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Il nuovo stirpe di colombiano SARS-CoV-2 divide le mutazioni anticorpo-resistenti con altre varianti

Gli scienziati in Colombia hanno identificato un nuovo stirpe altamente divergente SARS-CoV-2 con le sostituzioni L249S e E484K della punta. Queste stesse mutazioni convergently sono comparso in altri sforzi mutanti del virus, specialmente nelle varianti di preoccupazione.

Una versione della pubblicazione preliminare della pubblicazione è a disposizione per leggere completamente sul " server " del medRxiv*.

La rapida si è sparsa e la natura del RNA del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo ha permesso che provocasse gli sforzi mutanti. Sebbene soltanto alcune varianti correnti siano di preoccupazione reale sopra il virus basso, finora, oltre 800 stirpi sono stati descritti, molti di loro che evolvono le stesse mutazioni indipendentemente da a vicenda.

Katherine Laiton-Donato e colleghi in Colombia ora ha ordinato una nuova variante altamente divergente, con le mutazioni compreso le sostituzioni L249S e E484K della punta.

Queste due sostituzioni probabilmente sono associate con la fuga immune. La presenza di E484K è creduta particolarmente per essere responsabile della resistenza degli anticorpi dal plasma sanguigno convalescente. Queste due mutazioni sono associate con B.1.1.28 e B.1.351 gli stirpi (le varianti brasiliane e sudafricane, rispettivamente), due varianti di preoccupazione.

Albero filogenetico di nuovo stirpe di SARS-CoV-2 che emerge dallo stirpe B.1.111. L
Albero filogenetico di nuovo stirpe di SARS-CoV-2 che emerge dallo stirpe B.1.111. L'albero è stato ricostruito da probabilità massima con il modello stimato della sostituzione del nucleotide di GTR+F+I per il gruppo di dati di 304 genoma integrali, rappresentante degli stirpi recentemente emergenti del principale. L'albero interattivo può essere raggiunto nel seguente collegamento: https://microreact.org/project/nFBT2K1JdjcMuEPH7u32Ar/6d9eb0c0. Le stelle rosse rappresentano le sequenze che appartengono al nuovo stirpe.

Il gruppo ha usato l'algoritmo del pangolino - un database dei genoma registrati SARS-CoV-2 - per determinare un'origine per la nuova sequenza colombiana. L'algoritmo ha definito lo stirpe come appartenendo allo stirpe B.1.111, in primo luogo identificato in U.S.A. all'inizio del marzo 2020. Questa variante corrente sta circolando in Colombia, U.S.A., Aruba e nel Belgio. Un albero filogenetico di probabilità massima egualmente è stato usato per stimare lo stirpe parentale. I risultati di questo egualmente hanno supportato la discendenza B.1.111. Altre mutazioni all'interno della sequenza sono egualmente coerenti con questa ipotesi.

Malgrado questo consenso, ci sono ancora molte mutazioni distinte presenti nello sforzo recentemente identificato che sono divergenti da B.1.111. Gli autori presuppongono che una più grande dimensione del campione può continuare bene a supportare la discendenza B.1.111. Tuttavia, una spiegazione alternativa è che queste mutazioni possono convergently risultare da intenso, attualmente sconosciuto, pressioni ecologiche.

Le sostituzioni di E484K e di L249S sono comparso convergently in quasi 70 sforzi identificati e questa non è interamente non sorprendente considerando questi è entrambe l'probabilmente associato con la resistenza fornita dell'anticorpo.

L'emergenza rapida degli sforzi virali anticorpo-resistenti convergenti sfiderà il programma di vaccinazione globale corrente, come le mutazioni quali L249S e E484K possono potere sorgere sporadicamente in tutta la popolazione locale presso qualunque paese.

Gli autori concludono, “nel contesto della diffusione di pandemia del virus, una popolazione che enorme del virus la dimensione è preveduta, poichè è egualmente l'emergenza delle varianti del virus che potrebbero anche rendere possibile l'emergenza dei mutanti anticorpo-resistenti nel contesto dell'infezione naturale in gente immunocompetent. È necessario da valutare l'impatto di questo sfondo genetico nell'efficacia di neutralizzazione dei sieri convalescenti/plasma da immunità acquistata.„

Journal reference:
Michael Burgess

Written by

Michael Burgess

Michael graduated with a first-class degree in Zoology from the University of Hull, and later received a Masters degree in Palaeobiology from the University of Bristol.

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