Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Il clade SARS-CoV-2 si è collegato alla severità di malattia nella fase in anticipo della pandemia

In considerazione dei numeri aumentanti di caso della malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus, causati dal coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, è importante mettere a punto i metodi accurati di previsione di rischio per contribuire a trattare quelli all'elevato rischio.

Un nuovo studio nella rete di JAMA del giornale riferisce sulla severità di malattia connessa con alcuni clades del virus, da un'analisi dei genoma dagli esemplari isolati nella fase iniziale della pandemia.

Studio: Epidemiologia genomica dell
Studio: Epidemiologia genomica dell'infezione SARS-CoV-2 durante il Wave pandemico iniziale e dell'associazione con severità di malattia. Credito di immagine: Imilian/Shutterstock

Il corso della prima onda

Gli Stati Uniti sono stati colpiti da tre onde successive di COVID-19, con il complessivamente oltre 27 milione infezioni. I casi in anticipo sono venuto dalle infezioni incluse dai viaggiatori. Questi sono stati accompagnati dai tassi alti di ricoveri ospedalieri e di tassi di mortalità di caso (CFR) negli anziani come pure in quelli con le malattie preesistenti.

Poichè la trasmissione della comunità è diventato più importante, la lunghezza dell'ospedale resta e il CFR entrambi è sceso, proprio mentre gli ospedali sono stati ammucchiati. Ciò è stata attribuita all'evoluzione dei tipi di terapia efficienti, trascurante la domanda se l'evoluzione virale stessa ha svolto un ruolo importante.

L'ordinamento genomica è stato determinante per la comprensione corrente della pandemia. Sei clades differenti del virus sono stati identificati dietro l'iniziativa globale sulla divisione tutto il database di dati di influenza (GISAID), vale a dire, la S, la L, la V, il G, il GH e del GR, anche conosciuto come gli stirpi A, B, B.2, B.1, B.1. e B.1.1.1, rispettivamente.

Questi sono differenti dal clade ancestrale di Wuhan. I tre clades di G (G, GH e GR) tutto contengono la variante di D614G del gene della punta, che è probabilmente più contagioso ma meno virulento che lo sforzo di Wuhan.

Obiettivi e popolazione di studio

Lo studio corrente ha mirato a abbinare le varianti con la severità di malattia ed i risultati clinici, per capire come il virus si adatta ai sui host umani e

Lo studio è stato effettuato sugli esemplari virali isolati da 300 pazienti con l'infezione confermata SARS-CoV-2. L'età media del gruppo paziente era di 53 anni, con 60% che è femmine.

Oltre due terzi era bianco e più di 40% era il personale di sanità. La soglia mediana del ciclo (Ct) per gli esemplari era 19,4 campioni. Nessun campione con un Ct oltre 30 è stato usato.

Un terzo di tutti i pazienti ha avuto moderato o la malattia severa, richiedendo l'ospedalizzazione e una decima ha richiesto l'assistenza medica intensiva. La mortalità era 6%.

Mutazioni e la loro variazione

C'erano complessivamente >2,500 campioni, principalmente campioni ripetuti, con 484 varianti uniche. Tuttavia, più della metà delle 484 varianti erano le mutazioni di senso sbagliato, un terzo che è mutazioni silenziose.

La maggior parte delle mutazioni (62%) si sono presentate rispettivamente nel telaio aperto ORF1ab della lettura, mentre 13%, 6% e 4% erano nella punta virale (s), nel nucleocapsid (n) e in ORF3a. Le mutazioni non sinonime più frequenti erano la punta D614G e i ORF1ab P323L.

L'ultimo non è stato associato con la maggior severità della malattia, tuttavia.

Clades entro la fase

Nella fase iniziale, questi sei clades differenti del virus erano nella circolazione. La media di sette giorni di caso di laminazione stava aumentando al suo picco l'11 aprile 2020, prima della registrazione del declino. Durante questo periodo, raggruppi 2 clades, compreso il D614G-containing G, il GR e i clades di GH, erano predominanti, a 84% di tutti gli isolati virali identificati.

Del 16% rimanente, o degli isolati del gruppo 1, nessuno ha appartenuto alla L clade. Il clade di Wuhan ha compreso la parte questo 16%.

I più giovani pazienti erano nel gruppo 2 ed in pazienti più anziani nel gruppo 1, le età medie che sono di 50 e 62 anni, rispettivamente. I pazienti infettati con il clade del GR e lo sforzo di Wuhan erano più giovani e più vecchi in questo gruppo di studio, a 41 e 68 anni, rispettivamente.

Entrambi i sessi e tutte le origini etniche sono stati rappresentati ugualmente sopra tutti i clades ed entrambi i gruppi.

Lo spostamento rapido per raggruppare 2

Raggruppi i clades 1 distribuiti inizialmente ai livelli elevati, ma la diversità diminuita rapido nelle due settimane prossime. Quindi, alla conclusione del periodo di studio, appena cinque settimane dall'inizio, raggruppano 2 clades erano dominanti, componendo 90% di tutta la circolazione sforza.

il personale di Non sanità ha avuto una proporzione elevata dei clades del gruppo 1, circa una in venti.

Risultati clinici

Le varianti connesse con un più a basso rischio dell'ospedalizzazione hanno incluso L4182F in ORF1ab e S24L di ORF8. La punta di D614G è stata collegata all'più alta sopravvivenza delle varianti ospedalizzate, con una sopravvivenza di 87%, come erano parecchie varianti del clade del gruppo 2 come 241C>T, 3037C>T e 14408C>T.

