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Le clade SARS-CoV-2 a lié à la gravité de la maladie pendant la phase précoce de la pandémie

En raison des numéros croissants de cas de la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus, provoqués par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, il est important de développer des méthodes précises de prévision de risque pour aider à traiter ceux au plus gros risque.

Une étude neuve dans le réseau de JAMA de tourillon indique sur la gravité de la maladie liée à quelques clades du virus, d'une analyse des génomes des spécimens d'isolement pendant la première étape de la pandémie.

Étude : Épidémiologie génomique de l
Étude : Épidémiologie génomique de l'infection SARS-CoV-2 pendant l'onde universelle initiale et de l'association avec la gravité de la maladie. Crédit d'image : Imilian/Shutterstock

Le cours de la première onde

Les USA ont été heurtés par trois ondes successives de COVID-19, avec l'un total de plus de 27 millions d'infections. Les cas tôt sont venus des infections importées par des voyageurs. Ceux-ci ont été accompagnés des hauts débits d'admissions au hôpital et de régimes de fatalité de cas (CFR) dans les personnes âgées ainsi que ceux avec des maladies préexistantes.

Car la boîte de vitesses de communauté est devenue plus importante, la longueur de l'hôpital reste et le CFR les deux est descendu, même pendant que des hôpitaux étaient serrés. Ceci a été attribué à l'évolution des protocoles de demande de règlement efficaces, ignorant la question de savoir si l'évolution virale elle-même a joué un rôle majeur.

L'ordonnancement génomique a été essentiel à la compréhension actuelle de la pandémie. Six clades différents du virus ont été recensés sur l'initiative globale sur partager toute la base de données des caractéristiques de grippe (GISAID), à savoir, S, L, V, G, GH, et la Grèce, également connue sous le nom de lignées A, B, B.2, B.1, B.1., et B.1.1.1, respectivement.

Ce sont différents du clade héréditaire de Wuhan. Les trois clades de G (G, GH et Grèce) tous contiennent la variante de D614G du gène de pointe, qui est vraisemblablement plus infectieux mais moins virulent que la tension de Wuhan.

Objectifs et population d'étude

L'étude actuelle a visé à apparier les variantes avec la gravité de la maladie et les résultats cliniques, pour comprendre comment le virus s'adapte à ses hôtes humains et

L'étude a été effectuée sur les spécimens viraux d'isolement dans 300 patients présentant l'infection SARS-CoV-2 confirmée. L'âge moyen du groupe patient était de 53 ans, avec 60% étant des femelles.

Plus de deux-tiers étaient blanc, et plus de 40% étaient le personnel de santé. Le seuil médian de cycle (Ct) pour les spécimens était 19,4 échantillons. Aucun échantillon avec un Ct plus de 30 n'a été employé.

Un tiers de tous les patients a eu le modéré ou la maladie sévère, exigeant l'hospitalisation, et une dixième a exigé des soins médicaux intensifs. La mortalité était 6%.

Mutations et leur variation

Il y avait un total de >2,500 échantillons, en grande partie échantillons répétés, avec 484 seules variantes. Cependant, plus de la moitié des 484 variantes étaient les mutations faux-sens, un tiers étant des mutations silencieuses.

La plupart des mutations (62%) se sont produites dans le cadre de lecture ouvert ORF1ab, alors que 13%, 6% et 4% étaient dans la pointe virale (s), le nucleocapsid (n) et l'ORF3a, respectivement. Les mutations non-synonymes les plus fréquentes étaient la pointe D614G et les ORF1ab P323L.

Ce dernier n'a pas été associé à une gravité plus grande de la maladie, cependant.

Clades par phase

Pendant la première étape, ces six clades différents du virus étaient dans la circulation. La moyenne de sept jours de cas de roulis grimpait jusqu'à sa crête le 11 avril 2020, avant d'enregistrer un déclin. Au cours de cette période, groupez 2 clades, y compris le D614G-containing G, la Grèce et les clades de GH, étaient prédominants, à 84% de tous les isolats viraux recensés.

De l'autre 16%, ou des isolats du groupe 1, aucun a appartenu au L clade. Le clade de Wuhan a comporté une partie de ce 16%.

De plus jeunes patients étaient dans le groupe 2, et les patients plus âgés dans le groupe 1, les âges moyens étant de 50 et 62 ans, respectivement. Les patients infectés avec le clade de la Grèce et la tension de Wuhan étaient les plus jeunes et les plus âgés à ce groupe de travail, à 41 et 68 ans, respectivement.

Les deux sexes et tous les groupes ethniques ont été également représentés au-dessus tous les clades et des deux groupes.

