Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

Más nuevas variantes SARS-CoV-2 son altamente probables

En un parte reciente asentado al servidor de la prueba preliminar del bioRxiv*, los investigadores del Reino Unido y Uganda revelan características únicas de la proteína del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática en relación con otros representantes de Sarbecoviruses.

El agente causativo de la enfermedad 2019 (COVID-19), SARS-CoV-2 del coronavirus, pertenece al género y al subgénero de la familia de Coronaviridae, que de Betacoronavirus de Sarbecovirus es un grupo de envuelto, los virus de una sola fila del ARN.

Otros representantes de Sarbecoviruses incluyen SARS-CoV (que era el coronavirus que ése llevó al brote del SARS en 2002 y a 2003), pero también una miríada SARS-como de los coronaviruses del palo se han determinado que y analizaban profundizado.

Entre las proteínas estructurales virales, la glicoproteína del pico tiene un papel fundamental en el alcance del ordenador principal, el tropismo de la célula, y la entrada, así como los rasgos de la contagiosidad. Por lo tanto, es como cabe esperar que está considerado un objetivo primero de la inmunorespuesta del ordenador principal.

Por lo tanto, un análisis comparativo completo de proteínas virales ayudaría inmenso en nuestra mejor comprensión de la biología viral y patología, ofreciendo discernimientos en su origen, así como las condiciones que eso llevó al pandémico en curso COVID-19.

Esta es la razón por la cual algodón del Dr. Matthew, el Dr. David L. Roberston, y el Dr. Mi V.T. Phan de Uganda y del Reino Unido apuntó determinar regiones únicas del péptido de SARS-CoV-2 cuando estaba comparado a todo el Sarbecoviruses disponible para valorar las características que pudieron permitir a SARS-CoV-2 replegar y transmitir eficientemente entre nosotros.

Estudio: Características únicas de la proteína de SARS-CoV-2 en relación con el otro Sarbecoviruses. Haber de imagen: NIAID
Estudio: Características únicas de la proteína de SARS-CoV-2 en relación con el otro Sarbecoviruses. Haber de imagen: NIAID

Comparar los genomas y valoración de distancias evolutivas

En pocas palabras, este grupo de investigación ha explorado los genomas a través del subgénero de Sarbecovirus usando modelos de Markov ocultados perfil. Esta aproximación de modelado se basa en una descripción estadística de las propiedades de proteínas virales y de sus series de aminoácido.

Más concretamente, diez genomas tempranos SARS-CoV-2 fueron comparados a un subconjunto representativo de los genomas de Sarbecovirus obtenidos de individuos, de palos, de pangolins, y de gatos de civeta humanos. Éstos fueron seleccionados después de que el mismo análisis se haya aplicado a todos los genomas disponibles de Betacoronavirus para evitar faltar regiones virales asombrosamente cercanas del genoma.

Para valorar distancias totales del dominio entre los grupos virales, las sumas normalizadas de la broca-muesca (agrupadas en SARS-CoV-2 y Sarbecoviruses del gato del ser humano, del palo, del pangolin y de civeta) fueron sumadas para todos los dominios y para cada genoma.

