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I ricercatori mettono a punto i metodi di delineamento innovatori per l'infezione SARS-CoV-2

Un gruppo dei ricercatori dalle varie istituzioni in U.S.A. ha usato l'RNA-ordinamento i dati e degli altri metodi per profilare i geni unici ed altre caratteristiche connessi con il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo in New York (NYC).

I loro risultati potrebbero aiutare con la conservazione della registrazione dei dati genomica che potrebbero aiutare nella gestione delle pandemie future. I ricercatori egualmente trovano un vantaggio di usando gli ACE-inibitore o gli stampi del ricevitore dell'angiotensina per impedire l'infezione severa.

Lo studio recentemente è stato pubblicato nelle comunicazioni della natura del giornale.

Metodi

Il gruppo ha progettato un'analisi colorimetrica minuta 30 per valutare il caricamento virale dei tamponi nasali. Hanno convalidato l'analisi facendo uso due del sintetico RNAs con le sequenze abbinate ad un trovate dai pazienti COVID-19 a Wuhan, in Cina e Melbourne, Australia.

L'analisi è stata usata su 201 campione dai pazienti di NYC sospettati dell'infezione COVID-19 all'inizio di marzo. C'erano complessivamente 69 campioni rinofaringei positivi del tampone e 132 campioni che hanno verificato la quantità negativa. I risultati hanno mostrato una sensibilità globale aumentata di 95,6% e una specificità di 99,2%. C'era egualmente il più alta sensibilità della LAMPADA agli più alti caricamenti virali.

I ricercatori egualmente hanno sviluppato una piattaforma su grande scala di metatranscriptomics del fucile da caccia facendo uso di RNA totale che ordina per valutare i vari profili del RNA connessi con i campioni COVID-19. Hanno ordinato 857 librerie d'ordinamento da 723 campioni nasali del tampone da 669 pazienti che hanno presentato all'ospedale con i sintomi del tipo di influenza.

I campioni nasali positivi per SARS-CoV-2 hanno mostrato le quantità enormi di batterico e di RNA SARS-CoV-2 ma di quantità secondarie di funghi, di archaea, o di altro RNAs virale. I campioni positivi hanno avuti un'abbondanza di allineamenti del genoma SARS-CoV-2 confrontati ai campioni che hanno verificato la quantità negativa.

Il sistema egualmente ha avuto un a tariffa ridotta dei falsi negativi, con soltanto 7 o 1,3% dei campioni negativi che hanno 0,01% di legge la corrispondenza al RNA SARS-CoV-2.

I risultati hanno evidenziato le differenze del campione per i virus non-SARS-CoV-2 ed i batteri

I ricercatori hanno trovato più virus respiratori non-SARS-CoV-2 nei campioni negativi contro i campioni positivi. I pazienti con SARS-CoV-2 hanno mostrato gli importi più bassi delle specie batteriche, compreso i xylosoxidans del A., il E. fecali e batterio del L.

Circa 23% dei casi virali sia in campioni positivi che negativi provenivano da influenza A. Altri hanno incluso il rhinovirus A a 16% e il metapneumovirus umano a 12%.

I ricercatori potevano egualmente analizzare la tariffa dell'co-infezione fra i pazienti con COVID-19. Hanno trovato che circa 3,2% dei pazienti hanno avuti sequenze che hanno appartenuto ad altri virus respiratori quali i coronaviruses umani 229E, NL63 e HKU1, l'influenza A e il metapneumovirus umano di mastadenovirus - suggerire un'incidenza bassa del coinfection.

Più ulteriormente provando ha trovato che i campioni di NYC sono stati arricchiti con un clade del clade 20C. “Studiando la distribuzione geografica e temporale dei campioni non-NYC in 20C, abbiamo trovato una distribuzione globale con un'origine probabile in Europa occidentale,„ abbiamo scritto i ricercatori.

Notano i casi primissimi COVID-19 con clade 20c sono stati trovati in Francia, ma più di 70% dei casi correnti di clade20 SARS-CoV-2 da marzo al maggio 2020 erano in NYC.

Cambiamenti nell'espressione genica causata da SARS-CoV-2

Metatranscriptomics del fucile da caccia anche contribuito per scoprire una piccola selezione di informazioni genomiche che supportano la creazione delle varianti eterogenee.

Le informazioni genomiche dal transcriptome ospite hanno indicato che SARS-CoV-2 ha avuto circa 757 geni differenziale espressi significativi relativi all'infezione. Di questi, 350 geni upregulated e 407 geni downregulated. Complessivamente 8.851 gene è stato considerato unico. Le quantità elevate dei geni differenziale espressi nel transcriptome ospite SARS-CoV-2 sono state associate con avere un più alto titolo virale.

Fra i geni erano alcuni che promuovessero l'attività e gli aumenti antivirali nell'espressione ACE2. Le diminuzioni nell'espressione genica sono state osservate per il TMPRSS-11B che modula la crescita delle cellule del polmone ed i geni olfattivi di via del ricevitore, potenzialmente spiegando la perdita di odore connessa con l'infezione COVID-19.

Uso del farmaco in risposta all'espressione aumentata ACE2

I ricercatori hanno valutato 50.821 cartella sanitaria dei pazienti sospettati di COVID-19 e dei loro risultati dopo essere stato dato uno stampo del ricevitore dell'angiotensina o dell'ACE-inibitore. Il gruppo propone che questi tipi di farmaci potrebbero aiutare con l'espressione genica aumentata ACE2 causata dal virus. Hanno trovato che i pazienti dati qualsiasi inibitore hanno fatto diminuire il rischio di intubazione e di morte.

I dati transcriptomic spaziali da quattro autopsie della gente che è morto da COVID-19 hanno mostrato la distribuzione dei geni attraverso i tessuti. Hanno trovato i luoghi unici di espressione ACE2, la presenza di SARS-CoV-2 ed i livelli elevati del neutrofilo e del macrofago nei polmoni.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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