Tuttavia, nessun clades è stato associato con una probabilità più bassa dell'ammissione dell'unità di cure intensive o dell'ospedalizzazione. La mortalità era più alta con clade V ed al gruppo 1 i clades hanno paragonato per raggruppare 2.

Interleukin-6, la creatinina ed i livelli del D-dimero erano significativamente differenti fra le varianti differenti, mentre i livelli elevati della creatinina erano fra i pazienti del clade V.

Con l'analisi delle variabili multiple, come previsto, i pazienti maschii e gli anziani hanno avuti un elevato rischio dell'ospedalizzazione. Eppure, nessun clade o gruppo del clade ha mostrato l'associazione significativa con questo risultato. Le varianti di Non-D614G-containing hanno avute un elevato rischio della mortalità, mentre le varianti di ORF3a hanno avute una prognosi favorevole.

I tassi di mortalità erano più alti negli anziani, immunosuppressed ed in quelli con i livelli elevati della creatinina e nei clades del gruppo 1.

Che cosa sono le implicazioni?

I ricercatori precisano che molti studi d'ordinamento sul SARS-CoV-2 accadono dopo che la diversità iniziale è diminuito, rappresentando l'omissione di identificare le differenze nei risultati con differenti clades. La dominanza in modo schiacciante di D614G egualmente offusca le più piccole differenze fra i diversi clades.

Per sormontare questo, lo studio corrente ha utilizzato i dati dagli esemplari in anticipo con una campionatura rappresentativa della comunità paziente di Cleveland nella prima onda. A questo punto, la maggior parte dei pazienti erano più vecchi, con il polmone e la malattia di cuore e principalmente sono venuto dalle comunità svantaggiate.

Attualmente, cinque dei sei clades identificati finora erano nella circolazione come pure nello sforzo di Wuhan. “Tale diversità iniziale è coerente con l'interpretazione che gli eventi multipli di infezione SARS-CoV-2 si sono presentati in questa comunità attraverso introduzione ripetuta dei virus dall'Asia, Europa ed altrove in Stati Uniti.

È importante notare che il grande spostamento alle varianti di D614G è dovuto la sua infettività aumentata. È pensato che questo mutante abbia alterazioni nelle interazioni elettrostatiche fra gli sottounità differenti della proteina della punta, rendente lo più fusogenic ed aumentanti la sua affinità obbligatoria al suo recettore cellulare ospite, l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (ACE2).

È interessante che sebbene il gruppo 1 sia stato già affermato nella comunità prima che i clades del gruppo 2 abbiano cominciato ad emergere, gli ultimi sono aumentato rapido a dominanza, indicante il suo vantaggio di forma fisica. I divieti di viaggio possono aiutare impedendo l'introduzione di nuovo, particolarmente più adatta, clades, così anche limitando la mortalità.

Poiché il periodo di studio ha riguardato soltanto le settimane primissime della pandemia negli Stati Uniti, dei miglioramenti nel trattamento, della disponibilità dei letti di terapia intensiva e dei antivirals, non è probabilmente la ragione per la riduzione della mortalità malgrado il numero pesante delle ospedalizzazioni. Inoltre interessante, i clades che hanno morto, i clades vale a dire, di S, di V e di Wuhan, erano più virulenti del D614G e di altri clades successivi.

I ricercatori suggeriscono, “i nostri risultati dimostrano che l'evoluzione continuata di SARS-CoV-2 piombo a meno virulenza.„

Clade V è definito rispettivamente dal L37F ORF1ab e le varianti di G251V ORF3a, che alterano le proteine non strutturali NSP6 e NS3. Il primo può migliorare la diffusione asintomatica e la seconda con la flessibilità diminuita della proteina. In caso affermativo, gli ultimi possono indurre alcune sedi del legame dell'anticorpo ad essere perso, con conseguente fuga immune. L'affinità obbligatoria è egualmente molto bassa riguardante il virus del wildtype.

L'associazione di clade V con i livelli elevati della creatinina confrontati ad altri clades può indicare che provoca ferite renali in particolare. Ulteriori studi sono richiesti per confrontare i genoma virali in pazienti con e senza disfunzione renale. Tali assegnazioni del clade possono contribuire a predire i risultati clinici delle infezioni future.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Thomas, Liji. (2021, April 27). Il clade SARS-CoV-2 si è collegato alla severità di malattia nella fase in anticipo della pandemia. News-Medical. Retrieved on June 12, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20210427/SARS-CoV-2-clade-linked-to-disease-severity-in-the-early-phase-of-the-pandemic.aspx.

  • MLA

    Thomas, Liji. "Il clade SARS-CoV-2 si è collegato alla severità di malattia nella fase in anticipo della pandemia". News-Medical. 12 June 2021. <https://www.news-medical.net/news/20210427/SARS-CoV-2-clade-linked-to-disease-severity-in-the-early-phase-of-the-pandemic.aspx>.

  • Chicago

    Thomas, Liji. "Il clade SARS-CoV-2 si è collegato alla severità di malattia nella fase in anticipo della pandemia". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20210427/SARS-CoV-2-clade-linked-to-disease-severity-in-the-early-phase-of-the-pandemic.aspx. (accessed June 12, 2021).

  • Harvard

    Thomas, Liji. 2021. Il clade SARS-CoV-2 si è collegato alla severità di malattia nella fase in anticipo della pandemia. News-Medical, viewed 12 June 2021, https://www.news-medical.net/news/20210427/SARS-CoV-2-clade-linked-to-disease-severity-in-the-early-phase-of-the-pandemic.aspx.