Esquema del análisis. (a) Los dominios modelo de Markov ocultados perfil fueron generados de un equipo de 35 series tempranas del genoma del linaje B SARS-CoV-2. Todos los marcos de lectura abiertos fueron traducidos y después cortados en 44 péptidos del aminoácido con una talla de paso de 22 aminoácidos o 15 péptidos del aminoácido con una talla de paso del aminoácido 8. Los péptidos fueron agrupados usando Uclust (13), alinearon con MAFFT (14) y entonces cada alineación fue incorporada a un pHMM usando HMMER-3 (10). (b) El equipo de pHMMs fue utilizado para preguntar series del genoma de Sarbecovirus, las muescas de la broca cerco mientras que una dimensión de semejanza entre cada pHMM y la serie de la interrogación. (c) las Broca-muescas eran recolectado analizado para descubrir las regiones que difieren entre los genomas tempranos SARS-CoV-2 y los genomas de la interrogación.
Esquema del análisis. (a) Los dominios modelo de Markov ocultados (pHMM) perfil fueron generados de un equipo de 35 series tempranas del genoma del linaje B SARS-CoV-2. Todos los marcos de lectura abiertos fueron traducidos y después cortados en 44 péptidos del aminoácido con una talla de paso de 22 aminoácidos o 15 péptidos del aminoácido con una talla de paso del aminoácido 8. Los péptidos fueron agrupados usando Uclust (13), alinearon con MAFFT (14) y entonces cada alineación fue incorporada a un pHMM usando HMMER-3 (10). (b) El equipo de pHMMs fue utilizado para preguntar series del genoma de Sarbecovirus, las muescas de la broca cerco mientras que una dimensión de semejanza entre cada pHMM y la serie de la interrogación. (c) las Broca-muescas eran recolectado analizado para descubrir las regiones que difieren entre los genomas tempranos SARS-CoV-2 y los genomas de la interrogación.

Naturaleza única de SARS-CoV-2

Los cambios descubiertos en la glicoproteína del pico de SARS-CoV-2 - con respecto a un equipo grande de Sarbecovirus conocido - revelan que la fuente zoonótica reciente de este virus debe todavía ser encontrada pero también apuntalan una naturaleza bastante única del genoma SARS-CoV-2.

Conforme a partes anteriores, un pequeño equipo del palo y Sarbecoviruses pangolin-derivado demuestran la semejanza más importante a SARS-CoV-2, mientras que una dimensión de semejanza del proteome mostró que es inverosímil que el palo Sarbecoviruses es la fuente directa del virus pandémico.

Además, las regiones de variación que fueron determinadas en este estudio pueden indicar cambios funcionales en las proteínas SARS-CoV-2 o las posiciones del aminoácido que pueden ser modificadas sin el compromiso de las funciones indispensables de la proteína.

El análisis detallado del pico reveló 82 dominios de 15 aminoácidos que han demostrado la alta variación en el Sarbecoviruses, mientras que 29 de estos dominios muestran cambios en variantes de la preocupación en relación con el linaje temprano de SARS-CoV-2.

