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La lignée SARS-CoV-2 colombienne neuve partage des mutations anticorps-résistantes avec d'autres variantes

Les scientifiques en Colombie ont recensé une lignée SARS-CoV-2 hautement divergente neuve avec les remplacements L249S et E484K de pointe. Ces mêmes mutations sont convergently apparues dans d'autres tensions de mutant du virus, spécialement dans les variantes de la préoccupation.

Une version de prétirage du rapport de recherche est procurable pour s'afficher entièrement sur le serveur de medRxiv*.

L'écart et la nature rapides d'ARN du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère lui ont permis de provoquer des tensions de mutant. Bien que seulement quelques variantes actuelles soient concernées la véritable affaire au-dessus du virus de base, jusqu'ici, plus de 800 lignées ont été décrits, bon nombre d'entre elles évoluant les mêmes mutations indépendamment de l'un l'autre.

Katherine Laiton-Donato et collègues en Colombie ont maintenant ordonnancé une variante hautement divergente neuve, avec des mutations comprenant les remplacements L249S et E484K de pointe.

Ces deux remplacements vraisemblablement sont associés à l'évasion immunisée. On pense que particulièrement la présence d'E484K est responsable de résister à des anticorps de plasma convalescent. Ces deux mutations sont associées aux lignées B.1.1.28 et B.1.351 (les variantes brésiliennes et sud-africaines, respectivement), deux variantes de préoccupation.

Arbre phylogénétique de la lignée neuve de SARS-CoV-2 apparaissant de la lignée B.1.111. L
Arbre phylogénétique de la lignée neuve de SARS-CoV-2 apparaissant de la lignée B.1.111. L'arbre a été reconstruit par maximum de vraisemblance avec le modèle prévu de remplacement de nucléotide de GTR+F+I pour l'ensemble de données de 304 génomes intégraux, préposé du service des lignées apparaissantes récent de mandant. L'arbre interactif peut être consulté dans la tige suivante : https://microreact.org/project/nFBT2K1JdjcMuEPH7u32Ar/6d9eb0c0. Les étoiles rouges représentent les séquences appartenant à la lignée neuve.

L'équipe avait l'habitude l'algorithme de Pangolin - une base de données des génomes SARS-CoV-2 enregistrés - pour déterminer une origine pour la séquence colombienne neuve. L'algorithme a affecté la lignée comme appartenant à la lignée B.1.111, d'abord recensée aux Etats-Unis début mars 2020. Cette variante diffuse actuel en Colombie, aux Etats-Unis, Aruba, et en Belgique. Un arbre phylogénétique de maximum de vraisemblance a été également employé pour estimer la lignée parentale. Les résultats de ceci ont également supporté le parentage B.1.111. D'autres mutations dans la séquence sont également compatibles avec cette hypothèse.

En dépit de cet accord, il restent beaucoup de mutations distinctes actuelles dans la tension neuf recensée qui sont divergentes de B.1.111. Les auteurs posent en principe qu'une plus grande taille de l'échantillon peut bien continuer à supporter le parentage B.1.111. Cependant, une explication alternative est que ces mutations ont pu avoir convergently résulté de fort, actuellement inconnu, pressions écologiques.

Les remplacements de L249S et d'E484K sont apparus convergently dans presque 70 tensions recensées, et ce n'est pas complètement prévisible considérant ces derniers sont les deux vraisemblablement associé à la résistance fournie d'anticorps.

L'émergence rapide des souches virales anticorps-résistantes convergentes contestera le programme global en cours de vaccination, comme les mutations telles que L249S et E484K peuvent pouvoir surgir dans n'importe quelle population locale dans n'importe quel pays sporadiquement.

Les auteurs concluent, « dans le cadre de l'écart de pandémie du virus, une énorme population de virus que la taille est prévue, car c'est également l'émergence des variantes de virus qui pourraient également rendre l'émergence possible des mutants anticorps-résistants dans le cadre de l'infection naturelle dans des gens d'immunocompétent. Il est nécessaire d'évaluer le choc de ce mouvement propre génétique dans l'efficacité de neutralisation des sérums convalescents/plasma d'immunité acquise. »

Journal reference:
Michael Burgess

Written by

Michael Burgess

Michael graduated with a first-class degree in Zoology from the University of Hull, and later received a Masters degree in Palaeobiology from the University of Bristol.

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