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O clade SARS-CoV-2 ligou à severidade da doença na fase adiantada da pandemia

Em virtude dos números crescentes do caso da doença 2019 do coronavirus (COVID-19), causados pelo coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), é importante desenvolver métodos exactos da previsão do risco para ajudar a tratar aqueles no risco o mais alto.

Um estudo novo na rede do JAMA do jornal relata na severidade da doença associada com alguns clades do vírus, de uma análise dos genomas dos espécimes isolados na fase inicial da pandemia.

Estudo: Epidemiologia Genomic da infecção SARS-CoV-2 durante a onda pandémica inicial e da associação com severidade da doença. Crédito de imagem: Imilian/Shutterstock
Estudo: Epidemiologia Genomic da infecção SARS-CoV-2 durante a onda pandémica inicial e da associação com severidade da doença. Crédito de imagem: Imilian/Shutterstock

O curso da primeira onda

Os E.U. foram batidos por três ondas sucessivas de COVID-19, com um total sobre de 27 milhão infecções. Os casos adiantados vieram das infecções importadas por viajantes. Estes foram acompanhados das taxas altas de admissões de hospital e de taxas de fatalidade de caso (CFR) nas pessoas idosas assim como naquelas com doenças pre-existentes.

Porque a transmissão da comunidade se tornou mais importante, o comprimento do hospital fica e os CFR que ambos vieram para baixo, mesmo como hospitais foram aglomerados. Isto foi atribuído à evolução de protocolos de tratamento eficientes, ignorando a pergunta se a evolução viral própria jogou um papel importante.

Arranjar em seqüência Genomic foi crucial à compreensão actual da pandemia. Seis clades diferentes do vírus foram identificados na iniciativa global em compartilhar toda a base de dados dos dados da gripe (GISAID), a saber, S, L, V, G, GH, e GR, igualmente conhecida como as linhagens A, B, B.2, B.1, B.1., e B.1.1.1, respectivamente.

Estes são diferentes do clade ancestral de Wuhan. Os três clades de G (G, GH e GR) todos contêm a variação de D614G do gene do ponto, que é provavelmente mais infeccioso mas menos virulento do que a tensão de Wuhan.

Alvos e população do estudo

O estudo actual apontou combinar as variações com a severidade da doença e os resultados clínicos, para compreender como o vírus se adapta a seus anfitriões humanos e

O estudo foi realizado nos espécimes virais isolados de 300 pacientes com infecção SARS-CoV-2 confirmada. A idade mediana do grupo paciente era 53 anos, com o 60% que são fêmeas.

Sobre dois terços era branco, e sobre 40% estava o pessoal dos cuidados médicos. O ponto inicial mediano do ciclo (Ct) para os espécimes era 19,4 amostras. Nenhuma amostra com um Ct sobre 30 foi usada.

Um terço de todos os pacientes teve moderado ou a doença severa, exigindo a hospitalização, e uma décima exigiu cuidados médicos intensivos. A mortalidade era 6%.

Mutações e sua variação

Havia um total >2,500 das amostras, na maior parte amostras repetidas, com 484 variações originais. Contudo, sobre a metade das 484 variações estavam as mutações missense, um terço que é mutações silenciosas.

A maioria de mutações (62%) ocorreram no quadro de leitura aberto ORF1ab, quando 13%, 6% e 4% estavam no ponto viral (s), nucleocapsid (N) e ORF3a, respectivamente. As mutações não-sinónimas as mais freqüentes eram o ponto D614G e os ORF1ab P323L.

O último não foi associado com a maior severidade da doença, contudo.

Clades na fase

Na fase inicial, estes seis clades diferentes do vírus estavam na circulação. A média de sete dias do caso do rolamento estava aumentando a seu pico o 11 de abril de 2020, antes de registrar uma diminuição. Durante este período, agrupe 2 clades, incluindo o D614G-containing G, GR e os clades do GH, eram predominantes, em 84% de todos os isolados virais identificados.

Do 16% permanecendo, ou de isolados do grupo 1, nenhuns pertenceu ao L clade. O clade de Wuhan compreendeu a parte deste 16%.

Uns pacientes mais novos estavam no grupo 2, e em uns pacientes mais idosos no grupo 1, as idades medianas que são 50 e 62 anos, respectivamente. Os pacientes contaminados com o clade da GR e a tensão de Wuhan eram os mais novos e os mais idosos neste grupo de estudo, em 41 e 68 anos, respectivamente.

Ambos os sexos e todas as afiliações étnicas foram representados ingualmente sobre todos os clades e ambos os grupos.

