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Mutação tripla em SARS-CoV-2 visto na segunda onda de COVID-19 na Índia

Os pesquisadores arranjaram em seqüência o genoma viral das amostras no estado de Maharashtra e encontraram-no que uma combinação original de três mutações que sugerem o vírus SARS-CoV-2 está evoluindo continuamente para iludir a resposta imune humana.

Com a pandemia COVID-19 que continua a espalhar em diversas partes do mundo, o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) está evoluindo para iludir nosso sistema imunitário. Diversas variações novas, designadas as variações do interesse, foram relatadas do Reino Unido, da África do Sul, e do Brasil ao fim de 2020, que parecem ser mais infecciosas do que a tensão original.

A introdução de variações novas e de suas conseqüências é importante em guiar a resposta da saúde pública em um país. Com o ponto tremendo em COVID-19 considerado na Índia, especialmente no estado de Maharashtra, o governo aumentou arranjar em seqüência do genoma viral para identificar mutantes novos possíveis e para compreender a aptidão de tensões novas.

Os pesquisadores de diversos institutos indianos envolvidos na pesquisa SARS-CoV-2 obtiveram amostras dos viajantes internacionais ao Maharashtra. Aproximadamente 5% das amostras da fiscalização testou o positivo e foi arranjado em seqüência, e os genomas inteiros de SARS-CoV-2 foram analisados.

A equipe igualmente analisou a estrutura de cristal das 10 mutações superiores da proteína do ponto do vírus complexed com o receptor humano, angiotensin-convertendo a enzima 2 (ACE2). Igualmente avaliaram o efeito das mutações na ligação a dois anticorpos de neutralização usando as estruturas.

Tendência de mutações principais na proteína do ponto desde dezembro de 2020 até março de 2021.
Tendência de mutações principais na proteína do ponto desde dezembro de 2020 até março de 2021.

Identificando mutações

Após ter analisado 598 genomas virais inteiros, a equipe encontrou 47 linhagens de G. O mais comum era o B.1.617, que foi encontrado ao aproximadamente meio dos genomas arranjou em seqüência. Dentro do clade B.1.617, encontraram quatro conjuntos ligados às mutações específicas da proteína do ponto.

Encontraram que as mutações L452R e E484Q no domínio receptor-obrigatório (RBD) da proteína do ponto e nas mutações G142D e P681R fora do RBD aumentaram na freqüência desde janeiro de 2021. Outras mutações H1101D e T95I incluídos. Somente uma proporção pequena das seqüências mostrou a variação B.1.1.7, particularmente em dezembro de 2020.

Um conjunto de mutações não incluiu E484Q e teve mutações de T19R e de D950N na proteína do ponto. Uma outra mutação D111D, ocorrida junto com as mutações L452R e E484Q de RBD mas não foi considerada no conjunto sem a mutação de E484Q. A análise indicou um aumento na freqüência das mutações não-sinónimas (aquelas que mudam seqüências da proteína) desde fevereiro de 2021.

No Maharashtra ocidental, os lugares tais como Mumbai, Pune, o Thane, e Nashik mostraram diversas linhagens independentemente do B.1.617 dominante considerado na zona oriental do estado.

Traço das mutações chaves na estrutura de cristal furin-fendida da glicoproteína do ponto SARS-CoV-2 (opinião de superfície do cinza) no complexo com ACE2 (fita contínua marrom). Região de RBD mostrada no verde
Traço das mutações chaves na estrutura de cristal furin-fendida da glicoproteína do ponto SARS-CoV-2 (opinião de superfície do cinza) no complexo com ACE2 (fita contínua marrom). Região de RBD mostrada no verde

Interacções da mudança das mutações com ACE2 e anticorpos

A estrutura de cristal do complexo ACE2 com a proteína do ponto sugere que as mutações L452R e E484Q reduzam as interacções intermolecular e intramolecular comparadas ao selvagem-tipo vírus. A mutação de L452R remove as interacções hidrofóbicas com outros resíduos próximos. Mas, a mudança de L452 hidrofóbica a 452R hidrófilo aumenta a estabilidade do complexo, provável devido a sua maior interacção com moléculas de água.

A mutação de E484Q interrompe uma ligação electrostática no RBD. A mutação P681R no local da segmentação do furin poderia ajudar a fusão aumentada da membrana e causar assim aumentou o transmissibility.

As mutações L452R e E484Q interrompem a interacção dos anticorpos REGN10933 e P2B-2F6 de neutralização com a proteína do ponto, assim reduzindo seu efeito da neutralização.

Os estudos precedentes mostraram que a mutação de L452R reduz a actividade de neutralização de diversos anticorpos monoclonais, incluindo aquelas sob ensaios clínicos. Esta mutação pode igualmente escapar a imunidade celular, infectividade viral crescente e talvez para aumentar a réplica viral. Assim, esta combinação dobro do mutante podia escapar os anticorpos monoclonais, exigindo uns estudos mais adicionais.

Mutação tripla

As mutações nos locais 452 e 484 foram relatadas individualmente, por exemplo, nas variações B.1.427 e B.1.429 de Califórnia, que têm a mutação de L452R. E484K foi visto nas variações relatadas do Reino Unido, da África do Sul, e do Brasil. As mutações no local P681 têm sido consideradas igualmente em algumas linhagens antes assim como na mutação E484Q. A combinação de todas as três mutações relatadas aqui, de L452R, E484Q, e de P681R, sugere que o vírus esteja evoluindo traços similares independente, continuamente se adaptando a seus anfitriões humanos.

O aumento exponencial em exemplos do Maharashtra pode ser ligado a esta mutação tripla e a outras mutações do ponto. Embora a linhagem B.1.617 seja relatada em muitos outros países, sua emergência localmente precisa a monitoração continuada para compreender seu impacto.

Os pesquisadores concluem, ` que o estudo investigou as mutações da proteína de S associou com os casos COVID19 no Maharashtra observado desde o mês de fevereiro de 2021. O aumento contínuo na positividade podia ser atribuído às mutações da assinatura na proteína do ponto e nas mutações triplas deocorrência funcional significativas. Conforme submissões de GISAID, a linhagem B.1.617 foi relatada de diversos países, incluindo o Reino Unido, os EUA, o Suíça, a Alemanha, o Singapura, etc. Contudo, a emergência de tais variações locais durante em segundo a onda COVID19 na Índia precisa de ser investigada mais para seu impacto da saúde pública e sua possibilidade de transformar-se um VOC.'

Observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Lakshmi Supriya

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Lakshmi Supriya

Lakshmi Supriya got her BSc in Industrial Chemistry from IIT Kharagpur (India) and a Ph.D. in Polymer Science and Engineering from Virginia Tech (USA).

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