con el número más elevado de los casos, todos los casos agrupados de cerca juntos en un árbol filogenético con los genomas idénticos o apenas una diferencia baja de los pares. Esto era constante con un único brote que se extendía dentro del hogar del cuidado.

Por el contrario, para varios otros hogares del cuidado, los casos fueron distribuidos a través del árbol filogenético, con diferencias genéticas más dispersas, sugiriendo que cada uno de estos casos era independiente y no relacionado a una fuente compartida de la transmisión.

Una “más vieja gente, determinado ésas en los hogares del cuidado que pueden ser frágiles, está en el riesgo determinado de COVID-19, así que es esencial nosotros hace todos que poder protegerlos,” dijo al Dr. Estée Török, consultor honorario en el hospital de Addenbrooke, hospitales de la Universidad de Cambridge (CUH), y una persona que visita mayor honoraria en la universidad de Cambridge.

La “prevención de la introducción de nuevas infecciones en hogares del cuidado debe ser una prioridad dominante para limitar brotes, junto a esfuerzos del mando de la infección de limitar la transmisión dentro de los hogares del cuidado, incluyendo una vez que se ha determinado un brote.”

Las personas encontraron dos atados que fueron conectados a los trabajadores de la atención sanitaria. Uno de estos residentes implicados del hogar del cuidado, un cuidador de ese hogar y otro de un hogar desconocido, de los paramédicos y de la gente del cuidado viviendo con ellos. El segundo implicó varios los residentes caseros del cuidado y estado mayor médico agudo en la confianza del asiento de NHS de los hospitales de la Universidad de Cambridge que cuidó por lo menos a uno de los residentes. No era posible decir de dónde estos atados originaron y cómo la extensión del virus.

Usando esta técnica de la “vigilancia genomic” puede ayudar a las instituciones tales como hogares y hospitales del cuidado mejor a entender las redes de la transmisión que permiten la extensión de COVID-19. Esto puede entonces informar a las medidas de control de la infección, ayudando asegúrese de que estos lugares son tan seguros como sea posible para los residentes, los pacientes, el estado mayor y los visitantes.”

El Dr. William Hamilton, universidad de Cambridge y CUH

El número absoluto de las cajas diagnosticadas COVID-19 de residentes del hogar del cuidado disminuyó más despacio en abril que para los residentes del hogar del no-cuidado, aumentando la proporción de casos de hogares del cuidado y contribuyendo al índice lento de disminución en números totales del caso durante abril y principios de mayo de 2020.

“Nuestros datos sugieren que la transmisión casera del cuidado fuera más resistente a las dimensiones del lockdown que las fijaciones caseras del no-cuidado. Esto puede reflejar la vulnerabilidad subyacente de la población del hogar del cuidado, y los retos del mando de la infección de cuidar a los residentes múltiples que pueden también compartir espacios vitales comunales,” dijo la Tonkin-Colina de Gerry del instituto de Wellcome Sanger.

Las personas encontraron no nuevos linajes virales desde fuera del Reino Unido, que puede reflejar el éxito de las restricciones de viaje en la limitación de las nuevas introducciones virales en la población en general durante el primer período epidémico de la onda y del lockdown.

Source:
Journal reference:

Hamilton, W.L., et al. (2021) Genomic epidemiology of COVID-19 in care homes in the East of England. eLife. doi.org/10.7554/eLife.64618.