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coronavirus Novo-descoberto 94,5% do bastão idêntico a SARS-CoV-2

Os pesquisadores em China e em Austrália relataram a descoberta dos coronaviruses novos do bastão que revelam mais a diversidade e a história evolucionária complexa destes vírus.

Ao princípio de 2020, o coronavirus novo 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) foi identificado como o agente causal da manifestação da doença 2019 do coronavirus (COVID-19) que começou primeiramente em Wuhan, China, ao fim de dezembro de 2019.

Uma combinação de estudos arranjando em seqüência e de preparação de amostras do genoma identificou então um número de coronaviruses de SARS-CoV-2-related nas espécies dos animais selvagens que junto aguçado ao underestimation da diversidade filogenética e genomic dos coronaviruses.

Agora, Weifeng Shi da primeiras universidade médica de Shandong & academia de Shandong de ciências médicas em Taian, em China e em colegas conduziu uma análise do meta-transcriptomic das amostras recolhidas de 23 espécies do bastão na província de Yunnan em China durante 2019 e 2020.

“Nosso estudo destaca a diversidade notável de vírus do bastão na escala local e aquele parentes de SARS-CoV-2 e de SARS-CoV circula na espécie dos animais selvagens em uma região geográfica larga de 3Sudeste Asiático e China do sul,” diz a equipe.

“Estes dados ajudarão esforços da fiscalização do guia para determinar as origens de SARS-CoV-2 e de outros coronaviruses patogénicos.”

Uma versão da pré-impressão do artigo de investigação está disponível no server do bioRxiv*, quando o artigo se submeter à revisão paritária.

Os bastões são anfitriões conhecidos dos coronaviruses

Os bastões são anfitriões bem conhecidos a uma escala larga dos vírus que são sabidos para causar a doença severa nos seres humanos, incluindo o vírus de Hendra, o vírus de Ebola e, especialmente, os coronaviruses.

Quatro dos sete coronaviruses humanos conhecidos têm origens zoonotic. Estes incluem o vírus SARS-CoV responsável para a manifestação 2002 a 2004 do SARS e o coronavirus respiratório de Médio Oriente (MERS-CoV) responsável para manifestações numerosas de doença respiratória severa através do Médio Oriente desde 2012.

Informação da amostra e detecção de vírus de SARS-CoV-2-like em amostras fecais do bastão individual. (a) Os números de amostra de espécies diferentes do bastão capturadas vivem na província de Yunnan desde maio de 2019 até novembro de 2020. (b) Os números de amostras recolhidas do tempo diferente apontam (coluna alaranjada - fezes; verde - cotonete oral; luz - roxo - urina). Os números de bastões individuais são mostrados com pontos pretos e relacionam-se à y-linha central. Os números associados estão nos números de amostra do formulário/número de bastões individuais. (c) Identificação de amostras positivas do vírus de SARS-CoV-2-like usando o qPCR.
Informação da amostra e detecção de vírus de SARS-CoV-2-like em amostras fecais do bastão individual. (a) Os números de amostra de espécies diferentes do bastão capturadas vivem na província de Yunnan desde maio de 2019 até novembro de 2020. (b) Os números de amostras recolhidas do tempo diferente apontam (coluna alaranjada - fezes; verde - cotonete oral; luz - roxo - urina). Os números de bastões individuais são mostrados com pontos pretos e relacionam-se à y-linha central. Os números associados estão nos números de amostra do formulário/número de bastões individuais. (c) Identificação de amostras positivas do vírus de SARS-CoV-2-like usando o qPCR.

Embora os bastões fossem os anfitriões mais provável destes coronaviruses, sua emergência nos seres humanos tem envolvido igualmente às vezes anfitriões “intermediários” tais como o almíscar de palma (no caso dos SARS-CoV) e camelos do dromedário (MERS-CoV).

Ao princípio de 2020, o vírus da novela SARS-CoV-2 foi identificado como o agente causal de uma manifestação da pneumonia em Wuhan, China, que transformou rapidamente em uma pandemia global.

Uma combinação de estudos arranjando em seqüência e de preparação de amostras retrospectivos do genoma identificou um número de coronaviruses de SARS-CoV-2-related em espécies dos animais selvagens.

Estes incluíram o vírus RaTG13 encontrado nos affinis de Rhinolophus golpeiam, que é o parente o mais perto conhecido de SARS-CoV-2 através do genoma viral no conjunto.

