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coronavirus Nuevo-descubierto 94,5% del palo idéntico a SARS-CoV-2

Los investigadores en China y Australia han denunciado el descubrimiento de los coronaviruses nuevos del palo que revelan más lejos la diversidad y la historia evolutiva compleja de estos virus.

A principios de 2020, el coronavirus nuevo 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática fue determinado como el agente causativo del brote de la enfermedad 2019 del coronavirus (COVID-19) que primero comenzó en Wuhan, China, a finales de diciembre de 2019.

Una combinación de los estudios de secuencia y de muestreo del genoma entonces determinó varios coronaviruses de SARS-CoV-2-related en las especies de la fauna que juntas apuntaron a la subestimación de la diversidad filogenética y genomic de coronaviruses.

Ahora, Weifeng Shi de la primera universidad médica de Shandong y academia de Shandong de ciencias médicas en Taian, China y colegas ha conducto un análisis de la meta-transcriptomic de las muestras cerco a partir de 23 especies del palo en la provincia de Yunnan en China durante 2019 y 2020.

“Nuestro estudio destaca la diversidad notable de los virus del palo en la escala local y ése los parientes de SARS-CoV-2 y de los SARS-CoV circula en especie de la fauna en una región geográfica amplia de Asia sudoriental y China meridional,” dice a las personas.

“Estos datos ayudarán a esfuerzos de la vigilancia de la guía de determinar los orígenes de SARS-CoV-2 y de otros coronaviruses patógenos.”

Una versión de la prueba preliminar del trabajo de investigación está disponible en el servidor del bioRxiv*, mientras que el artículo experimenta la revisión paritaria.

Los palos son ordenadores principal bien conocidos de coronaviruses

Los palos son ordenadores principal establecidos a una amplia gama de virus que se sepan para causar enfermedad severa en seres humanos, incluyendo el virus de Hendra, el virus de Ebola y, especialmente, coronaviruses.

Cuatro de los siete coronaviruses humanos sabidos tienen orígenes zoonóticos. Éstos incluyen el virus SARS-CoV responsable del brote 2002 a 2004 del SARS y del coronavirus respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV) responsable de brotes numerosos de enfermedad respiratoria severa a través del Oriente Medio desde 2012.

Información del muestreo y detección de los virus de SARS-CoV-2-like en muestras fecales del palo individual. (a) Los números de muestra de diversas especies del palo capturadas viven en la provincia de Yunnan de mayo de 2019 a noviembre de 2020. (b) Los números de muestras cerco a partir de diverso tiempo apuntan (olumna anaranjada - heces; verde - lampazo oral; purpúreo claro - orina). Los números de palos individuales se muestran con los puntos negros y se relacionan con y-AXIS. Los números asociados están en los números de muestra de la forma/número de palos individuales. (c) Identificación de las muestras positivas del virus de SARS-CoV-2-like usando qPCR.
Información del muestreo y detección de los virus de SARS-CoV-2-like en muestras fecales del palo individual. (a) Los números de muestra de diversas especies del palo capturadas viven en la provincia de Yunnan de mayo de 2019 a noviembre de 2020. (b) Los números de muestras cerco a partir de diverso tiempo apuntan (olumna anaranjada - heces; verde - lampazo oral; purpúreo claro - orina). Los números de palos individuales se muestran con los puntos negros y se relacionan con y-AXIS. Los números asociados están en los números de muestra de la forma/número de palos individuales. (c) Identificación de las muestras positivas del virus de SARS-CoV-2-like usando qPCR.

Aunque los palos sean los ordenadores principal más probable de estos coronaviruses, su aparición en seres humanos también ha implicado a veces a los ordenadores principal “intermedios” tales como la civeta de palma (en el caso de los SARS-CoV) y camellos del dromedario (MERS-CoV).

A principios de 2020, el virus de la novela SARS-CoV-2 fue determinado como el agente causativo de un brote de la pulmonía en Wuhan, China, que giró rápidamente en un pandémico global.

Una combinación de los estudios de secuencia y de muestreo retrospectivos del genoma determinó varios coronaviruses de SARS-CoV-2-related en especies de la fauna.

Éstos incluyeron el virus RaTG13 encontrado en los affinis de Rhinolophus golpean, que es el pariente lo más cerca posible conocido de SARS-CoV-2 a través del genoma viral en conjunto.

