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Les chercheurs développent le modèle de calcul pour prévoir des changements de forme physique virale de SARS-CoV-2

Par les mutations avantageuses qui peuvent se produire à la protéine de la pointe du virus, les tests ont prouvé que l'émergence de plusieurs variantes neuves des coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère peut aider le virus à infecter les cellules hôte humaines plus efficacement.

En dépit des mesures variées d'atténuation, la pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19) continue, avec plus de 138,7 millions de personnes infectés et plus de 3 millions de morts.

La recherche pour comprendre la pathogénie virale, la gestion vaccinique de grande puissance, et le développement des agents thérapeutiques efficaces ont aidé en satisfaisant à la crise globale. Cependant, toutes ces mesures ont été accompagnées de l'émergence des variantes neuves, qui peuvent diriger l'écaille vers des conditions plus graves pour on.

L'augmentation de l'immunité virale au niveau de population dû à l'infection SARS-CoV-2, à la vaccination ou à l'immunisation passive par l'intermédiaire de attrape des résultats (d'anticorps de neutralisation) dans une pression plus intense de choix sur le virus SARS-CoV-2. C'est la cause de l'émergence des variantes neuves qui ont montré la capacité d'éluder des réactions immunitaires.

De calcul et des études expérimentales peut se concentrer ainsi sur comprendre ces mécanismes d'évasion dans le viral infection SARS-CoV-2 et sur installer la surveillance SARS-CoV-2 immunisée de la population du monde à la piste et éventuellement limiter la propagation des variantes potentiellement l'évasion.

Deux chercheurs de l'Université Libre De Bruxelles en la Belgique, le Fabrizio Pucci et la Marianne Rooman, ont récent établi un modèle de calcul simplifié, SpikePro appelé, pour prévoir la forme physique SARS-CoV-2 de la séquence des acides aminés et de la structure de la protéine de pointe. Cette étude se concentre sur la stabilité et l'affinité obligatoire de la protéine de pointe au récepteur d'hôte. Un prétirage donnant les détails de ce modèle est procurable pour s'afficher entièrement sur le serveur de bioRvix*.

SpikePro est un programme facile à utiliser qui recense avec la bonne exactitude et dans quelques secondes. Il est librement procurable dans le dépôt www.github.com/3BioCompBio/SpikeProSARS-CoV-2 de GitHub.

Utilisant ce modèle, cotisations rapportées de chercheurs les trois : 1) le transmissibility viral prévu de la stabilité de la protéine de pointe, 2) le pouvoir infectant a calculé en termes d'affinité de la protéine de pointe pour le récepteur de la cellule hôte ACE2, et 3) la capacité du virus de s'échapper de la réaction immunitaire humaine basée sur l'affinité obligatoire de la protéine de pointe pour un ensemble d'anticorps de neutralisation.

En effet, quoique SARS-CoV-2 ait un taux de mutation modéré comparé à d'autres virus ARN dus à sa réplication plus précise, le rail de la dynamique virale dans l'espace énorme des combinaisons variables possibles (aussi omissions y compris et mises en place) sous l'influence de l'immunité humaine effectue des prévisions contestant hautement. »

Les chercheurs ont expliqué que le modèle de SpikePro reproduit bien les caractéristiques expérimentales, épidémiologiques et cliniques procurables sur le choc des variantes sur les caractéristiques biophysiques du virus.

Si la validation est exécutée sur des caractéristiques de grande puissance de mutagénèse dirigée, attrapez les cocktails ou les sérums humains polyclonaux, 367 si la comparaison concerne la forme physique de la protéine de pointe, du composé de la pointe protein/ACE2, ou d'une suite 368 de protéine de pointe/attrapez les composés, les résultats est très bon avec des coefficients de corrélation dans les 0,3 à 0,5 gammes. »

Pour élaborer, ils ont prouvé qu'elle pourrait recenser les souches virales de diffusion qui sont récent devenues dominantes au niveau de population. Ces souches virales ont augmenté leur forme physique. Puisque le SpikePro recense les variantes SARS-CoV-2 neuves avec la forme physique élevée, qui doivent être attentivement suivies par des agences de santé, ce modèle a un rôle central à jouer dans des programmes génomiques de contrôle des tensions SARS-CoV-2 neuves. Spécialement à l'avenir, avec le nombre de plus en plus important des gens vaccinés et produisants de ce fait une plus grande pression sélectrice sur le virus, SpikePro serait hautement utile.

En outre, les chercheurs ont mis l'accent sur que le modèle de SpikePro (sans compter que pouvoir reproduire des résultats connus) prévoit vraiment, et décrivent et interprètent l'effet des variantes neuves de protéine de pointe qui deviennent à l'avenir l'évolution SARS-CoV-2 fixe. Utilisant le PoPMuSiC et le BeAtMuSiC basés sur structure réputés 376 facteurs prédictifs, les chercheurs réalisent ceci par la description matérielle de la forme physique en termes de cotisations d'énergie libre.

Dans le papier, les chercheurs ont également discuté les limitations de l'étude : quelques approximations ont été effectuées dans le procédé de construction, ne représentant pas des omissions ou des mises en place acides aminées possibles dans la protéine de pointe. Des effets épistatiques ont été également omis et pas étendus à d'autres protéines du virus SARS-CoV-2, telles que la protéine non-structurelle 1 (Nsp1), qui contribue également à l'évasion immunisée.

Vu une combinaison pesée de 386 tous les effets des variantes de RBD sur attrape selon différents facteurs tels que le temps et l'état de vaccination améliorerait davantage notre méthode en imitant la réaction immunitaire et son évolution temporelle. »

Dans cette étude, les chercheurs ont développé et ont validé SpikePro : un modèle de calcul simple qui prévoit le choc des variantes de protéine de pointe sur la forme physique SARS-CoV-2 et, plus particulièrement, sur le transmissibility, le pouvoir infectant et la capacité viraux de s'échapper du système immunitaire de l'hôte.

Le duo de recherches a prétendu que SpikePro est un instrument utile pour le contrôle génomique du virus SARS-CoV-2. Il prévoit dans un rapide et voie précise l'émergence des souches virales neuves et de leur danger, ils écrivent.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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