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Os pesquisadores identificam uma variação da novela SARS-CoV-2 (A.VOI.V2) na África meridional

Uma equipe de cientistas internacionais tem explorado recentemente a dinâmica da transmissão de variações actualmente de circulação do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) em um país africano do sul. Analisando as seqüências genomic destas variações, identificaram uma variação da novela SARS-CoV-2 com mutações do ponto múltiplo. Têm designado temporariamente a variação A.VOI.V2. Uma descrição detalhada da fiscalização que genomic se realizaram está actualmente disponível no server da pré-impressão do medRxiv*.

Fundo

Desde sua emergência em dezembro de 2019, SARS-CoV-2, o micróbio patogénico causal da doença 2019 do coronavirus (COVID-19), submeteu-se a mais de 12.000 mutações. A maioria destas mutações é encontrada na proteína viral do ponto, que é uma glicoproteína no envelope viral exigido estabelecendo a infecção SARS-CoV-2. Devido à imunogenicidade robusta, a proteína do ponto é considerada ser o alvo o mais poderoso para desenvolver anticorpos e vacinas terapêuticos. Uma freqüência aumentada de mutações do ponto em variações recentemente emergentes levantou a pergunta de se estas mutações poderiam potencial danificar a funcionalidade de anticorpos monoclonais e de vacinas projetados especificamente contra as variações virais previamente de circulação.

Alguns emergiram recentemente as variações SARS-CoV-2 do interesse (VOCs), tais como o Reino Unido, para o sul - o africano, e as variações de Brasil, mostraram um transmissibility significativamente mais alto do que as variações previamente de circulação. Além disso, uma associação de crescimento de estudos preliminares sugeriu que estas variações pudessem ser associadas com a virulência aumentada. As mutações encontradas nestas variações foram encontradas para aumentar a afinidade obrigatória entre o domínio receptor-obrigatório do ponto (RBD) e para hospedar a angiotensin-conversão do receptor da enzima 2 (ACE2). Além disso, há uma evidência que indica que as algumas das mutações do ponto RBD facilitam o vírus para escapar a neutralização anticorpo-negociada. Estas observações explicam a razão atrás da infectividade e da virulência aumentadas de VOCs.

No estudo actual, os cientistas conduziram a fiscalização genomic completa das variações SARS-CoV-2 através de Angola, um país situado na costa oeste da África meridional. O estudo foi conduzido pela rede para a fiscalização Genomic em África do Sul (NGS-SA) em colaboração com os centros para o controlo e prevenção de enfermidades de África e pela sociedade africana da medicina do laboratório.

Projecto do estudo

Logo após sua emergência ao fim de 2020, o sul - a variação africana de SARS-CoV-2 (linhagem B.1.351) espalhou ràpida sobre a 50 países global e transformou-se a tensão predominante de circulação na África meridional. O estudo actual foi iniciado para caracterizar ràpida a dinâmica da transmissão desta variação e do outro VOCs em África. O primeiro relatório nos dados genomic da fiscalização SARS-CoV-2 de Angola foi apresentado aqui.

Observações importantes

Os cientistas analisaram um total de 118 amostras nasopharyngeal recolhidas entre junho de 2020 e fevereiro de 2021. Usando estas amostras, geraram 73 genomas SARS-CoV-2 de alta qualidade; de que, 14 eram das linhagens B.1.351, B.1.1.7, e B.1.525; 44 eram da linhagem C.16 de Portugal; e 12 de outras linhagens. Além, identificaram uma variação nova em três passageiros do ar de Tanzânia. Interessante, três genomas virais isolados destes passageiros indicaram a seqüência quase idêntica. Designaram temporariamente a variação nova A.VOI.V2.

Com análise mais aprofundada, observaram que a variação nova tem um total de 31 mutações da substituição do ácido aminado e de 3 mutações do supressão. Destas mutações, 11 de 31 mutações da substituição e todas as mutações do supressão foi encontrado na proteína do ponto. Especificamente analisando as mutações do ponto, identificaram 3 substituições no ponto RBD, 2 local próximo da segmentação das substituições S1/S2, e 5 substituições e 3 supressões no domínio do N-terminal do ponto (NTD). Além disso, observaram que algumas das mutações de NTD estam presente na localidade imensa antigénica.

A árvore filogenética de um subconjunto da linhagem A arranja em seqüência (n=319) incluir cinco seqüências dos casos com história do curso de Tanzânia, três de que são os A.VOI.V2 provados em Angola (pontas mostradas com um triângulo); B) Regressão de distâncias genéticas da raiz-à-ponta contra as tâmaras de amostra, para as seqüências que pertencem à linhagem A, mostrando a novela A.VOI.V2 (vermelho), o VOI conhecido A.23.1 (luz - azul), outras seqüências da linhagem A (profundamente azul), dois de que são documentados para ter a história do curso de Tanzânia (esboço vermelho); C) Lote do violino que mostra o número de mutações do ácido aminado no genoma e na glicoproteína inteiros do ponto em um subconjunto dos genomas de cinco variações conhecidas comparadas à novela A.VOI.V2; D) Mapa do genoma que mostra a posição das 31 substituições do ácido aminado e de três supressões (ponto na cor, domínio de NTD = de Nterminal, RBD = domínio receptor-obrigatório, RBM = motivo receptor-obrigatório, local da segmentação S1/S2 = S1/S2, e o resto do genoma no cinza).
A) A árvore filogenética de um subconjunto da linhagem A arranja em seqüência (n=319) incluir cinco seqüências dos casos com história do curso de Tanzânia, três de que são os A.VOI.V2 provados em Angola (pontas mostradas com um triângulo); B) Regressão de distâncias genéticas da raiz-à-ponta contra as tâmaras de amostra, para as seqüências que pertencem à linhagem A, mostrando a novela A.VOI.V2 (vermelho), o VOI conhecido A.23.1 (luz - azul), outras seqüências da linhagem A (profundamente azul), dois de que são documentados para ter a história do curso de Tanzânia (esboço vermelho); C) Lote do violino que mostra o número de mutações do ácido aminado no genoma e na glicoproteína inteiros do ponto em um subconjunto dos genomas de cinco variações conhecidas comparadas à novela A.VOI.V2; D) Mapa do genoma que mostra a posição das 31 substituições do ácido aminado e de três supressões (ponto na cor, domínio de NTD = de Nterminal, RBD = domínio receptor-obrigatório, RBM = motivo receptor-obrigatório, local da segmentação S1/S2 = S1/S2, e o resto do genoma no cinza).

Significado do estudo

O estudo identifica uma variação da novela SARS-CoV-2 com mutações do ponto múltiplo. A maioria destas mutações está igualmente actual no outro VOCs e é sabida para aumentar a resistência viral da infectividade e do anticorpo. Estas observações indicam que em resposta a determinadas pressões selectivas, estas mutações estão evoluindo gradualmente sob a selecção positiva e estão melhorando a aptidão viral.

Embora a variação nova seja identificada somente em três passageiros de Tanzânia, os cientistas acreditam que mais investigações são urgente necessários controlar sua transmissão dentro e fora do país de fonte.  

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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