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Nuova variante di coronavirus con la mutazione di E484K individuata in Arizona

L'Arizona aderisce alla lista sempre crescente degli stati americani che harboring una variante del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo. Uno studio piombo da Efrem S. Lim dell'Arizona State University conferma la prova del B.1.243.1 con una mutazione di E484K sulla proteina della punta.

La mutazione di E484K sta interessando affinchè la sua capacità sfugga alla risposta immunitaria e di diminuire la potenza di neutralizzazione degli anticorpi monoclonali. La loro manifestazione che di risultati la variante sta spargendosi in Arizona e che sta cominciando ad attraversare i confini dello stato nel New Mexico & il Texas.

B.1.427 e B.1.429 in primo luogo sono stati riferiti nella California ed il lavoro recente ha indicato un'emergenza delle varianti B.1.525 e B.1.526 in New York. Ciò è oltre ad altre varianti di circolazione di coronavirus che in primo luogo sono state individuate nel Brasile, nel Regno Unito e nel Sudafrica.

I ricercatori scrivono:

“Ha basato sul profilo di mutazione, introduzione regionale e prova filogenetica, raccomandiamo il video vigilante di B.1.243.1 come variante potenziale di interesse. Questo studio dimostra l'esigenza di sorveglianza genomica continua nelle strategie e nelle risposte di salute pubblica.„

Lo studio “emergenza di una variante di SARS-CoV-2 E484K di interesse in Arizona„ è disponibile come pubblicazione preliminare sul " server " del medRxiv*, mentre l'articolo subisce la revisione tra pari.

Rintracciare le varianti virali

I campioni della saliva raccolti gruppo da parecchie contee dell'Arizona che hanno verificato il positivo a SARs-CoV-2. Hanno estratto il RNA da 688 campioni ed hanno realizzato la sorveglianza genomica per cercare le varianti. Circa 92,7% dei genoma sono stati ordinati con successo, dove 7,7% hanno avuti la variante B.1.1.7, 33,5% hanno avuti la variante B.1.427/429 e 0,9% ha avuto la variante P.2. Una limitazione significativa nello studio è che non hanno ordinato l'intero campione poichè la maggior parte dei genoma hanno avuti caricamenti virali bassi con alto CTs negli anni 30.

C'erano complessivamente 7 genoma con il B.1.243 variabile e una mutazione di E484K. Questa nuova variante ha avuta altra 11 mutazione unica a parte dalle mutazioni osservate nello stirpe originale B.1.243 con la mutazione di D614G. Ciò ha incluso V213G e E484K nella proteina della punta, un'eliminazione del NT 9 in ORF1ab ed i 3 - inserzione del NT nella regione intergenica di non codifica controcorrente dal gene di N come pure da altre sostituzioni.

Sulla base del profilo mutational, i ricercatori hanno dato questo E484K che harboring la variante il nome provvisorio di B.1.243.1.

Emergenza di E484K che harboring variante B.1.243.1 in Arizona, U.S.A. (A) Le mutazioni didefinizione B.1.243.1 sono indicate sul genoma SARS-CoV-2. Le mutazioni sono indicate in riferimento alla posizione del genoma di SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (B) prevalenza globale di stirpe parentale B.1.243 dal novembre 2021 al marzo 2021. Il numero mensile B.1.243 dei casi (cima) e la distribuzione per pæse (fondo) sono indicati. La frequenza media per ogni paese è indicata nella parentesi. Le sequenze da marzo sotto-sono riferite ai tempi di questa segnalazione (indicata dalla linea tratteggiata). (C) incidenza di caso di B.1.243.1 che riferisce da febbraio al marzo 2021. L
Emergenza di E484K che harboring variante B.1.243.1 in Arizona, U.S.A. (A) Le mutazioni didefinizione B.1.243.1 sono indicate sul genoma SARS-CoV-2. Le mutazioni sono indicate in riferimento alla posizione del genoma di SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (B) prevalenza globale di stirpe parentale B.1.243 dal novembre 2021 al marzo 2021. Il numero mensile B.1.243 dei casi (cima) e la distribuzione per pæse (fondo) sono indicati. La frequenza media per ogni paese è indicata nella parentesi. Le sequenze da marzo sotto-sono riferite ai tempi di questa segnalazione (indicata dalla linea tratteggiata). (C) incidenza di caso di B.1.243.1 che riferisce da febbraio al marzo 2021. L'incidenza cumulativa di caso è tracciata come grafico lineare.

La variante B.1.243 attraversa i confini di stato

Facendo uso del database pubblico di GISAID, i ricercatori hanno esaminato la distribuzione geospatial di questa nuova variante. Hanno trovato che il B.1.243 variabile e la mutazione di E484K recentemente è emerso soltanto in Arizona, con 15 dei 17 casi ordinati che accadono dal 1° febbraio al 2 marzo.

Un caso del B.1.243 variabile e della mutazione di E484K è stato riferito a Houston, il Texas, il 24 febbraio ed un altro più recentemente nel New Mexico, suggerire la variante non è contenuto in Arizona.

C'erano egualmente due istanze dove gli stirpi B.1.243 hanno raggiunto indipendente la mutazione di E484K. Sebbene, questa variante manchi della 11 mutazione osservata nella nuova variante e sembri essere eventi senza uscita della trasmissione.

I ricercatori hanno rintracciato la variante ad un clade monophyletic all'interno del clade 20A/B.1.243. E la ramificazione continuata dalla variante indica che lo stirpe continua a differenziare. “Questo suggerisce che B.1.243.1 stia stabilendo nella circolazione in Arizona. Al contrario, i due casi B.1.243 che sopportano la mutazione di E484K da solo erano filogenetico distinti dal clade B.1.243.1, supportante che si erano evoluti indipendente,„ scrivono il gruppo di ricerca.

Sguardo in avanti

Mentre la variante sta cominciando muoversi verso altri stati, atti umani come decisione durare una maschera e distanziare sociale e le misure di ordine pubblico possono influenzare il velocita di trasmissione. Suggeriscono che tracciato ed aumenti del contatto nella sorveglianza genomica sia necessario da misurare le dimensioni vere del rischio di diffusione della questa variante potenziale di interesse.

“La prova genomica, epidemiologica e filogenetica indica che la variante B.1.243.1 di interesse è sospesa emergere. Questi risultati dimostrano la necessità critica di continuare a tenere la carreggiata SARS-CoV-2 in tempo reale per informare le strategie di salute pubblica, i sistemi diagnostici, le contromisure mediche ed i vaccini.„

Avviso importante

il *medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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