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L'étude indique comment SARS-CoV-2 s'est étendu à Wuhan avant le lockdown

Utilisant les outils moléculaires de datation et les simulations épidémiologiques, les chercheurs à l'École de Médecine de San Diego d'Université de Californie, avec des collègues chez l'Université d'Arizona et Illumina, Inc., estiment que le virus SARS-CoV-2 était diffusion susceptible non détectée pour tout au plus pendant deux mois avant que les premiers cas humains de COVID-19 ont été décrits à Wuhan, Chine dedans tard décembre 2019.

Écrivant dans la question en ligne du 18 mars 2021 de la Science, ils notent également que leurs simulations proposent que le virus de mutation s'éteigne naturellement plus de trois quarts du temps sans entraîner une épidémie.

Notre étude a été conçue pour répondre à la question de combien de temps pourrait SARS-CoV-2 avoir diffusé en Chine avant qu'on l'ait découvert. »

Joel O. Wertheim, PhD, auteur supérieur et professeur agrégé d'étude, Division des maladies infectieuses et santé publique globale, École de Médecine, Université de Californie San Diego

« Pour répondre à cette question, nous avons combiné trois informations importantes : une compréhension détaillée de la façon dont SARS-CoV-2 s'est étendu à Wuhan avant le lockdown, la diversité génétique du virus en Chine et des états des cas les plus tôt de COVID-19 en Chine. En combinant ces lignes disparates de la preuve, nous pouvions mettre une limite supérieure de mi-octobre 2019 pour quand SARS-CoV-2 a commencé à diffuser dans la province de Hubei. »

Les cas de COVID-19 étaient d'abord dedans tardifs rapporté décembre 2019 à Wuhan, situé dans la province de Hubei de la Chine centrale. Le virus a rapidement écarté au delà de Hubei. Les autorités chinoises ont établi un cordon autour la région et ont mis en application des mesures d'atténuation au niveau national. Avant avril 2020, la boîte de vitesses locale du virus était sous le contrôle mais, d'ici là, COVID-19 était universel avec plus de 100 pays enregistrant des cas.

SARS-CoV-2 est un coronavirus zoonotique, censé pour avoir sauté d'un hôte animal inconnu aux êtres humains. Des efforts nombreux ont été effectués pour recenser quand le virus a commencé la première fois à écarter parmi des êtres humains, basé sur des investigations sur les caisses tôt-diagnostiquées de COVID-19. Le premier boîtier des cas -- et les génomes SARS-CoV-2 ordonnancés les plus tôt -- ont été associés au marché de vente en gros de fruits de mer de Huanan, mais les auteurs d'étude disent que le boîtier du marché est pour avoir marqué peu probable le début de la pandémie parce que les cas COVID-19 documentés les plus tôt n'ont eu aucun lien au marché.

Les états régionaux de journal proposent les diagnostics COVID-19 dans Hubei remontent au moins au le 17 novembre 2019, proposant que le virus déjà ait activement diffusé quand les autorités chinoises ont décrété des mesures de santé publique.

Dans l'étude neuve, les chercheurs avaient l'habitude des analyses évolutionnaires d'horloge moléculaire pour juger pour autoguider dedans sur quand la première, ou l'index, cas de SARS-CoV-2 s'est produite. « L'horloge moléculaire » est une condition pour une technique qui emploie le taux de mutation de gènes pour déduire quand deux formes de durée ou plus ont divergé -- dans ce cas, quand l'ancêtre courant de toutes les variantes de SARS-CoV-2 a existé, prévu dans cette étude au dès mi-novembre 2019.

La datation moléculaire de l'ancêtre courant le plus récent est souvent prise pour être synonyme de cas d'index d'une maladie apparaissante. Cependant, a dit le co-auteur Michael Worobey, PhD, professeur de l'écologie et de la biologie évolutionnaire à l'Université d'Arizona : « Le cas d'index peut peut-être antidater l'ancêtre courant -- le premier cas réel de cette manifestation peut avoir des jours produits, des semaines ou même beaucoup de mois avant l'ancêtre courant prévu. La détermination de la longueur de ce « détonateur phylogénétique » était au coeur de notre enquête. »

Basé sur ce travail, les chercheurs estiment que le nombre moyen de personnes infectées avec SARS-CoV-2 en Chine était moins d'un jusqu'au 4 novembre 2019. Treize jours plus tard, elle était quatre personnes, et juste neuf le 1er décembre 2019. Les premières hospitalisations à Wuhan dans une condition plus tard recensée comme COVID-19 se sont produites mi-décembre.

Les auteurs d'étude ont utilisé un grand choix d'outils d'analyse pour modéliser comment le virus SARS-CoV-2 a pu s'être comporté pendant la manifestation et les débuts initiaux de la pandémie quand c'était en grande partie une entité inconnue et l'étendue du danger pour la santé public pas encore entièrement réalisé.

Ces outils ont compris des simulations épidémiques basées sur la biologie connue du virus, telle que son transmissibility et d'autres facteurs. Dans juste 29,7 pour cent de ces simulations était le virus capable produire des épidémies indépendantes. Dans les 70,3 autres pour cent, le virus infecté relativement peu de personnes avant de s'éteindre. L'épidémie défaillie moyenne a fini juste pendant huit jours après le cas d'index.

« Type, les scientifiques emploient la diversité génétique virale pour obtenir le calage de quand un virus a commencé à écarter, » ont dit Wertheim. « Notre étude a ajouté une couche essentielle sur cette approche en modélisant combien de temps le virus pourrait avoir diffusé avant de provoquer la diversité génétique observée.

« Notre approche a donné quelques résultats étonnants. Nous avons vu que plus de deux-tiers des épidémies que nous avons essayé de simuler est allé éteint. Cela signifie que si nous pourrions retourner à temps et répéter 2019 cents fois, deux sur trois fois, COVID-19 aurait pétillé à l'extérieur seule sans enflammer une pandémie. Ceci qui trouve supporte la notion que des êtres humains continuellement sont bombardés avec les agents pathogènes zoonotiques. »

Wertheim a noté que même pendant que SARS-CoV-2 diffusait en Chine en automne de 2019, le modèle des chercheurs propose qu'il ait fait ainsi aux concentrations faibles jusqu'au moins à décembre de cette année.

« Donné cela, il est difficile de réconcilier ces concentrations faibles de virus en Chine avec des réclamations des infections en Europe et les États-Unis en même temps, » Wertheim a dit. « Je suis tout à fait sceptique des réclamations de COVID-19 en dehors de la Chine à ce moment-là. »

La tension originelle de SARS-CoV-2 est devenue épidémique, les auteurs écrivent, parce qu'elle a été largement dispersée, qui favorise la persistance, et parce qu'elle a prospéré dans les zones urbaines où la boîte de vitesses était plus facile. Dans des épidémies simulées faisant participer les communautés rurales moins denses, les épidémies ont disparu des 94,5 à 99,6 pour cent éteints du temps.

Le virus a depuis subi une mutation des périodes multiples, avec un certain nombre de variantes devenant plus transmissibles.

« Le contrôle universel n'a pas été préparé pour un virus comme SARS-CoV-2, » Wertheim a dit. « Nous recherchions le prochain radar à ouverture synthétique ou MERS, quelque chose qui a tué des gens à un haut débit, mais rétrospectivement, nous voyons comment un virus hautement transmissible avec un taux de mortalité modeste peut également étendre le bas du monde. »

Source:
Journal reference:

Pekar, J., et al. (2021) Timing the SARS-CoV-2 index case in Hubei province. Science. doi.org/10.1126/science.abf8003.