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Mutazione tripla in SARS-CoV-2 veduto in seconda onda di COVID-19 in India

I ricercatori hanno ordinato il genoma virale dai campioni nello stato della maharashtra e che hanno trovato che una combinazione unica di tre mutazioni che suggeriscono il virus SARS-CoV-2 sta evolvendosi continuamente per eludere la risposta immunitaria umana.

Con la continuazione pandemica COVID-19 spargersi in parecchie parti del mondo, il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo sta evolvendosi per eludere il nostro sistema immunitario. Parecchie nuove varianti, designate varianti di preoccupazione, sono state riferite dal Regno Unito, dal Sudafrica e dal Brasile alla fine del 2020, che sembrano essere più contagiose dello sforzo originale.

L'introduzione di nuove varianti e delle loro conseguenze è importante nella risposta guidante di salute pubblica in un paese. Con la punta tremenda in COVID-19 veduto in India, particolarmente nello stato della maharashtra, il governo ha aumentato l'ordinamento del genoma virale per identificare i nuovi mutanti possibili e per capire la forma fisica di nuovi sforzi.

I ricercatori da parecchi istituti indiani coinvolgere nella ricerca SARS-CoV-2 hanno ottenuto i campioni dai viaggiatori internazionali alla maharashtra. Circa 5% dei campioni di sorveglianza ha verificato il positivo ed è stato ordinato e gli interi genoma di SARS-CoV-2 sono stati analizzati.

Il gruppo egualmente ha analizzato il sistema cristallino delle 10 mutazioni principali della proteina della punta del virus complessate con il ricevitore umano, l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (ACE2). Egualmente hanno valutato l'effetto delle mutazioni sull'associazione a due anticorpi di neutralizzazione facendo uso delle strutture.

Tendenza delle mutazioni importanti nella proteina della punta dal dicembre 2020 al marzo 2021.
Tendenza delle mutazioni importanti nella proteina della punta dal dicembre 2020 al marzo 2021.

Identificazione delle mutazioni

Dopo avere analizzato 598 interi genoma virali, il gruppo ha trovato 47 stirpi di G. Il più comune era il B.1.617, che è stato trovato a metà circa dei genoma ha ordinato. All'interno del clade B.1.617, hanno trovato quattro cluster collegati alle mutazioni specifiche della proteina della punta.

Hanno trovato che le mutazioni L452R e E484Q nel dominio dell'ricevitore-associazione (RBD) della proteina della punta e nelle mutazioni G142D e P681R fuori del RBD sono aumentato di frequenza da gennaio 2021. Altre mutazioni H1101D e T95I inclusi. Soltanto una piccola proporzione delle sequenze ha mostrato particolarmente nel dicembre 2020 la variante B.1.1.7.

Un cluster delle mutazioni non ha incluso E484Q ed ha avuto mutazioni di D950N e di T19R nella proteina della punta. Un'altra mutazione D111D, accaduta con le mutazioni L452R e E484Q di RBD ma non è stata veduta nel cluster senza la mutazione di E484Q. L'analisi ha indicato dal febbraio 2021 un aumento nella frequenza delle mutazioni non sinonime (quelle che cambiano le sequenze della proteina).

In maharashtra occidentale, i posti quale Mumbai, Pune, Thane e Nashik hanno mostrato parecchi stirpi oltre al B.1.617 dominante veduto nella zona orientale dello stato.

Mappatura delle mutazioni chiave sul sistema cristallino furin-fenduto della glicoproteina della punta SARS-CoV-2 (visualizzazione di superficie grigia) nel complesso con ACE2 (nastro solido marrone). Regione di RBD indicata nel verde
Mappatura delle mutazioni chiave sul sistema cristallino furin-fenduto della glicoproteina della punta SARS-CoV-2 (visualizzazione di superficie grigia) nel complesso con ACE2 (nastro solido marrone). Regione di RBD indicata nel verde

Interazioni del cambiamento di mutazioni con ACE2 e gli anticorpi

Il sistema cristallino del complesso ACE2 con la proteina della punta suggerisce che le mutazioni L452R e E484Q diminuiscano le interazioni intermolecolari ed intramolecolari confrontate al virus selvaggio tipo. La mutazione di L452R elimina le interazioni idrofobe con altri residui vicini. Ma, il cambiamento da L452 idrofobo a 452R idrofilo aumenta la stabilità del complesso, probabile a causa della sua maggior interazione con le molecole di acqua.

La mutazione di E484Q interrompe un'obbligazione elettrostatica nel RBD. La mutazione P681R nel sito di fenditura di furin potrebbe aiutare la fusione aumentata della membrana e causare così ha aumentato il transmissibility.

Sia le mutazioni L452R che E484Q interrompono l'interazione degli anticorpi di neutralizzazione REGN10933 e P2B-2F6 con la proteina della punta, così diminuendo il loro effetto di neutralizzazione.

Gli studi precedenti hanno indicato che la mutazione di L452R diminuisce l'attività di neutralizzazione di parecchi anticorpi monoclonali, compreso quelli nell'ambito dei test clinici. Questa mutazione può anche sfuggire all'immunità cellulare, all'infettività virale aumentante e forse alla replicazione virale di aumento. Quindi, questa doppia combinazione mutante ha potuto sfuggire agli anticorpi monoclonali, richiedenti ulteriori studi.

Mutazione tripla

Le mutazioni ai siti 452 e 484 sono state riferite determinato, per esempio, nelle varianti B.1.427 e B.1.429 della California, che hanno la mutazione di L452R. E484K è stato veduto nelle varianti riferite dal Regno Unito, dal Sudafrica e dal Brasile. Le mutazioni al sito P681 inoltre sono state vedute prima in alcuni stirpi come pure nella mutazione E484Q. La combinazione di tutte le tre mutazioni riferite qui, di L452R, E484Q e di P681R, suggerisce che il virus stia evolvendo indipendente i simili tratti, continuamente adattandosi ai sui host umani.

L'aumento esponenziale nei casi della maharashtra può essere collegato a questa mutazione tripla e ad altre mutazioni della punta. Sebbene lo stirpe B.1.617 sia stato riferito in molti altri paesi, la sua emergenza localmente ha bisogno del video continuato per capire il suo impatto.

I ricercatori concludono, ` che lo studio ha studiato le mutazioni della proteina di S si è associato con i casi COVID19 in maharashtra osservata dal mese del febbraio 2021. L'aumento continuo nella positività ha potuto essere attribuito alle mutazioni dell'impronta nella proteina della punta e nelle mutazioni triple d'avvenimento dal punto di vista funzionale significative. Secondo le osservazioni di GISAID, lo stirpe B.1.617 è stato riferito da parecchi paesi, compreso il Regno Unito, U.S.A., la Svizzera, la Germania, Singapore, ecc. Tuttavia, l'emergenza di tali varianti locali durante in secondo luogo l'onda COVID19 in India deve più a fondo essere studiata per il loro impatto di salute pubblica e la sua possibilità di trasformarsi in un COV.'

Avviso *Important

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Journal reference:
Lakshmi Supriya

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Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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