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coronavirus Neo-scoperto 94,5% del pipistrello identico a SARS-CoV-2

I ricercatori in Cina ed in Australia hanno riferito la scoperta dei coronaviruses novelli del pipistrello che più ulteriormente rivelano la diversità e la cronologia evolutiva complessa di questi virus.

All'inizio del 2020, il coronavirus novello 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo è stato identificato come l'agente causativo dello scoppio di malattia 2019 di coronavirus (COVID-19) che in primo luogo ha cominciato a Wuhan, Cina, alla fine del dicembre 2019.

Una combinazione di studi di campionatura e di sequenziamento del genoma poi ha identificato una serie di coronaviruses di SARS-CoV-2-related in specie della fauna selvatica che hanno indicato insieme sottovalutazione della diversità filogenetica e genomica dei coronaviruses.

Ora, Weifeng Shi dalla prime università medica di Shandong & accademia di Shandong di scienze mediche Taian, in Cina e colleghi ha condotto un'analisi del meta-transcriptomic dei campioni raccolti da 23 specie del pipistrello nella provincia di Yunnan in Cina durante 2019 e il 2020.

“Il nostro studio evidenzia entrambi la diversità notevole dei virus del pipistrello al disgaggio locale e quello parenti di SARS-CoV-2 e di SAR-CoV circola in specie della fauna selvatica in una vasta regione geografica di Sud-est asiatico e la Cina del sud,„ dice il gruppo.

“Questi dati aiuteranno gli sforzi di sorveglianza della guida per determinare le origini di SARS-CoV-2 e di altri coronaviruses patogeni.„

Una versione della pubblicazione preliminare della pubblicazione è disponibile sul " server " del bioRxiv*, mentre l'articolo subisce la revisione tra pari.

I pipistrelli sono host ben noti dei coronaviruses

I pipistrelli sono host affermati a una vasta gamma di virus che sono conosciuti per causare la malattia severa in esseri umani, compreso il virus di Hendra, il virus di Ebola e, specialmente, i coronaviruses.

Quattro dei sette coronaviruses umani conosciuti hanno origini zoonotiche. Questi includono il virus SAR-CoV responsabile dello scoppio 2002 - 2004 di SAR e del coronavirus respiratorio di Medio Oriente (MERS-CoV) responsabile di numerosi scoppi di malattia respiratoria severa attraverso Medio Oriente dal 2012.

Informazioni di campionatura e rilevazione dei virus di SARS-CoV-2-like nei campioni fecali del pipistrello determinato. (A) I numeri di campione delle specie differenti del pipistrello catturate vivono nella provincia di Yunnan dal maggio 2019 al novembre 2020. (B) i numeri dei campioni raccolti a partire da tempo differente indica (colonna arancio - feci; verde - tampone orale; rosso-chiaro - urina). I numeri di diversi pipistrelli sono indicati con i punti neri e si riferiscono all
Informazioni di campionatura e rilevazione dei virus di SARS-CoV-2-like nei campioni fecali del pipistrello determinato. (A) I numeri di campione delle specie differenti del pipistrello catturate vivono nella provincia di Yunnan dal maggio 2019 al novembre 2020. (B) i numeri dei campioni raccolti a partire da tempo differente indica (colonna arancio - feci; verde - tampone orale; rosso-chiaro - urina). I numeri di diversi pipistrelli sono indicati con i punti neri e si riferiscono all'asse y. I numeri associati sono nei numeri di campione del modulo/numero di diversi pipistrelli. (C) identificazione dei campioni positivi del virus di SARS-CoV-2-like facendo uso di qPCR.

Sebbene i pipistrelli siano i host più probabili di questi coronaviruses, la loro emergenza in esseri umani egualmente a volte ha fatto partecipare i host “intermedi„ quali lo zibetto di palma (nel caso di SAR-CoV) ed i cammelli del dromedario (MERS-CoV).

All'inizio del 2020, il virus del romanzo SARS-CoV-2 è stato identificato come l'agente causativo di uno scoppio di polmonite a Wuhan, Cina, che si è trasformata in rapidamente una pandemia globale.

Una combinazione di studi retrospettivi di campionatura e di sequenziamento del genoma ha identificato una serie di coronaviruses di SARS-CoV-2-related in specie della fauna selvatica.

Questi hanno incluso il virus RaTG13 trovato nei affinis di Rhinolophus battono, che è il parente il più vicino conosciuto di SARS-CoV-2 attraverso il genoma virale complessivamente.

Ecologico modellando la distribuzione geografica di 49 specie del pipistrello di Rhinolophid. (A) I modelli di 49 specie del pipistrello di Rhinolophus che predicono la diversità in cinque regioni che coprono il continente Sud-est asiatico, le Filippine, Java-Sumatra, Borneo e Sulawesi-Molucche. Il colore della mappa rappresenta la ricchezza di specie, con fino a 23 specie aggettante per coesistere. (BF) Distribuzione di posizione di (B) i affinis di specie R. ospite RaTG13, (C) il pusillus di specie R. ospite RpYN06, (D) il malayanus di specie R. ospite RmYN02, (E) il accuminatus di specie R. ospite RacCS203 e (F) gli STT182 e gli STT200 ospitano lo shameli di specie R. La regione gialla rappresenta l
Ecologico modellando la distribuzione geografica di 49 specie del pipistrello di Rhinolophid. (A) I modelli di 49 specie del pipistrello di Rhinolophus che predicono la diversità in cinque regioni che coprono il continente Sud-est asiatico, le Filippine, Java-Sumatra, Borneo e Sulawesi-Molucche. Il colore della mappa rappresenta la ricchezza di specie, con fino a 23 specie aggettante per coesistere. (BF) Distribuzione di posizione di (B) i affinis di specie R. ospite RaTG13, (C) il pusillus di specie R. ospite RpYN06, (D) il malayanus di specie R. ospite RmYN02, (E) il accuminatus di specie R. ospite RacCS203 e (F) gli STT182 e gli STT200 ospitano lo shameli di specie R. La regione gialla rappresenta l'intervallo preveduto dell'ogni specie.

