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Los investigadores determinan una variante de la novela SARS-CoV-2 (A.VOI.V2) en África meridional

Las personas de científicos internacionales han explorado recientemente la dinámica de la transmisión de variantes actualmente de circulación del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática en un país africano meridional. Analizando las series genomic de estas variantes, han determinado una variante de la novela SARS-CoV-2 con mutaciones del pico múltiple. Han señalado temporalmente la variante A.VOI.V2. Una descripción detallada de la vigilancia genomic que realizaron está actualmente disponible en el servidor de la prueba preliminar del medRxiv*.

Fondo

Desde su aparición en diciembre de 2019, SARS-CoV-2, el patógeno causativo de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus, ha experimentado más de 12.000 mutaciones. Encuentran a la mayoría de estas mutaciones en la proteína viral del pico, que es una glicoproteína en el envolvente viral requerido para establecer la infección SARS-CoV-2. Debido a inmunogeneticidad robusta, la proteína del pico se considera ser el objetivo más potente para desarrollar los anticuerpos y las vacunas terapéuticos. Una frecuencia creciente de las mutaciones del pico en variantes nuevamente emergentes ha planteado la cuestión de si estas mutaciones podrían potencialmente empeorar las funciones de anticuerpos monoclonales y de vacunas diseñados específicamente contra las variantes virales previamente de circulación.

Algunos emergieron recientemente las variantes SARS-CoV-2 de la preocupación (VOCs), tales como el BRITÁNICO, surafricana, y las variantes del Brasil, han mostrado una transmisibilidad importante más alta que las variantes previamente de circulación. Por otra parte, un centro común de crecimiento de estudios preliminares ha sugerido que estas variantes se pudieron asociar a virulencia creciente. Las mutaciones encontradas en estas variantes se han encontrado para aumentar la afinidad obligatoria entre el dominio receptor-obligatorio del pico (RBD) y para recibir angiotensina-convertir el receptor de la enzima 2 (ACE2). Además, hay pruebas que indican que las algunas de las mutaciones del pico RBD facilitan el virus para escape la neutralización anticuerpo-mediada. Estas observaciones explican la razón detrás de la contagiosidad y de la virulencia crecientes de VOCs.

En el estudio actual, los científicos han conducto la vigilancia genomic completa de las variantes SARS-CoV-2 a través de Angola, un país situado en la costa oeste de África meridional. El estudio ha conducto por la red para la vigilancia Genomic en Suráfrica (NGS-SA) en asociación con los centros para el control y prevención de enfermedades de África y la sociedad africana del remedio del laboratorio.

Diseño del estudio

Pronto después de su aparición a finales de 2020, la variante surafricana de SARS-CoV-2 (linaje B.1.351) se ha extendido rápidamente sobre a 50 países global y se ha convertido en la deformación predominante de circulación en África meridional. El estudio actual se ha iniciado para caracterizar rápidamente la dinámica de la transmisión de la esta variante y del otro VOCs en África. El primer parte sobre los datos genomic de la vigilancia SARS-CoV-2 de Angola se ha presentado aquí.

Observaciones importantes

Los científicos analizaban un total de 118 muestras nasofaríngeas cerco entre junio de 2020 y febrero de 2021. Usando estas muestras, generaron 73 genomas de alta calidad SARS-CoV-2; cuyo, 14 eran de los linajes B.1.351, B.1.1.7, y B.1.525; 44 eran del linaje C.16 de Portugal; y 12 de otros linajes. Además, determinaron una variante nueva en tres pasajeros del aire de Tanzania. Interesante, tres genomas virales aislados de estos pasajeros visualizaron serie casi idéntica. Señalaron temporalmente la variante nueva A.VOI.V2.

Con análisis adicional, observaron que la variante nueva tiene un total de 31 mutaciones de la substitución del aminoácido y 3 mutaciones de la supresión. De estas mutaciones, 11 mutaciones de la substitución de 31 y todas las mutaciones de la supresión fueron encontradas en la proteína del pico. Específicamente analizando las mutaciones del pico, determinaron 3 substituciones en el pico RBD, 2 sitio próximo de la hendidura de las substituciones S1/S2, y 5 substituciones y 3 supresiones en el dominio de la N-terminal del pico (NTD). Por otra parte, observaron que algunas de las mutaciones de NTD están presentes en el supersite antigénico.

Árbol filogenético de un subconjunto de las series del linaje A (n=319) incluyendo cinco series de casos con la historia del viaje de Tanzania, tres cuyo son los A.VOI.V2 muestreados en Angola (extremos mostrados con un triángulo); B) Regresión de las distancias genéticas del raíz-a-extremo contra las fechas de muestreo, para las series que pertenecen al linaje A, mostrando la novela A.VOI.V2 (rojo), el VOI sabido A.23.1 (azul claro), otras series del linaje A (profundamente azul), dos cuyo se documentan para tener historia del viaje de Tanzania (contorno rojo); C) Gráfico del violín que muestra el número de mutaciones del aminoácido en el genoma y la glicoproteína enteros del pico en un subconjunto de genomas a partir de cinco variantes sabidas comparadas a la novela A.VOI.V2; D) Mapa del genoma que muestra la posición de las 31 substituciones y de tres supresiones (pico del aminoácido en el color, dominio de NTD = de Nterminal, RBD = dominio receptor-obligatorio, RBM = adorno receptor-obligatorio, sitio de la hendidura S1/S2 = S1/S2, y el descanso del genoma en gris).
A) Árbol filogenético de un subconjunto de las series del linaje A (n=319) incluyendo cinco series de casos con la historia del viaje de Tanzania, tres cuyo son los A.VOI.V2 muestreados en Angola (extremos mostrados con un triángulo); B) Regresión de las distancias genéticas del raíz-a-extremo contra las fechas de muestreo, para las series que pertenecen al linaje A, mostrando la novela A.VOI.V2 (rojo), el VOI sabido A.23.1 (azul claro), otras series del linaje A (profundamente azul), dos cuyo se documentan para tener historia del viaje de Tanzania (contorno rojo); C) Gráfico del violín que muestra el número de mutaciones del aminoácido en el genoma y la glicoproteína enteros del pico en un subconjunto de genomas a partir de cinco variantes sabidas comparadas a la novela A.VOI.V2; D) Mapa del genoma que muestra la posición de las 31 substituciones y de tres supresiones (pico del aminoácido en el color, dominio de NTD = de Nterminal, RBD = dominio receptor-obligatorio, RBM = adorno receptor-obligatorio, sitio de la hendidura S1/S2 = S1/S2, y el descanso del genoma en gris).

Significación del estudio

El estudio determina una variante de la novela SARS-CoV-2 con mutaciones del pico múltiple. La mayoría de estas mutaciones está también presente en el otro VOCs y se sabe para aumentar resistencia viral de la contagiosidad y del anticuerpo. Estas observaciones indican que en respuesta a ciertas presiones selectivas, estas mutaciones se están desarrollando gradualmente bajo selección positiva y están perfeccionando aptitud física viral.

Aunque la variante nueva se determine solamente en tres pasajeros de Tanzania, los científicos creen que más investigaciones están necesitadas urgente para controlar su transmisión dentro y fuera del país de fuente.  

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Sanchari Sinha Dutta

Written by

Dr. Sanchari Sinha Dutta

Dr. Sanchari Sinha Dutta is a science communicator who believes in spreading the power of science in every corner of the world. She has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree and a Master's of Science (M.Sc.) in biology and human physiology. Following her Master's degree, Sanchari went on to study a Ph.D. in human physiology. She has authored more than 10 original research articles, all of which have been published in world renowned international journals.

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