Ecológico modelando la distribución geográfica de 49 especies del palo de Rhinolophid. (a) Modelos de 49 especies del palo de Rhinolophus que predicen diversidad en cinco regiones que revisten el continente Asia sudoriental, Filipinas, Java-Sumatra, Borneo y Sulawesi-Moluqueños. El color del mapa representa riqueza de la especie, con hasta 23 especies proyectadas para coexistir. (FB) Distribución de la situación (b) de los affinis de la especie R. del ordenador principal RaTG13, (c) el pusillus de la especie R. del ordenador principal RpYN06, (d) el malayanus de la especie R. del ordenador principal RmYN02, (e) el accuminatus de la especie R. del ordenador principal RacCS203, y (f) el shameli de la especie R. del ordenador principal STT182 y STT200. La región amarilla representa el alcance previsto de cada especie.
Ecológico modelando la distribución geográfica de 49 especies del palo de Rhinolophid. (a) Modelos de 49 especies del palo de Rhinolophus que predicen diversidad en cinco regiones que revisten el continente Asia sudoriental, Filipinas, Java-Sumatra, Borneo y Sulawesi-Moluqueños. El color del mapa representa riqueza de la especie, con hasta 23 especies proyectadas para coexistir. (FB) Distribución de la situación (b) de los affinis de la especie R. del ordenador principal RaTG13, (c) el pusillus de la especie R. del ordenador principal RpYN06, (d) el malayanus de la especie R. del ordenador principal RmYN02, (e) el accuminatus de la especie R. del ordenador principal RacCS203, y (f) el shameli de la especie R. del ordenador principal STT182 y STT200. La región amarilla representa el alcance previsto de cada especie.

Los virus de SARS-CoV-2-related también se han determinado en los otros palos de Rhinolophid, incluyendo los palos del shameli del R. muestreados en los palos del cornutus de Camboya, del R. muestreados en los palos del acuminatus de Japón, y del R. muestreados en Tailandia.

“Colectivamente, estos estudios indican que los palos a través de una franja amplia de Asia abrigan los coronaviruses que están estrechamente vinculados a SARS-CoV-2 y que la diversidad filogenética y genomic de estos virus se ha subestimado probablemente” diga Shi y a las personas.

¿Qué los investigadores hicieron?

Para investigar más lejos la diversidad, la ecología, y la evolución de los virus del palo, de Shi y de colegas conducto un estudio de la meta-transcriptomic de 411 muestras cerco a partir de 23 especies del palo en una pequeña región (de ~1100 hectáreas) dentro de la provincia de Yunnan China, entre mayo de 2019 y noviembre de 2020.

Las personas determinaron los contigs del coronavirus (equipos de recubrir series de la DNA) en 40 de 100 bibliotecas de secuencia, incluyendo siete bibliotecas con los contigs que se podrían correlacionar a SARS-CoV-2.

Las personas obtuvieron los genomas nuevos del coronavirus

De estos datos, los investigadores montaron 24 genomas nuevos integrales del coronavirus, incluyendo cuatro genomas relacionados con SARS-CoV-2 y tres relacionados con los SARS-CoV.

Notablemente, uno de estos coronaviruses nuevos del palo - RpYN06 - identidad exhibida de 94,5% series a SARS-CoV-2 a través del genoma entero. Además, en algunos genes individuales (ORF1ab, ORF7a, ORF8, N, y ORF10), RpYN06 era el pariente más cercano de SARS-CoV-2 determinado hasta la fecha.

Sin embargo, en la escala genomic, la identidad inferior de la serie en el gen del pico hizo RpYN06 al segundo pariente más cercano de SARS-CoV-2, al lado de RaTG13. La proteína del pico es las aplicaciones principales de la estructura SARS-CoV-2 de atar a y de infectar las células huesped.

Diferencias en la serie total del gen del pico

Los investigadores dicen que aunque varios virus de SARS-CoV-2-like se hayan determinado previamente en diversa especie de la fauna, ningunos son altamente similares (el >95%) en la identidad total de la serie del gen del pico.

De hecho, mientras que los otros tres virus de SARS-CoV-2-related determinados aquí eran casi idénticos en orden, las series de la proteína del pico formaron un linaje independiente que fue separado de sarbecoviruses sabidos por un brazo relativamente largo. Sarbecovirus es un subgénero viral o los coronaviruses a los cuales SARS-CoV-2 y los SARS-CoV pertenecen.

“Colectivamente, estos resultados destacan el extremadamente alto, y la diversidad probablemente subestimada, genética de las proteínas del pico del sarbecovirus, que refleja probablemente su adaptabilidad adaptante,” escribe Shi y a colegas.

Los investigadores dicen que los estudios han mostrado previamente que la transferencia del ordenador principal de coronaviruses entre palos es un acontecimiento frecuente.

“Que la especie individual del palo puede abrigar virus múltiples aumenta la dificultad en la resolución de los orígenes de SARS-CoV-2 y otros coronaviruses patógenos,” agregan.

¿Qué más el estudio encontró?

El modelado ecológico predijo la coexistencia de hasta 23 especies de especies de los palos de Rhinolophus a través de mucha de Asia sudoriental y de China meridional, con los apuroses más grandes para la alta diversidad del palo que extendía de Lao y de Vietnam del sur en China meridional.

Los investigadores dicen que además de Rhinolophids, esta región geográfica amplia en Asia es también rica en muchas otras familias del palo y otras especies de la fauna que se han mostrado para ser susceptibles a SARS-CoV-2 in vitro.

“Es, por lo tanto, esencial que esfuerzos más futuros de la vigilancia deben revestir una gama más amplia de animales salvajes en esta región para ayudar a rastrear despilfarros en curso de SARS-CoV-2, de los SARS-CoV y de otros virus patógenos de animales a los seres humanos,” ellos concluye.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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