Diferencias de Proteome en SARS-CoV-2 comparado con el gato cercano Sarbecoviruses del palo, del ser humano y de civeta. Todos los marcos de lectura abiertos delanteros de los 35 genomas tempranos del linaje B SARS-CoV-2 fueron traducidos, y tramitados en 44 péptidos del aa (con recubrimiento de 22 aa), agrupados en 0,65 identidades usando Uclust (11), alineados con MAAFT (12) y convertidos en pHMMs usando HMMER-3 (10). La presencia de estos dominios fue buscada en un equipo de los genomas de Sarbecovirus más los genomas SARS-CoV-2 y los genomas entonces fueron agrupados usando el agrupamiento jerárquico basado en las broca-muescas normalizadas del dominio (e.g la semejanza del dominio determinado de la interrogación al dominio del linaje B SARS-CoV-2 de la referencia). Cada fila representa un genoma, cada olumna representa un dominio. Los dominios se visualizan en su orden a través SARS-CoV-2 del genoma, rojo = la broca-muesca bajo normalizada del dominio (una semejanza más inferior al linaje B SARS-CoV-2) = distante de SARS-CoV-2, el gris más oscuro = broca-muesca normalizada del dominio = 1 = altamente similar al linaje B SARS-CoV-2. Los grupos de coronaviruses fueron indicados a la derecha de la figura. (a) Diferencias del dominio a través del subgénero de Sarbecovirus. (b) Para cada dominio la broca-muesca media era calculada a través del equipo entero de los genomas de Sarbecovirus y la broca-muesca media del valor 1 fue trazada para cada dominio. Los dominios son coloreados por las proteínas de las cuales fueron derivados con la clave de color indicada abajo de la figura.
Diferencias de Proteome en SARS-CoV-2 comparado con el gato cercano Sarbecoviruses del palo, del ser humano y de civeta. Todos los marcos de lectura abiertos delanteros de los 35 genomas tempranos del linaje B SARS-CoV-2 fueron traducidos, y tramitados en 44 péptidos del aa (con recubrimiento de 22 aa), agrupados en 0,65 identidades usando Uclust (11), alineados con MAAFT (12) y convertidos en pHMMs usando HMMER-3 (10). La presencia de estos dominios fue buscada en un equipo de los genomas de Sarbecovirus más los genomas SARS-CoV-2 y los genomas entonces fueron agrupados usando el agrupamiento jerárquico basado en las broca-muescas normalizadas del dominio (e.g la semejanza del dominio determinado de la interrogación al dominio del linaje B SARS-CoV-2 de la referencia). Cada fila representa un genoma, cada olumna representa un dominio. Los dominios se visualizan en su orden a través SARS-CoV-2 del genoma, rojo = la broca-muesca bajo normalizada del dominio (una semejanza más inferior al linaje B SARS-CoV-2) = distante de SARS-CoV-2, el gris más oscuro = broca-muesca normalizada del dominio = 1 = altamente similar al linaje B SARS-CoV-2. Los grupos de coronaviruses fueron indicados a la derecha de la figura. (a) Diferencias del dominio a través del subgénero de Sarbecovirus. (b) Para cada dominio la broca-muesca media era calculada a través del equipo entero de los genomas de Sarbecovirus y la broca-muesca media del valor 1 fue trazada para cada dominio. Los dominios son coloreados por las proteínas de las cuales fueron derivados con la clave de color indicada abajo de la figura.

Siendo cuidadoso de la adaptación viral

Este estudio da crédito a la noción de la vigilancia variable genomic contínua, que debe entonces traducir al estado de preparación de productores vaccíneos para acomodar tales cambios de la glicoproteína del pico en la generación siguiente de actualizaciones vaccíneas.

“De modo general, la evolución SARS-CoV-2 observada en las variantes actuales de la preocupación ha muestreado el solamente 36% de los picos posibles que los cambios que han ocurrido históricamente en la evolución de Sarbecovirus”, dicen a autores del estudio en este papel del bioRxiv.

“Es altamente probable que un gran número de nuevas variantes SARS-CoV-2 con los cambios en estas regiones sean posibles, compatible con la réplica del virus y preveído en los meses que vienen a menos que la réplica viral global se reduzca seriamente”, agregan.

En conclusión, un tan alto índice de la mutación de SARS-CoV-2 conjuntamente con el número notable de las infecciones SARS-CoV-2 por todo el mundo da lugar a la adaptación viral masiva. Por lo tanto, otros experimentos serán necesarios discernir cambios funcionales verdaderos de la evolución neutral.

Advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

Written by

Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Meštrović, Tomislav. (2021, April 08). Más nuevas variantes SARS-CoV-2 son altamente probables. News-Medical. Retrieved on June 14, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20210408/More-new-SARS-CoV-2-variants-are-highly-likely.aspx.

  • MLA

    Meštrović, Tomislav. "Más nuevas variantes SARS-CoV-2 son altamente probables". News-Medical. 14 June 2021. <https://www.news-medical.net/news/20210408/More-new-SARS-CoV-2-variants-are-highly-likely.aspx>.

  • Chicago

    Meštrović, Tomislav. "Más nuevas variantes SARS-CoV-2 son altamente probables". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20210408/More-new-SARS-CoV-2-variants-are-highly-likely.aspx. (accessed June 14, 2021).

  • Harvard

    Meštrović, Tomislav. 2021. Más nuevas variantes SARS-CoV-2 son altamente probables. News-Medical, viewed 14 June 2021, https://www.news-medical.net/news/20210408/More-new-SARS-CoV-2-variants-are-highly-likely.aspx.