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I ricercatori identificano una variante del romanzo SARS-CoV-2 (A.VOI.V2) in Africa del Sud

Un gruppo degli scienziati internazionali recentemente ha esplorato la dinamica della trasmissione delle varianti corrente di circolazione del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo in un paese africano del sud. Analizzando le sequenze genomiche di queste varianti, hanno identificato una variante del romanzo SARS-CoV-2 con le mutazioni della punta multipla. Temporaneamente hanno designato la variante A.VOI.V2. Una descrizione dettagliata della sorveglianza che genomica hanno effettuato è attualmente disponibile sul " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv*.

Sfondo

Dalla sua emergenza nel dicembre 2019, SARS-CoV-2, l'agente patogeno causativo della malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus, ha subito più di 12.000 mutazioni. La maggior parte di queste mutazioni è trovata nella proteina virale della punta, che è una glicoproteina sulla busta virale richiesta per l'instaurazione dell'infezione SARS-CoV-2. A causa dell'immunizzazione robusta, la proteina della punta è considerata come l'obiettivo più potente per sviluppare gli anticorpi ed i vaccini terapeutici. Una frequenza aumentata delle mutazioni della punta nelle varianti recentemente emergenti ha sollevato il problema di se queste mutazioni potrebbero potenzialmente alterare la funzionalità degli anticorpi monoclonali e dei vaccini progettati specificamente contro le varianti virali precedentemente di circolazione.

Alcuni recentemente sono emerso varianti SARS-CoV-2 di preoccupazione (VOCs), come il BRITANNICO, sudafricana e le varianti del Brasile, hanno indicato il transmissibility significativamente più alto che le varianti precedentemente di circolazione. Inoltre, una quantità crescente degli studi preliminari ha suggerito che queste varianti potrebbero essere associate con virulenza aumentata. Le mutazioni trovate in queste varianti sono state trovate per aumentare l'affinità obbligatoria fra il dominio dell'ricevitore-associazione della punta (RBD) ed il ricevitore dell'enzima di conversione dell'angiotensina 2 ospite (ACE2). Ancora, c'è prova che indica che le alcune delle mutazioni della punta RBD facilitano il virus per sfuggire alla neutralizzazione anticorpo-mediata. Queste osservazioni spiegano la ragione dietro l'infettività e la virulenza aumentate di VOCs.

Nello studio corrente, gli scienziati hanno condotto la sorveglianza genomica accurata delle varianti SARS-CoV-2 attraverso l'Angola, un paese individuato sulla costa ovest dell'Africa del Sud. Gli studi sono stati intrapresi dalla rete per sorveglianza genomica nel Sudafrica (NGS-SA) in collaborazione con il centri per il controllo e la prevenzione delle malattie dell'Africa e dalla società africana della medicina del laboratorio.

Progettazione di studio

Presto dopo la sua emergenza alla fine del 2020, la variante sudafricana di SARS-CoV-2 (stirpe B.1.351) ha distribuito rapido in 50 paesi globalmente e si è trasformata nello sforzo principalmente di circolazione in Africa del Sud. Lo studio corrente è stato iniziato per caratterizzare rapido la dinamica della trasmissione di questa variante e dell'altro VOCs in Africa. Il primo rapporto sui dati genomica di sorveglianza SARS-CoV-2 dall'Angola è stato presentato qui.

Osservazioni importanti

Gli scienziati hanno analizzato complessivamente 118 campioni rinofaringei raccolti fra giugno 2020 e febbraio 2021. Facendo uso di questi campioni, hanno generato 73 genoma di alta qualità SARS-CoV-2; di cui, 14 provenivano dagli stirpi B.1.351, B.1.1.7 e B.1.525; 44 provenivano da stirpe C.16 dal Portogallo; e 12 da altri stirpi. Inoltre, hanno identificato una variante novella in tre passeggeri dell'aria dalla Tanzania. Interessante, tre genoma virali isolati da questi passeggeri video la sequenza quasi identica. Temporaneamente hanno designato la variante novella A.VOI.V2.

Con ulteriore analisi, hanno osservato che la variante novella ha complessivamente 31 mutazione della sostituzione dell'amminoacido e 3 mutazioni di eliminazione. Di queste mutazioni, 11 su 31 mutazione della sostituzione e tutte le mutazioni di eliminazione sono stati trovati nella proteina della punta. Specificamente analizzando le mutazioni della punta, hanno identificato le 3 sostituzioni nella punta RBD, 2 sito vicino di fenditura delle sostituzioni S1/S2 e le 5 sostituzioni e 3 eliminazioni nel dominio del N-terminale della punta (NTD). Inoltre, hanno osservato che alcune delle mutazioni di NTD sono presenti nell'area enorme antigenica.

L
A) L'albero filogenetico di un sottoinsieme delle sequenze di stirpe A (n=319) compreso cinque sequenze dai casi con cronologia del viaggio della Tanzania, tre di cui sono il A.VOI.V2 ha campionato in Angola (suggerimenti indicati con un triangolo); B) Regressione delle distanze genetiche del root--suggerimento contro le date di campionatura, per le sequenze che appartengono allo stirpe A, mostranti il romanzo A.VOI.V2 (rosso), il VOI conosciuto A.23.1 (blu-chiaro), altre sequenze di stirpe A (in profondità blu), due di cui sono documentati per avere cronologia di viaggio dalla Tanzania (profilo rosso); C) Tracciato del violino che mostra il numero delle mutazioni dell'amminoacido nell'interi genoma e glicoproteina della punta in un sottoinsieme dei genoma da cinque varianti conosciute confrontate al romanzo A.VOI.V2; D) Mappa del genoma che mostra la posizione della 31 sostituzione dell'amminoacido e di tre eliminazioni (punta a colori, dominio di Nterminal = di NTD, RBD = dominio dell'ricevitore-associazione, RBM = motivo dell'ricevitore-associazione, sito di fenditura S1/S2 = S1/S2 ed il resto del genoma nel grey).

Significato di studio

Lo studio identifica una variante del romanzo SARS-CoV-2 con le mutazioni della punta multipla. La maggior parte di queste mutazioni è egualmente presente nell'altro VOCs ed è conosciuta per aumentare la resistenza virale dell'anticorpo e di infettività. Queste osservazioni indicano che in risposta a determinate pressioni selettive, queste mutazioni stanno evolvendo gradualmente nell'ambito della selezione positiva e stanno migliorando la forma fisica virale.

Sebbene la variante novella sia identificata soltanto in tre passeggeri dalla Tanzania, gli scienziati ritengono che più indagini siano necessarie urgentemente per gestire la sua trasmissione presso e dal paese di sorgente.  

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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