Avertissement : Cette page est une traduction automatique de cette page à l'origine en anglais. Veuillez noter puisque les traductions sont générées par des machines, pas tous les traduction sera parfaite. Ce site Web et ses pages Web sont destinés à être lus en anglais. Toute traduction de ce site et de ses pages Web peut être imprécis et inexacte, en tout ou en partie. Cette traduction est fournie dans une pratique.

Le jeu de Glycans une fonction clé dans COVID-19 l'infection, expositions étudient

Un organisme de recherche au centre de RIKEN pour la Science de calcul (R-CCS) a trouvé ce molécule-jeu de glycans-sucre qu'un rôle majeur dans les modifications de structure qui ont lieu quand le virus qui entraîne COVID-19 envahit des cellules humaines.

Leur découverte, qui a été basée sur des simulations basées sur superordinateur, pourrait contribuer au modèle moléculaire des médicaments pour la prévention et la demande de règlement de COVID-19. La recherche était publiée dans le tourillon biophysique.

Quand le coronavirus de SARS-CoV-2-the qui entraîne à COVID-19-invades une cellule humaine, une protéine de pointe sur sa surface grippe à une enzyme ACE2 appelé sur la surface de la cellule. La protéine de pointe se compose de trois réseaux de polypeptide, et du glycans-sucre molécule-sont fixés à la surface de la protéine. Bien que ces glycans soient censés pour être employés pour permettre aux protéines de s'identifier, on le pense également que les virus les emploient pour éluder la crise par des anticorps.

Les analyses de la structure ont prouvé que les protéines de pointe de SARS-CoV-2 ont des structures vers le bas et de -forme. Ces analyses ont avancé notre compréhension de la structure en trois dimensions des protéines de pointe, mais la structure moléculaire détaillée des glycans hautement de fluctuation n'est toujours pas comprise, et en fait le rôle des glycans en cours d'invasion de cellules demeure peu clair.

Pour obtenir une meilleure compréhension de leur rôle, l'équipe de recherche aboutie par Yuji Sugita de R-CCS a conduit des simulations de dynamique moléculaire pour les structures de bas et de -forme des protéines, utilisant deux superordinateurs-Fugaku au R-CCS et aux Oakforest-PACS à l'université de Tokyo. Utilisant ces machines puissantes, ils ont exécuté des simulations de dynamique moléculaire des protéines de pointe à un calendrier de 1 micro-seconde (un-millionième d'une seconde).

Des calculs, ils pouvaient recenser le détail les acides aminés glycan-fixés dans la protéine de pointe qui jouent un rôle majeur en stabilisant la structure du domaine obligatoire de récepteur.

Leurs résultats ont proposé que la modification conformationnelle à la structure de -forme soit pilotée par répulsion électrostatique entre les domaines, et que des glycans qui stabilisent la structure de Vers le bas-forme sont délogés et remplacés par d'autres glycans après que les domaines soient déplacés. L'étude a ainsi fourni des analyses neuves dans la façon dont les glycans aident à stabiliser la structure dynamique des protéines.

Nous devons développer un meilleur préventif et une thérapeutique pour porter la pandémie à une extrémité. Il serait très utile de pouvoir concevoir des médicaments prenant en considération les modifications de structure des protéines de pointe, en stabilisant la Vers le bas-forme ou en empêchant la modification à la -forme, par exemple. »

Yuji Sugita, centre de RIKEN pour la Science de calcul

Les « projets de recherche aiment ceci, » il ajoute, « nous montrent comment le rétablissement neuf des superordinateurs puissants nous permettra de gagner des analyses neuves dans beaucoup de phénomènes en exécutant des simulations à un niveau de précision qui aurait étés impossible précédemment. »

Source:
Journal reference:

Mori, T., et al. (2021) Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein. Biophysical Journal. doi.org/10.1016/j.bpj.2021.01.012.