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Variante neuve de coronavirus avec la mutation d'E484K trouvée en Arizona

L'Arizona adhère à la liste toujours croissante de conditions américaines hébergeant une variante du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère. Une étude aboutie par Efrem S. Lim d'université de l'Etat d'Arizona confirme la preuve du B.1.243.1 avec une mutation d'E484K sur la protéine de pointe.

La mutation d'E484K concerne pour que sa capacité échappe à la réaction immunitaire et de réduit le pouvoir de neutralisation des anticorps monoclonaux. Leur exposition de résultats que la variante s'étend en Arizona et commence à franchir des frontières de condition au Nouveau Mexique et le Texas.

B.1.427 et B.1.429 étaient d'abord rapportés en Californie, et les travaux récents ont montré une émergence des variantes B.1.525 et B.1.526 à New York. C'est en plus d'autres variantes de diffusion de coronavirus qui ont été trouvées la première fois le Brésil, le Royaume-Uni, et Afrique du Sud.

Les chercheurs écrivent :

« A basé sur le profil de mutation, introduction régionale et preuve phylogénétique, nous recommandons la surveillance vigilante de B.1.243.1 comme variante potentielle d'intérêt. Cette étude explique le besoin de contrôle génomique supporté dans des stratégies et des réactions de santé publique. »

L'étude « émergence d'une variante de SARS-CoV-2 E484K d'intérêt en Arizona » est procurable comme prétirage sur le serveur de medRxiv*, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Dépister des variantes virales

Les échantillons rassemblés par équipe de salive provenant de plusieurs comtés de l'Arizona qui ont vérifié le positif pour SARs-CoV-2. Ils ont extrait l'ARN de 688 échantillons et ont exécuté le contrôle génomique pour rechercher des variantes. Environ 92,7% de génomes ont été avec succès ordonnancés, où 7,7% ont eu la variante B.1.1.7, 33,5% ont eu la variante B.1.427/429, et 0,9% a eu la variante P.2. Une limitation significative dans l'étude est qu'ils n'ont pas ordonnancé l'échantillon entier car la plupart des génomes ont eu les charges virales inférieures avec CTs élevé pendant les années 30.

Il y avait un total de 7 génomes avec le B.1.243 variable et une mutation d'E484K. Cette variante neuve a eu 11 autres seules mutations séparé des mutations observées dans la lignée B.1.243 originelle avec la mutation de D614G. Ceci a compris V213G et E484K dans la protéine de pointe, une omission de NT 9 dans ORF1ab, et des 3 - mise en place de NT dans la région intergénique de non-codage d'amont du gène de N, ainsi que d'autres remplacements.

Basé sur le profil mutationnel, les chercheurs ont donné cet E484K hébergeant la variante le nom provisoire de B.1.243.1.

Émergence d
Émergence d'E484K hébergeant la variante B.1.243.1 en Arizona, Etats-Unis. (a) Les mutations B.1.243.1 de lignée-définition sont montrées sur le génome SARS-CoV-2. Des mutations sont montrées en référence à la position de génome de SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (b) Prévalence globale de la lignée B.1.243 parentale de novembre 2021 à mars 2021. Le nombre mensuel des cas B.1.243 (haut) et la distribution par pays (bas) sont montrés. La fréquence moyenne pour chaque pays est montrée dans la parenthèse. Les séquences à partir de mars sont sous-rapportées au moment de cet enregistrement (indiqué par la ligne tirée). (c) Incidence du cas B.1.243.1 enregistrant de février à mars 2021. L'incidence cumulative de cas est tracée comme graphe par ligne.

La variante B.1.243 croise des frontières d'état

Utilisant la base de données publique de GISAID, les chercheurs ont regardé la distribution geospatial de cette variante neuve. Ils ont trouvé que le B.1.243 variable et la mutation d'E484K a apparu tout récemment en Arizona, avec 15 des 17 cas ordonnancés se produisant du 1er février au 2 mars.

Un cas du B.1.243 variable et de la mutation d'E484K était rapporté à Houston, le Texas, le 24 février et un autre plus récent au Nouveau Mexique, la proposition de la variante n'est pas contenue en Arizona.

Il y avait également deux cas où les lignées B.1.243 ont indépendamment atteint la mutation d'E484K. Bien que, cette variante ait manqué des 11 mutations observées dans la variante neuve et ait semblé être des événements sans issue de boîte de vitesses.

Les chercheurs ont tracé la variante à un clade monophyletic dans le clade 20A/B.1.243. Et être branché prolongé de la variante indique que la lignée continue à diversifier. « Ceci propose que B.1.243.1 soit déterminé dans la circulation dans l'Arizona. En revanche, les deux cas B.1.243 portant seule la mutation d'E484K étaient phylogénétique distincts du clade B.1.243.1, supportant qu'ils avaient évolué indépendamment, » écrivent l'équipe de recherche.

Penser à l'avenir

Tandis que la variante commence à déménager à d'autres conditions, actions humaines telles que la décision pour s'user un masque et distancer social, et des décisions politiques de politique publique peuvent influencer le débit de transmission. Ils proposent que traçage et augmentations de contact de contrôle génomique soient nécessaire pour mesurer l'ampleur vraie du risque d'écarter cette variante potentielle d'intérêt.

« La preuve génomique, épidémiologique et phylogénétique indique que la variante B.1.243.1 d'intérêt est portée en équilibre pour apparaître. Ces découvertes expliquent la nécessité critique de continuer de suivre SARS-CoV-2 en temps réel d'aviser des stratégies de santé publique, la diagnose, des contre-mesures médicaux et des vaccins. »

Avis important

le *medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

Citations

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