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Los investigadores examinan el interactome del ARN SARS-CoV-2

La extensión rápida del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática a través del mundo ha causado a enfermedad del coronavirus 2019 pandémicos (COVID-19). SARS-CoV-2, perteneciendo a los coronaviridae de la familia, ha demandado durante 2,7 millones de vidas global. Los científicos creen que la vacunación es una de las primeras aproximaciones que pueden contener el pandémico en curso. Sin embargo, se refieren los científicos que las nuevas variantes SARS-CoV-2, con las proteínas transformadas del pico, pueden escape natural o inmunidad de neutralización vacuna-inducida.

Un estudio conducto en el Brasil reveló la disminución de anticuerpos contra SARS-CoV-2 8 meses de poste-infección. Este parte aumentó la necesidad de una mejor comprensión del mecanismo de la réplica de SARS-CoV-2 para idear estrategias terapéuticas nuevas.

SARS-CoV-2 es un único virus positivo-trenzado del ARN. Su largo genomic es el kb aproximadamente 30. El ARN viral es traducido al citoplasma de células infectadas por la maquinaria del ordenador principal. Como otros virus, SARS-CoV-2 es también relacionado en las proteínas celulares terminar su ciclo vital infeccioso, que ofrece los medios potenciales de formular estrategias para tratar COVID-19.

La investigación extensa ha conducto para entender las acciones recíprocas moleculares que ocurren entre el virus y la célula huesped durante la infección. Varias técnicas sofisticadas se utilizan en estos estudios. Por ejemplo, para la identificación de las acciones recíprocas de la proteína-proteína del virus-ordenador principal SARS-CoV-2 (PPI), la purificación de la afinidad combinada con espectrometría de masa se utiliza. Las pantallas fenotípicas CRISPR-Cas9 han demostrado ser inestimables para una mejor comprensión del papel de los genes del ordenador principal y de los caminos celulares en el ciclo vital de SARS-CoV-2. Estos estudios han llevado a la identificación de los objetivos celulares potenciales múltiples para la droga repurposing, por ejemplo PI3K complejo y el sigma-1 y -2 receptores.

Ahora, un nuevo estudio se ha publicado en el bioRxiv* que los focos en la identificación de la proteína ARN-obligatoria por la aproximación de la espectrometría de masa (ChIRP-M/S). Este estudio desarrolla un mapa global que contenga el equipo completo de las proteínas del ordenador principal que implican el genoma SARS-CoV-2 durante la infección. Este estudio ha determinado con éxito nuevos factores de la dependencia del ordenador principal SARS-CoV-2 combinando datos del proteomics con el gen que imponía silencio a experimentos. Tal descubrimiento ha pavimentado los nuevos caminos para desarrollar terapias más antivirus.

El análisis biológico del interactome del ARN SARS-CoV-2 (a) VA análisis del enriquecimiento de las proteínas del interactome del ARN SARS-CoV-2. Los círculos representan la función enriquecida para un término anotado de la ontología y la talla del círculo corresponde al número de proteínas enriquecidas dentro de ese término. (b) Heatmap de categoría alta VA los procesos biológicos enriquecidos a través de todas las redes seleccionadas (c) del proceso biológico de los interactomes del ARN SARS-CoV-2 de las proteínas del interactome SARS-CoV-2.
El análisis biológico del interactome del ARN SARS-CoV-2 (a) VA análisis del enriquecimiento de las proteínas del interactome del ARN SARS-CoV-2. Los círculos representan la función enriquecida para un término anotado de la ontología y la talla del círculo corresponde al número de proteínas enriquecidas dentro de ese término. (b) Heatmap de categoría alta VA los procesos biológicos enriquecidos a través de todas las redes seleccionadas (c) del proceso biológico de los interactomes del ARN SARS-CoV-2 de las proteínas del interactome SARS-CoV-2.

Mientras que caracterizaba los factores del ordenador principal se asoció al genoma SARS-CoV-2, durante la infección, los científicos encontró que la proteína de SARS-CoV-2 N es la proteína ARN-obligatoria más potente (RBP) del virus. Otras proteínas tales como proteínas estructurales de M y de S, polyprotein pp1ab del replicase, y el ORF9b (proteína accesoria) también se asocian a la réplica del virus. El análisis de ChIRP-M/S reveló que entre las 16 proteínas no-estructurales (NSPs) liberadas de pp1ab, 9 participan en la réplica del coronavirus. NSP2-NSP16 tiene funciones importantes en la réplica del ARN. Los estudios anteriores han denunciado que NSP1 obra recíprocamente con la subunidad ribosomal de los años 40 para impedir la traslación celular. Esta proteína ata con el 5' viral la región sin traducir (UTR) para estimular la traslación del vRNA. La investigación actual muestra que la técnica de ChIRP-M/S se puede utilizar eficazmente para determinar los complejos endógenos virales (RNP) de la ribonucleoproteína que se asocian a los diversos escenarios (réplica/transcripción al montaje de la partícula) en el ciclo vital SARS-CoV-2.

La investigación actual utilizó los algoritmos de rayado de SAINTexpress y determinó las proteínas humanas alto-confiadas que se asocian al ARN SARS-CoV-2. En comparación con estudios anteriores, los investigadores encontraron que eso los alrededor 24% a los 38% de los factores del ordenador principal del ARN SARS-CoV-2 eran similares a los actuales datos en el interactome de ChIRP-M/S. Además, RBPs múltiple asociado a metabolismos del ácido nucléico tales como empalmar, estabilidad del mRNA, y polivinílico de regla transcriptivo (A) la proteína obligatoria (PABP) fue determinada. Las proteínas de la señora de compañía fueron encontradas para ser enriquecidas importante y desempeñaron un papel dominante en el plegamiento de proteína viral. Los otros componentes y RBPs característico tal como paraspeckles (PS) y gránulos de la tensión (SG) estaban entre los candidatos de alto-rayado.

Para una mejor comprensión de las acciones recíprocas entre los factores del ordenador principal y las proteínas virales, los investigadores del estudio actual compararon el interactome SARS-CoV-2 con un interactome del coronavirus de la referencia. Este estudio es análogo a un meta-análisis del viral-ordenador principal PPI de los coronaviruses cerco a partir de 112 publicaciones. Un golpe de la alto-confianza fue determinado por el análisis del chirrido, y las proteínas asociadas del ordenador principal eran interactors sabidos de las proteínas virales de los coronaviruses múltiples. El resultado del estudio actual estuvo de acuerdo con los estudios anteriores que declararon que la síntesis del ácido graso es esencial para la réplica viral SARS-CoV-2.

Para entender el papel del RBPs determinado en la infección SARS-CoV-2, los investigadores impusieron silencio a su expresión por la interferencia del ARN (RNAi), y de tal modo, determinó la infección asociada del virus. La catepsina L proteasa (CTSL) y la subunidad vacuolar ATP6V1B2 de la ATpasa eran dos moléculas del ordenador principal importantes para el asiento viral SARS-CoV-2. Además, los investigadores también han encontrado que SARS-CoV2 ha avance varios mecanismos existentes que inhiben el tipo reacción del interferón de I apuntando RBPs específico.

La investigación actual también ha determinado las drogas que el ordenador principal de objetivo RBP cavando en varias bases de datos de la droga tales como DrugBank, ChEMBL, y PanDrugs. De tal modo, han determinado con éxito las drogas tales como camptothecin (XRCC5), cerulenin (FASN), dabigatran (HNRNPC), etc., como agentes antivirus potenciales para SARS-CoV-2.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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