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coronavirus Neuf-découvert 94,5% de "bat" identique à SARS-CoV-2

Les chercheurs en Chine et en Australie ont rapporté la découverte des coronaviruses nouveaux de "bat" qui indiquent davantage la diversité et l'histoire évolutionnaire complexe de ces virus.

Début 2020, le coronavirus nouveau 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère a été recensé comme agent causal de la manifestation de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) qui a commencé la première fois à Wuhan, Chine, fin décembre 2019.

Une combinaison des études de séquençage du génome et d'échantillonnage a alors recensé un certain nombre de coronaviruses de SARS-CoV-2-related dans les substances de faune qui ont ensemble indiqué la sous-estimation de la diversité phylogénétique et génomique des coronaviruses.

Maintenant, Weifeng Shi de premières université médicale de Shandong et Académie de Shandong des sciences médicales à Taian, en Chine et collègues ont réalisé une analyse de méta-transcriptomic des échantillons rassemblés de 23 substances de "bat" dans la province de Yunnan en Chine pendant 2019 et 2020.

« Notre étude met en valeur la diversité remarquable des virus de "bat" à l'écaille locale et cela des parents de SARS-CoV-2 et de Radars à ouverture synthétique-CoV diffusent dans la substance de faune dans une région géographique grande d'Asie du Sud-Est et la Chine du sud, » dit l'équipe.

« Ces caractéristiques aideront des efforts de contrôle de guide pour déterminer les origines de SARS-CoV-2 et d'autres coronaviruses pathogènes. »

Une version de prétirage du rapport de recherche est procurable sur le serveur de bioRxiv*, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

"bat" sont les hôtes réputés des coronaviruses

"bat" sont les hôtes bien établis à une large gamme de virus qui sont connus pour entraîner la maladie sévère chez l'homme, y compris le virus de Hendra, le virus Ebola et, spécialement, les coronaviruses.

Quatre des sept coronaviruses humains connus ont des origines zoonotiques. Ceux-ci comprennent le virus Radars à ouverture synthétique-CoV responsable de la manifestation 2002 à 2004 de radar à ouverture synthétique et du coronavirus respiratoire de Moyen-Orient (MERS-CoV) responsable de nombreuses manifestations de maladie respiratoire sévère en travers du Moyen-Orient depuis 2012.

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L'information d'échantillonnage et dépistage des virus de SARS-CoV-2-like dans les échantillons fécaux de "bat" individuelle. (a) Les numéros d'échantillon des espèces différentes de "bat" captées vivent dans la province de Yunnan de mai 2019 à novembre 2020. (b) Les numéros des échantillons rassemblés du temps différent se dirige (fléau orange - fèces ; vert - écouvillon oral ; mauve-clair - urine). Les nombres de différentes "bat" sont montrés avec les points noirs et associent à l'axe des y. Les numéros associés sont dans les nombres d'échantillon de forme/numéro de différentes "bat". (c) Identification des échantillons positifs de virus de SARS-CoV-2-like utilisant le qPCR.

Bien que "bat" soient les hôtes le plus susceptibles de ces coronaviruses, leur émergence chez l'homme a également les hôtes « intermédiaires » parfois impliqués tels que la civette de paume (dans le cas de Radars à ouverture synthétique-CoV) et des chameaux de dromadaire (MERS-CoV).

Début 2020, le virus du roman SARS-CoV-2 a été recensé comme agent causal d'une manifestation de pneumonie à Wuhan, Chine, qui s'est rapidement transformée en pandémie globale.

Une combinaison des études rétrospectives de séquençage du génome et d'échantillonnage a recensé un certain nombre de coronaviruses de SARS-CoV-2-related dans des substances de faune.

Celles-ci ont compris le virus RaTG13 trouvé dans les affinis de Rhinolophus manient la batte, qui est le parent connu le plus proche de SARS-CoV-2 en travers du génome viral dans son ensemble.

Écologique modélisant la répartition géographique de 49 substances de
Écologique modélisant la répartition géographique de 49 substances de "bat" de Rhinolophid. (a) Modèles de 49 substances de "bat" de Rhinolophus qui prévoient la diversité dans cinq régions couvrant le continent Asie du Sud-Est, Philippines, Java-Sumatra, Bornéo et Sulawesi-Moluques. La couleur de plan représente la richesse de substance, avec jusqu'à 23 substances projetées pour coexister. (FB) Distribution d'emplacement (b) des affinis de la substance R. de l'hôte RaTG13, (c) le pusillus de la substance R. de l'hôte RpYN06, (d) le malayanus de la substance R. de l'hôte RmYN02, (e) l'accuminatus de la substance R. de l'hôte RacCS203, et (f) le shameli de la substance R. de l'hôte STT182 et STT200. La région jaune représente la gamme prévue de chaque espèces.

