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Variação nova do coronavirus com a mutação de E484K detectada no Arizona

O Arizona adere à lista evergrowing de estados americanos que abrigam uma variação do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2). Um estudo conduzido por Efrem S. Lim da universidade estadual do Arizona confirma a evidência do B.1.243.1 com uma mutação de E484K na proteína do ponto.

A mutação de E484K está referindo-se para que sua capacidade escape a resposta imune e reduza a potência de neutralização de anticorpos monoclonais. Sua mostra que dos resultados a variação está espalhando no Arizona e está começando a cruzar beiras de estado a New mexico & a Texas.

B.1.427 e B.1.429 foram relatados primeiramente em Califórnia, e o trabalho recente mostrou uma emergência das variações B.1.525 e B.1.526 em New York. Isto é além do que outras variações de circulação do coronavirus que foram detectadas primeiramente em Brasil, no Reino Unido, e em África do Sul.

Os pesquisadores escrevem:

“Baseou no perfil da mutação, introdução regional e evidência filogenética, nós recomendamos a monitoração vigilante de B.1.243.1 como uma variação potencial do interesse. Este estudo demonstra a necessidade para estratégias e respostas genomic sustentadas da saúde da fiscalização em público.”

O estudo “emergência de uma variação de SARS-CoV-2 E484K do interesse no Arizona” está disponível como uma pré-impressão no server do medRxiv*, quando o artigo se submeter à revisão paritária.

Seguindo para baixo variações virais

As amostras recolhidas equipe da saliva de diversos condados do Arizona que testaram o positivo para SARs-CoV-2. Extraíram o RNA de 688 amostras e executaram a fiscalização genomic para procurar variações. Aproximadamente 92,7% dos genomas foram arranjados em seqüência com sucesso, onde 7,7% tiveram a variação B.1.1.7, 33,5% tiveram a variação B.1.427/429, e 0,9% tiveram a variação P.2. Uma limitação significativa no estudo é que não arranjaram em seqüência a amostra inteira porque a maioria de genomas tiveram baixas cargas virais com o CTs alto nos anos 30.

Havia um total de 7 genomas com o B.1.243 variante e uma mutação de E484K. Esta variação nova mandou outras 11 mutações originais separar das mutações observadas na linhagem B.1.243 original com a mutação de D614G. Isto incluiu V213G e E484K na proteína do ponto, um supressão do NT 9 em ORF1ab, e uns 3 - inserção do NT na região intergênica da não-codificação a montante do gene de N, assim como de outras substituições.

Baseado no perfil mutational, os pesquisadores deram este E484K que abriga a variação o nome provisório de B.1.243.1.

Emergência de E484K que abriga a variação B.1.243.1 no Arizona, EUA. (a) As mutações B.1.243.1 dedefinição são mostradas no genoma SARS-CoV-2. As mutações são mostradas na referência à posição do genoma de SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (b) Predominância global da linhagem B.1.243 parental desde novembro de 2021 até março de 2021. O número mensal dos casos B.1.243 (parte superior) e a distribuição pelo país (parte inferior) são mostrados. A freqüência média para cada país é mostrada no parêntese. As seqüências desde março sob-são relatadas na altura deste relatório (indicado por linha tracejada). (c) Incidência do caso B.1.243.1 que relata desde fevereiro até março de 2021. A incidência cumulativa do caso é traçada como gráfico linear.
Emergência de E484K que abriga a variação B.1.243.1 no Arizona, EUA. (a) As mutações B.1.243.1 dedefinição são mostradas no genoma SARS-CoV-2. As mutações são mostradas na referência à posição do genoma de SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (b) Predominância global da linhagem B.1.243 parental desde novembro de 2021 até março de 2021. O número mensal dos casos B.1.243 (parte superior) e a distribuição pelo país (parte inferior) são mostrados. A freqüência média para cada país é mostrada no parêntese. As seqüências desde março sob-são relatadas na altura deste relatório (indicado por linha tracejada). (c) Incidência do caso B.1.243.1 que relata desde fevereiro até março de 2021. A incidência cumulativa do caso é traçada como gráfico linear.

A variação B.1.243 cruza fronteiras estaduais

Usando a base de dados pública de GISAID, os pesquisadores olharam a distribuição geospatial desta variação nova. Encontraram que o B.1.243 variante e a mutação de E484K têm emergido somente recentemente no Arizona, com os 15 dos 17 casos arranjados em seqüência que ocorrem do 1º de fevereiro ao 2 de março.

Um caso do B.1.243 variante e da mutação de E484K foi relatado em Houston, Texas, o 24 de fevereiro e outro mais recentemente em New mexico, sugerir a variação não é contida no Arizona.

Havia igualmente dois exemplos onde as linhagens B.1.243 alcançaram independente a mutação de E484K. Embora, esta variação faltasse as 11 mutações observadas na variação nova e parecesse ser eventos sem saída da transmissão.

Os pesquisadores seguiram a variação a um clade monophyletic dentro do clade 20A/B.1.243. E a ramificação continuada da variação indica que a linhagem continua a diversificar. “Isto sugere que B.1.243.1 esteja sendo estabelecido na circulação dentro do Arizona. Ao contrário, os dois casos B.1.243 que carregam a mutação de E484K apenas eram phylogenetically distintos do clade B.1.243.1, apoiando que tinham evoluído independente,” escrevem a equipa de investigação.

Anticipar

Quando a variação começar se mover para outros estados, acções humanas tais como decidir vestir uma máscara e afastar-se social, e umas medidas de política de interesse público podem influenciar a taxa de transmissão. Sugerem que traçado e aumentos do contacto na fiscalização genomic seja necessário para medir a extensão verdadeira do risco de espalhar esta variação potencial do interesse.

“A evidência Genomic, epidemiológica e filogenética indica que a variação B.1.243.1 do interesse poised para emergir. Estes resultados demonstram a necessidade crítica de continuar a seguir SARS-CoV-2 no tempo real informar estratégias da saúde pública, diagnósticos, medidas defensivas médicas e vacinas.”

Observação importante

o *medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Jocelyn Solis-Moreira

Written by

Jocelyn Solis-Moreira

Jocelyn Solis-Moreira graduated with a Bachelor's in Integrative Neuroscience, where she then pursued graduate research looking at the long-term effects of adolescent binge drinking on the brain's neurochemistry in adulthood.

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