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Les chercheurs recensent une variante du roman SARS-CoV-2 (A.VOI.V2) en Afrique australe

Une équipe des scientifiques internationaux a récent exploré la dynamique de boîte de vitesses des variantes actuel de diffusion des coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère dans un pays africain du sud. En analysant les séquences génomique de ces variantes, elles ont recensé une variante du roman SARS-CoV-2 avec des mutations de pointe multiple. Ils ont temporairement montré la variante A.VOI.V2. Une description détaillée du contrôle génomique qu'ils ont effectué est actuellement disponible sur le serveur de prétirage de medRxiv*.

Mouvement propre

Depuis son émergence en décembre 2019, SARS-CoV-2, l'agent pathogène causal de la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus, a subi plus de 12.000 mutations. La majorité de ces mutations sont trouvées dans la protéine virale de pointe, qui est une glycoprotéine sur l'enveloppe virale exigée pour déterminer l'infection SARS-CoV-2. À cause de l'immunogénicité robuste, la protéine de pointe est considérée l'objectif le plus efficace pour développer les anticorps et les vaccins thérapeutiques. Une fréquence accrue de mutations de pointe dans des variantes apparaissantes neuf a soulevé la question de si ces mutations pourraient potentiellement nuire la fonctionnalité des anticorps monoclonaux et des vaccins conçus particulièrement contre les variantes virales précédemment de diffusion.

Certains récent ont apparu les variantes SARS-CoV-2 de la préoccupation (VOCs), telles que le R-U, Sud africain, et les variantes du Brésil, ont montré un transmissibility sensiblement plus élevé que les variantes précédemment de diffusion. D'ailleurs, une quantité croissante d'études préliminaires a proposé que ces variantes pourraient être associées à la virulence accrue. Les mutations trouvées dans ces variantes se sont avérées pour augmenter l'affinité obligatoire entre le domaine récepteur-grippant de pointe (RBD) et pour héberger le récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2). En outre, il y a de preuve indiquant que les certaines des mutations de la pointe RBD facilitent le virus pour échapper à la neutralisation anticorps-assistée. Ces observations expliquent la raison derrière le plus grands pouvoir infectant et virulence de VOCs.

Dans l'étude actuelle, les scientifiques ont assuré le contrôle génomique complet des variantes SARS-CoV-2 en travers de l'Angola, un pays situé sur la côte ouest de l'Afrique australe. L'étude a été entreprise par le réseau pour le contrôle génomique en Afrique du Sud (NGS-SA) en association avec le centres pour le contrôle et la prévention des maladies de l'Afrique et la société africaine du médicament de laboratoire.

Modèle d'étude

Peu après son émergence fin 2020, la variante sud-africaine de SARS-CoV-2 (lignée B.1.351) a écarté rapidement à plus de 50 pays mondial et est devenue la tension principalement de diffusion en Afrique australe. L'étude actuelle a été commencée pour caractériser rapidement la dynamique de boîte de vitesses de cette variante et de tout autre VOCs en Afrique. Le premier état sur les caractéristiques génomiques du contrôle SARS-CoV-2 d'Angola a été présenté ici.

Observations importantes

Les scientifiques ont analysé un total de 118 échantillons nasopharyngaux rassemblés entre juin 2020 et février 2021. Utilisant ces échantillons, ils ont produit de 73 génomes SARS-CoV-2 de haute qualité ; dont, 14 étaient des lignées B.1.351, B.1.1.7, et B.1.525 ; 44 étaient de la lignée C.16 du Portugal ; et 12 d'autres lignées. De plus, elles ont recensé une variante nouvelle dans trois passagers d'air de Tanzanie. Intéressant, trois génomes viraux d'isolement dans ces passagers ont manifesté presque la séquence homologue. Ils ont temporairement montré la variante nouvelle A.VOI.V2.

Avec l'analyse approfondie, ils ont observé que la variante nouvelle a un total de mutations de 31 substitutions de l'acide aminé et 3 mutations d'omission. De ces mutations, 11 sur 31 mutations de remplacement et toutes les mutations d'omission ont été trouvés dans la protéine de pointe. En analysant particulièrement les mutations de pointe, elles ont recensé 3 remplacements dans la pointe RBD, 2 site avoisinant du clivage de remplacements S1/S2, et 5 remplacements et 3 omissions dans le domaine de N-terminal de pointe (NTD). D'ailleurs, elles ont observé que certaines des mutations de NTD sont présentes dans le site géant antigénique.

Arbre phylogénétique d
A) Arbre phylogénétique d'un sous-ensemble de séquences de la lignée A (n=319) comprenant cinq séquences des cas avec l'histoire de la course de la Tanzanie, trois dont sont les A.VOI.V2 échantillonnés en Angola (bouts montrés avec une triangle) ; B) Régression des distances génétiques de fond-à-bout contre des dates d'échantillonnage, pour des séquences appartenant à la lignée A, montrant le roman A.VOI.V2 (rouge), le VOI connu A.23.1 (bleu-clair), d'autres séquences de la lignée A (profondément bleu), deux dont sont documentés pour avoir l'histoire de course de Tanzanie (contour rouge) ; C) Plot de violon montrant le nombre de mutations acides aminées dans le génome et la glycoprotéine entiers de pointe dans un sous-ensemble de génomes de cinq variantes connues comparées au roman A.VOI.V2 ; D) Plan de génome montrant la position des 31 substitutions de l'acide aminé et de trois omissions (pointe en couleurs, domaine de NTD = de Nterminal, RBD = domaine récepteur-grippant, RBM = motif récepteur-grippant, site de clivage S1/S2 = S1/S2, et le reste du génome dans le gris).

Signification d'étude

L'étude recense une variante du roman SARS-CoV-2 avec des mutations de pointe multiple. La majorité de ces mutations sont également présente dans l'autre VOCs et sont connues pour augmenter la résistance virale de pouvoir infectant et d'anticorps. Ces observations indiquent qu'en réponse à certaines pressions sélectrices, ces mutations évoluent graduellement sous le choix positif et améliorent la forme physique virale.

Bien que la variante nouvelle soit recensée seulement dans trois passagers de Tanzanie, les scientifiques croient que plus d'investigations sont eues un besoin urgent pour régler sa boîte de vitesses dans et hors du pays de source.  

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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