Des virus de SARS-CoV-2-related ont été également recensés dans diverses autres "bat" de Rhinolophid, y compris "bat" de shameli de R. échantillonnées "bat" dans du Cambodge, du R. cornutus échantillonnées "bat" dans du Japon, et de R. acuminatus échantillonnées en Thaïlande.

« Collectivement, ces études indiquent que "bat" en travers d'une bande grande de l'Asie hébergent les coronaviruses qui sont étroitement liés à SARS-CoV-2 et que la diversité phylogénétique et génomique de ces virus a été vraisemblablement sous-estimée » indique Shi et l'équipe.

Que les chercheurs ont-ils fait ?

Pour vérifier plus plus loin la diversité, l'écologie, et l'évolution des virus de "bat", de Shi et des collègues ont entrepris une étude de méta-transcriptomic de 411 échantillons rassemblés de 23 substances de "bat" dans une petite région (de ~1100 hectares) dans la province de Yunnan Chine, entre mai 2019 et novembre 2020.

L'équipe a recensé les contigs de coronavirus (ensembles de séquences d'ADN superposantes) dans 40 de 100 bibliothèques de ordonnancement, y compris sept bibliothèques avec les contigs qui pourraient être tracés à SARS-CoV-2.

L'équipe a obtenu les génomes nouveaux de coronavirus

De ces caractéristiques, les chercheurs ont assemblé 24 génomes nouveaux intégraux de coronavirus, y compris quatre génomes liés à SARS-CoV-2 et à trois liés à Radars à ouverture synthétique-CoV.

Notamment, un de ces coronaviruses nouveaux de "bat" - RpYN06 - identité montrée de 94,5% séquences à SARS-CoV-2 en travers du génome entier. En outre, en quelques différents gènes (ORF1ab, ORF7a, ORF8, N, et ORF10), RpYN06 était le parent le plus proche de SARS-CoV-2 recensé jusqu'à présent.

Cependant, à l'écaille génomique, l'identité inférieure de séquence dans le gène de pointe a effectué à RpYN06 le deuxième parent le plus proche de SARS-CoV-2, à côté de RaTG13. La protéine de pointe est les utilisations principales de la structure SARS-CoV-2 de gripper à et d'infecter des cellules hôte.

Différences dans la séquence générale du gène de pointe

Les chercheurs disent que bien que plusieurs virus de SARS-CoV-2-like aient été précédemment recensés dans différentes espèces de faune, aucun n'est hautement assimilé (>95%) dans l'identité générale de séquence du gène de pointe.

En effet, alors que les trois autres virus de SARS-CoV-2-related recensés ici étaient presque identiques dans l'ordre, les séquences protéiques de pointe ont formé une lignée indépendante qui a été séparée des sarbecoviruses connus par une succursale relativement longue. Sarbecovirus est un sous-genre viral ou les coronaviruses aux lesquels SARS-CoV-2 et Radars à ouverture synthétique-CoV appartiennent.

« Collectivement, ces résultats mettent en valeur extrêmement l'élevé, et la diversité vraisemblablement sous-estimée et génétique des protéines de pointe de sarbecovirus, qui réfléchit vraisemblablement leur souplesse adaptative, » écrit Shi et collègues.

Les chercheurs disent que les études ont précédemment prouvé que la commutation d'hôte des coronaviruses parmi "bat" est un cas fréquent.

« Que la différente substance de "bat" peut héberger les virus multiples augmente la difficulté en résolvant les origines de SARS-CoV-2 et d'autres coronaviruses pathogènes, » elles ajoutent.

Que l'étude a-t-elle trouvé ?

La modélisation écologique a prévu la coexistence de jusqu'à 23 substances des substances de "bat" de Rhinolophus en travers de beaucoup d'Asie du Sud-Est et de la Chine du sud, avec les plus grands hotspots pour la diversité élevée de "bat" s'étendant du Laotien et du Vietnam du sud en la Chine du sud.

Les chercheurs disent qu'en plus de Rhinolophids, cette région géographique grande en Asie est également riche en beaucoup d'autres familles de "bat" et d'autres substances de faune qui se sont avérées susceptibles de SARS-CoV-2 in vitro.

« Il est, pour cette raison, essentiel que d'autres efforts de contrôle devraient couvrir un choix plus large d'animaux sauvages dans cette région pour aider à suivre les débordements actuels de SARS-CoV-2, de Radars à ouverture synthétique-CoV et d'autres virus pathogènes des animaux aux êtres humains, » ils concluent.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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