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Variantes neuves du génome SARS-CoV-2 recensées dans le vison des USA

Les chercheurs au Canada ont découvert deux variantes nouvelles dans des coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2 séquences du gène (SARS-CoV-2) rassemblées du vison aux Etats-Unis.

Le virus SARS-CoV-2 est l'agent responsable de la pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) qui a maintenant prétendu les durées de plus de 2,78 millions de personnes mondial.

L'équipe a recensé une variante de la deux-mutation (N501T-G142D) et une variante de la trois-mutation (N501T-G142D-F486L) dans la protéine de la pointe SARS-CoV-2 - la structure principale que le virus emploie pour gripper à et pour infecter des cellules.

Le domaine récepteur-grippant (RBD) des attaches de pointe à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de récepteur de cellule hôte pour activer l'entrée virale de fusion et de cellules.

Les deux variantes n'ont pas été trouvées dans les séquences du gène SARS-CoV-2 vison-dérivées non rassemblées en aucun autre pays.

Hugh Eao de l'université de Guelph dans Ontario et Allison Eao de l'université des Anglais Colombie disent que les découvertes proposent que les variantes aient évolué pendant l'infection humaine avant qu'elles se soient écartées aux populations de vison.

L'équipe dit qu'il est indispensable de surveiller les variantes neuves apparaissantes pour déterminer leur choc sur l'être humain et les santés animales.

Une version de prétirage du rapport de recherche est procurable sur le serveur de medRxiv*, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Étude : Les variantes de gène de la protéine de la pointe SARS-CoV-2 avec la mutation de N501T et de G142D ont dominé des infections dans les visons aux USA. Crédit d
Étude : Variantes de gène de la protéine de la pointe SARS-CoV-2 avec des infections dominées par mutation de N501T et de G142D dans les visons aux USA. Crédit d'image : Gallinago_media/Shutterstock

Le virus a rapidement évolué des mutations dans la protéine de pointe

Depuis que la première séquence SARS-CoV-2 a été isolée dans des échantillons rassemblés à Wuhan, Chine, en décembre 2019, le virus a rapidement évolué les mutations de protéine de pointe qui ont augmenté son transmissibility et virulence.

À partir du 17 mars 2021th , 22% de génomes SARS-CoV-2 dans la base de données de GISAID (initiative globale sur partager toutes les caractéristiques de grippe) a contenu la mutation de N501Y. Cette variante a été recensée dans la protéine de pointe des lignées plus transmissibles et potentiellement plus virulentes qui ont récent apparu au R-U (B.1.1.7), à l'Afrique du Sud (B.1.351), et au Brésil (B.1.525).

Au Danemark, un grand nombre le vison se sont également avérés infecté avec SARS-CoV-2 contenant la mutation Y453F de pointe, qui a déclenché des préoccupations que cette variante pourrait être écartée des animaux aux êtres humains.

Chronologie apparaissante (en dessous de la chronologie) de la protéine humain-dérivée (au-dessus de la chronologie) et vison-dérivée N501T-G142D de la pointe SARS-CoV-2 et des variantes de N501T-G142D-F486L aux USA. L
Chronologie apparaissante (en dessous de la chronologie) de la protéine humain-dérivée (au-dessus de la chronologie) et vison-dérivée N501T-G142D de la pointe SARS-CoV-2 et des variantes de N501T-G142D-F486L aux USA. L'écaille de chronologie n'est pas dans la proportion.

Que les chercheurs ont-ils fait ?

Les chercheurs se sont mis à déterminer les caractéristiques génétiques des séquences protéiques de la pointe SARS-CoV-2 rassemblées du vison aux Etats-Unis et au Canada.

L'équipe a analysé toutes les séquences SARS-CoV-2 animal-dérivées (977), toutes les séquences rassemblées en au Canada (19.529), et toutes les séquences rassemblées aux Etats-Unis (173.277) qui ont été déposés dans GISAID entre décembre 2019 et le 12 mars 2021th .

SARS-CoV-2 l'isolat Wuhan-Hu-1 rassemblé le 19 décembre 2019 a été employé comme référence pour l'analyse de mutation.

Le fonctionnement de « SOUFFLE » du logiciel « Geneious » de bio-informatique a été employé pour déterminer l'incidence de toutes les mutations nouvelles localement et mondial.

Que l'analyse a-t-elle indiqué ?

Ni la mutation de N501Y partagée par les variantes du R-U, du Sud africain, et du Brésil ni la mutation de Y453F recensée parmi le vison au Danemark n'était présente aux USA l'uns des et le Canadien vison-a dérivé les séquences SARS-CoV-2.

Cependant, l'équipe a recensé deux variantes nouvelles dominantes dans des séquences protéiques de pointe rassemblées du vison aux USA - la double mutation N501T-G142D et la mutation triple N501T-G142D-F486L.

Les variantes n'ont pas été trouvées dans les séquences rassemblées du vison au Canada ou aucun autre pays.

Pour déterminer l'origine des variantes nouvelles, les chercheurs ont analysé toutes les séquences SARS-CoV-2 humain-dérivées rassemblées des USA et du Canada.

Ceci a indiqué que la mutation de N501T (sans G142D ou F486L) était présente dans des séquences humain-dérivées par USA rassemblées dès août 2020 - deux mois avant quand les séquences vison-dérivées ont été rassemblées (octobre 2020).

L'équipe dit également que les variantes de N501T-G142D et de N501T-G142D-F486L ont été recensées dans les séquences humain-dérivées avant qu'elles aient été recensées dans les séquences vison-dérivées.

Quelles sont les implications de l'étude ?

« Les résultats de cette étude indiquent que les variantes nouvelles ont pu avoir évolué pendant l'infection humaine et alors communiqué à des populations de vison aux USA, » écrit l'équipe.

Les chercheurs disent que le cas de ces variantes neuves dans les garanties de population de vison étudient davantage pour déterminer comment ils ont pu avoir affecté l'interaction de la pointe avec ACE2 et, en conséquence, transmissibility, virulence, et immunogénicité viraux chez l'homme et le vison.

« Il est important de surveiller les variantes neuves apparaissantes et déterminer leur choc sur l'être humain et les santés animales, » ils concluent.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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