La commande des vitesses rapide pour grouper 2

Groupez les clades 1 distribués à des niveaux plus élevés au commencement, mais la diversité rapidement réduite d'ici les deux semaines prochaines. Ainsi, à la fin de la période de réflexion, juste cinq semaines dès le début, groupent 2 clades étaient dominantes, composant 90% de toute la diffusion tend.

le personnel de Non-santé a eu une proportion plus élevée de clades du groupe 1, environ une dans vingt.

Résultats cliniques

Les variantes liées à un plus à faible risque de l'hospitalisation ont compris L4182F dans ORF1ab, et S24L d'ORF8. La pointe de D614G a été liée à une survie plus élevée des variantes hospitalisées, avec une survie de 87%, de même que plusieurs variantes de clade du groupe 2 comme 241C>T, 3037C>T, et 14408C>T.

Cependant, aucun clades n'a été associé à une possibilité inférieure d'admission d'hospitalisation ou d'unité de soins intensifs. La mortalité était plus élevée avec le clade V, et avec des clades du groupe 1 comparés pour grouper 2.

L'interleukine 6, la créatinine, et les niveaux de D-dimère étaient sensiblement différents parmi différentes variantes, alors que les taux de créatinine étaient également plus élevés parmi des patients du clade V.

Avec l'analyse des variables multiples, en tant que prévue, les patients mâles et personnes âgées ont eu un plus gros risque d'hospitalisation. Toujours, aucun clade ou groupe de clade n'a montré l'association significative avec ces résultats. Les variantes de Non-D614G-containing ont eu un risque de mortalité plus élevé, alors que les variantes d'ORF3a avaient un pronostic favorable.

Les taux de mortalité étaient plus élevés dans les personnes âgées, immunodéprimé et ceux avec les taux de créatinine élevés, et dans des clades du groupe 1.

Quelles sont les implications ?

Les chercheurs précisent que beaucoup d'études de ordonnancement sur le SARS-CoV-2 se produisent après que la diversité initiale ait diminué, représentant la défaillance de recenser des différences dans les résultats avec différents clades. La dominance primordialement de D614G tremble également de plus petites différences entre différents clades.

Pour surmonter ceci, l'étude actuelle a employé des caractéristiques des spécimens tôt avec un échantillonnage représentatif de la communauté patiente de Cleveland dans la première onde. En ce point, la plupart des patients étaient plus âgés, avec le poumon et la cardiopathie, et sont en grande partie venus des communautés désavantagées.

À ce moment, cinq des six clades recensés jusqu'ici étaient dans la circulation, ainsi que la tension de Wuhan. « Une telle diversité tôt est compatible avec l'évaluation que les événements multiples de l'infection SARS-CoV-2 se sont produits dans cette communauté par l'introduction répétée des virus d'Asie, l'Europe, et ailleurs dans les USA. »

Il est important de noter que la grande commande des vitesses aux variantes de D614G est due à son pouvoir infectant accru. On le pense que ce mutant a l'altération dans les interactions électrostatiques entre les différentes sous-unités de la protéine de pointe, le rendant fusogenic et augmentant son affinité obligatoire à son récepteur de cellule hôte, l'angiotensine convertissant l'enzyme 2 (ACE2).

Il est intéressant que bien que le groupe 1 ait été déjà bien établi dans la communauté avant que les clades du groupe 2 aient commencé à apparaître, ce dernier aient rapidement monté à la dominance, indiquant son avantage de forme physique. Les interdictions de course ont pu avoir aidé en évitant l'introduction de neuf, particulièrement plus en bonne santé, clades, de ce fait également limitant la mortalité.

Depuis la période de réflexion couverte seulement les semaines premières de la pandémie aux USA, les améliorations de la demande de règlement, la disponibilité des bâtis de soins intensifs et les antivirals, ne sont probablement pas la raison de la réduction de la mortalité en dépit du nombre lourd d'hospitalisations. En outre intéressant, les clades qui se sont fanés à l'extérieur, les clades à savoir, de S, de V et de Wuhan, étaient plus virulents que le D614G et d'autres clades postérieurs.

Les chercheurs proposent, « nos découvertes expliquent que l'évolution prolongée de SARS-CoV-2 mène à moins de virulence. »

Clade V est défini par le L37F ORF1ab et les variantes de G251V ORF3a, qui modifient les protéines non-structurelles NSP6 et NS3, respectivement. Le premier peut améliorer l'écart asymptomatique, et le deuxième avec la souplesse réduite de protéine. Si oui, ce dernier peuvent causer quelques accepteurs de l'anticorps d'être détruits, ayant pour résultat l'évasion immunisée. L'affinité obligatoire est également très inférieure relativement au virus de wildtype.

L'association du clade V avec des taux de créatinine plus élevés comparés à d'autres clades peut indiquer qu'elle entraîne la lésion rénale en particulier. D'autres études sont requises pour comparer des génomes viraux dans les patients avec et sans le dysfonctionnement rénal. De tels bureaux d'attribution de clade peuvent aider à prévoir les résultats cliniques de futures infections.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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