Ecológico modelando a distribuição geográfica de 49 espécies do bastão de Rhinolophid. (a) Modelos de 49 espécies do bastão de Rhinolophus que prevêem a diversidade em cinco regiões que cobrem o continente 3Sudeste Asiático, Filipinas, Java-Sumatra, Bornéu e Sulawesi-Molucanos. A cor do mapa representa a riqueza da espécie, com as até 23 espécies projetadas coexistir. (FB) Distribuição do lugar (b) dos affinis da espécie R. do anfitrião RaTG13, (c) o pusillus da espécie R. do anfitrião RpYN06, (d) o malayanus da espécie R. do anfitrião RmYN02, (e) o accuminatus da espécie R. do anfitrião RacCS203, e (f) o shameli da espécie R. do anfitrião STT182 e STT200. A região amarela representa a escala prevista de cada espécie.
Ecológico modelando a distribuição geográfica de 49 espécies do bastão de Rhinolophid. (a) Modelos de 49 espécies do bastão de Rhinolophus que prevêem a diversidade em cinco regiões que cobrem o continente 3Sudeste Asiático, Filipinas, Java-Sumatra, Bornéu e Sulawesi-Molucanos. A cor do mapa representa a riqueza da espécie, com as até 23 espécies projetadas coexistir. (FB) Distribuição do lugar (b) dos affinis da espécie R. do anfitrião RaTG13, (c) o pusillus da espécie R. do anfitrião RpYN06, (d) o malayanus da espécie R. do anfitrião RmYN02, (e) o accuminatus da espécie R. do anfitrião RacCS203, e (f) o shameli da espécie R. do anfitrião STT182 e STT200. A região amarela representa a escala prevista de cada espécie.

Os vírus de SARS-CoV-2-related foram identificados igualmente nos vários bastões de Rhinolophid, incluindo os bastões do shameli do R. provados os bastões no cornutus de Camboja, do R. provados os bastões no acuminatus de Japão, e de R. provados em Tailândia.

“Colectivamente, estes estudos indicam que os bastões através de uma chacina larga de Ásia abrigam os coronaviruses que são estreitamente relacionados a SARS-CoV-2 e que a diversidade filogenética e genomic destes vírus foi subestimada provavelmente” diz Shi e a equipe.

Que os pesquisadores fizeram?

Para investigar mais a diversidade, a ecologia, e a evolução de vírus do bastão, de Shi e de colegas conduziram um estudo do meta-transcriptomic de 411 amostras recolhidas de 23 espécies do bastão (em uma região pequena de ~1100 hectare) dentro da província de Yunnan China, entre maio de 2019 e novembro de 2020.

A equipe identificou os contigs do coronavirus (grupos de sobrepr seqüências do ADN) em 40 de 100 bibliotecas arranjando em seqüência, incluindo sete bibliotecas com contigs que poderiam ser traçados a SARS-CoV-2.

A equipe obteve genomas novos do coronavirus

Destes dados, os pesquisadores montaram 24 genomas novos completos do coronavirus, incluindo quatro genomas relativos a SARS-CoV-2 e a três relativos aos SARS-CoV.

Notàvel, um destes coronaviruses novos do bastão - RpYN06 - identidade exibida de 94,5% seqüências a SARS-CoV-2 através do genoma inteiro. Além disso, em alguns genes individuais (ORF1ab, ORF7a, ORF8, N, e ORF10), RpYN06 era o parente o mais próximo de SARS-CoV-2 identificado até agora.

Contudo, na escala genomic, a baixa identidade da seqüência no gene do ponto fez a RpYN06 o segundo parente o mais próximo de SARS-CoV-2, ao lado de RaTG13. A proteína do ponto é os usos principais da estrutura SARS-CoV-2 ligar a e contaminar pilhas de anfitrião.

Diferenças na seqüência total do gene do ponto

Os pesquisadores dizem que embora diversos vírus de SARS-CoV-2-like sejam identificados previamente na espécie diferente dos animais selvagens, nenhuns são altamente similares (>95%) na identidade total da seqüência do gene do ponto.

Certamente, quando outros três vírus de SARS-CoV-2-related identificados aqui eram quase idênticos em ordem, as seqüências da proteína do ponto formaram uma linhagem independente que fosse separada dos sarbecoviruses conhecidos por um ramo relativamente longo. Sarbecovirus é um subgénero viral ou os coronaviruses a que SARS-CoV-2 e os SARS-CoV pertençam.

“Colectivamente, estes resultados destacam o extremamente alto, e a diversidade provavelmente subestimada, genética das proteínas do ponto do sarbecovirus, que reflecte provavelmente sua flexibilidade adaptável,” escreve Shi e colegas.

Os pesquisadores dizem que os estudos têm mostrado previamente que o interruptor do anfitrião dos coronaviruses entre bastões é uma ocorrência freqüente.

“Que a espécie individual do bastão pode abrigar vírus múltiplos aumenta a dificuldade em resolver as origens de SARS-CoV-2 e outros coronaviruses patogénicos,” adicionam.

Que outro o estudo encontrou?

A modelagem ecológica previu a coexistência de até 23 espécies de espécies dos bastões de Rhinolophus através de muita de 3Sudeste Asiático e de China do sul, com os pontos quentes os maiores para a diversidade alta do bastão que estende do Lao sul e do Vietname em China do sul.

Os pesquisadores dizem que além do que Rhinolophids, esta região geográfica larga em Ásia é igualmente rica em muitas outras famílias do bastão e em outras espécies dos animais selvagens que foram mostradas para ser suscetíveis a SARS-CoV-2 in vitro.

“É, conseqüentemente, essencial que uns esforços mais adicionais da fiscalização devem cobrir uma escala mais larga de animais selvagens nesta região para ajudar a seguir difusões em curso de SARS-CoV-2, de SARS-CoV e de outros vírus patogénicos dos animais aos seres humanos,” eles conclui.

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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