I virus di SARS-CoV-2-related egualmente sono stati identificati nei vari pipistrelli di Rhinolophid, compreso i pipistrelli di shameli del R. campionati pipistrelli in cornutus del R., della Cambogia campionati pipistrelli in acuminatus del R. e del Giappone campionati in Tailandia.

“Collettivamente, questi studi indicano che i pipistrelli attraverso una vasta falciata dell'Asia harbor i coronaviruses che sono strettamente connessi a SARS-CoV-2 e che la diversità filogenetica e genomica di questi virus probabilmente è stata sottovalutata„ dice Shi ed il gruppo.

Che cosa i ricercatori hanno fatto?

Per più a fondo studiare la diversità, l'ecologia e l'evoluzione dei virus del pipistrello, di Shi e dei colleghi hanno intrapreso gli studi del meta-transcriptomic di 411 campione raccolto da 23 specie del pipistrello in una piccola (regione di ~1100 ettari) all'interno della provincia di Yunnan Cina, fra maggio 2019 e novembre 2020.

Il gruppo ha identificato i contigui di coronavirus (insiemi di sovrapposizione delle sequenze del DNA) in 40 di 100 librerie d'ordinamento, compreso sette librerie con i contigui che potrebbero essere mappati a SARS-CoV-2.

Il gruppo ha ottenuto i genoma novelli di coronavirus

Da questi dati, i ricercatori hanno montato 24 genoma novelli integrali di coronavirus, compreso quattro genoma relativi a SARS-CoV-2 ed a tre relativi a SAR-CoV.

Considerevolmente, uno di questi coronaviruses novelli del pipistrello - RpYN06 - un'identità esibita di 94,5% sequenze a SARS-CoV-2 attraverso l'intero genoma. Ancora, in alcuni diversi geni (ORF1ab, ORF7a, ORF8, N e ORF10), RpYN06 era il parente più vicino di SARS-CoV-2 identificato fin qui.

Tuttavia, al disgaggio genomica, l'identità bassa di sequenza nel gene della punta ha reso a RpYN06 il secondo parente più vicino di SARS-CoV-2, accanto a RaTG13. La proteina della punta è gli usi principali della struttura SARS-CoV-2 legare a ed infettare le cellule ospiti.

Differenze nella sequenza globale del gene della punta

I ricercatori dicono che sebbene parecchi virus di SARS-CoV-2-like precedentemente siano stati identificati in specie differenti della fauna selvatica, nessuno sono altamente simili (>95%) nell'identità globale di sequenza del gene della punta.

Effettivamente, mentre gli altri tre virus di SARS-CoV-2-related identificati qui erano nell'ordine quasi identici, le sequenze della proteina della punta hanno formato uno stirpe indipendente che è stato separato dai sarbecoviruses conosciuti da un ramo relativamente lungo. Sarbecovirus è un sottogenere virale o i coronaviruses a cui SARS-CoV-2 e SAR-CoV appartengono.

“Collettivamente, questi risultati evidenziano estremamente il massimo e la diversità probabilmente sottovalutata e genetica delle proteine della punta di sarbecovirus, che probabilmente riflette la loro flessibilità adattabile,„ scrive Shi ed i colleghi.

I ricercatori dicono che gli studi precedentemente hanno indicato che la commutazione ospite dei coronaviruses fra i pipistrelli è un caso frequente.

“Che le diverse specie del pipistrello possono harbor i virus multipli aumenta la difficoltà nella risoluzione delle origini di SARS-CoV-2 ed altri coronaviruses patogeni,„ aggiungono.

Che altro lo studio ha trovato?

La modellistica ecologica ha predetto la coesistenza di fino a 23 specie di specie dei pipistrelli di Rhinolophus attraverso molta di Sud-est asiatico e della Cina del sud, con i più grandi hotspot per alta diversità del pipistrello che si estende dal laotiano e dal Vietnam del sud in Cina del sud.

I ricercatori dicono che oltre a Rhinolophids, questa vasta regione geografica in Asia è egualmente ricca di molte altre famiglie del pipistrello e di altre specie della fauna selvatica che sono state indicate per essere suscettibili di SARS-CoV-2 in vitro.

“È, quindi, essenziale che ulteriori sforzi di sorveglianza dovrebbero coprire una più vasta gamma di animali selvatici in questa regione per contribuire a tenere la carreggiata gli straripamenti in corso di SARS-CoV-2, di SAR-CoV e di altri virus patogeni dagli animali agli esseri umani,„ essi conclude.

Avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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