A SHIFT rápida para agrupar 2

Agrupe os clades 1 circulados a níveis mais altos inicialmente, mas a diversidade reduzida ràpida dentro das próximas duas semanas. Assim, no fim do período do estudo, apenas cinco semanas desde o início, agrupam 2 clades eram dominantes, compo 90% de toda a circulação esticam.

o pessoal dos Não-cuidados médicos teve uma proporção mais alta de clades do grupo 1, aproximadamente uma em vinte.

Resultados clínicos

As variações associadas com um risco mais baixo de hospitalização incluíram L4182F em ORF1ab, e S24L de ORF8. O ponto de D614G foi ligado a uma sobrevivência mais alta de variações hospitalizadas, com uma sobrevivência de 87%, como eram diversas variações do clade do grupo 2 como 241C>T, 3037C>T, e 14408C>T.

Contudo, nenhum clades foi associado com uma possibilidade mais baixa da admissão da hospitalização ou da unidade de cuidados intensivos. A mortalidade era mais alta com clade V, e com o grupo 1 os clades compararam para agrupar 2.

Interleukin-6, a creatinina, e os níveis do D-dímero eram significativamente diferentes entre variações diferentes, quando os níveis da creatinina eram igualmente mais altos entre pacientes do clade V.

Com a análise de variáveis múltiplas, como esperado, os pacientes masculinos e as pessoas idosas tiveram um risco mais alto de hospitalização. Ainda, nenhum clade ou grupo do clade mostraram a associação significativa com este resultado. As variações de Non-D614G-containing tiveram um risco mais alto de mortalidade, quando as variações de ORF3a tiveram um prognóstico favorável.

As taxas de mortalidade eram mais altas nas pessoas idosas, immunosuppressed e naquelas com níveis altos da creatinina, e em clades do grupo 1.

Que são as implicações?

Os pesquisadores indicam que muitos estudos arranjando em seqüência no SARS-CoV-2 ocorrem depois que a diversidade inicial diminuiu, esclarecendo a falha identificar diferenças nos resultados com clades diferentes. O domínio opressivamente de D614G igualmente borra diferenças menores entre clades individuais.

Para superar este, o estudo actual usou dados dos espécimes adiantados com uma amostra representativa da comunidade paciente de Cleveland na primeira onda. Neste momento, a maioria de pacientes eram mais idosos, com pulmão e doença cardíaca, e vinham na maior parte das comunidades desfavorecidas.

Neste tempo, cinco dos seis clades identificados até agora estavam na circulação, assim como na tensão de Wuhan. “Tal diversidade adiantada é consistente com a interpretação que os eventos múltiplos da infecção SARS-CoV-2 ocorreram nesta comunidade através da introdução repetida de vírus de Ásia, Europa, e em outra parte dentro dos E.U.

É importante notar que a grande SHIFT às variações de D614G é devido a sua infectividade aumentada. Pensa-se que este mutante tem alterações nas interacções electrostáticas entre as subunidades diferentes da proteína do ponto, fazendo o mais fusogenic e aumentando sua afinidade obrigatória a seu receptor da pilha de anfitrião, o angiotensin que converte a enzima 2 (ACE2).

É interessante que embora o grupo 1 seja já bem conhecido na comunidade antes que os clades do grupo 2 começarem a emergir, os últimos aumentaram ràpida ao domínio, indicando sua vantagem da aptidão. As proibições de curso podem ter ajudado impedindo a introdução de novo, especialmente ajustador, clades, assim igualmente limitando a mortalidade.

Desde que o período do estudo cobriu somente as semanas primeiras da pandemia nos E.U., de melhorias no tratamento, da disponibilidade de bases dos cuidados intensivos e de antivirais, não é provavelmente a razão para a redução na mortalidade apesar do número pesado de hospitalizações. Também interessante, os clades que se desvaneceram para fora, os clades a saber, de S, de V e de Wuhan, eram mais virulentos do que o D614G e outros clades mais atrasados.

Os pesquisadores sugerem, “nossos resultados demonstram que a evolução continuada de SARS-CoV-2 conduz a menos virulência.”

Clade V é definido pelo L37F ORF1ab e as variações de G251V ORF3a, que alteram as proteínas não-estruturais NSP6 e NS3, respectivamente. O primeiro pode aumentar a propagação assintomática, e a segunda com flexibilidade reduzida da proteína. Em caso afirmativo, os últimos podem fazer com que alguns locais obrigatórios do anticorpo sejam perdidos, tendo por resultado o escape imune. A afinidade obrigatória é igualmente muito baixa relativo ao vírus do wildtype.

A associação do clade V com os níveis mais altos da creatinina comparados a outros clades pode indicar que causa ferimento renal em particular. Uns estudos mais adicionais são exigidos para comparar genomas virais nos pacientes com e sem a deficiência orgânica renal. Tais atribuições do clade podem ajudar a prever os resultados clínicos das infecções futuras.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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